A microbiota natural presente no grão de café é composta por fungos, leveduras e bactérias, e suas atividades metabólicas podem influenciar na qualidade final da bebida. Este trabalho objetivou quantificar a população microbiana da superfície do grão de café conilon em coco produzido em duas diferentes localidades, Conceição do Castelo, ES, e Prado, BA. As amostras obtidas passaram pelo processamento pela via seca e foram analisadas em laboratório onde foi determinado o número de células viáveis pela contagem de colônias em placas de Petri. Os frutos pertencentes a cada amostra foram escolhidos aleatoriamente, em uma porção de 20 gramas, colocados assepticamente em sacos contendo 180 mL de água peptonada estéril (1% de peptona), agitados por 5 minutos a velocidade média em Stomacher. A partir do extrato obtido foi realizadas diluições decimais de 10 -1a 10-5.Para a determinação da contagem total de bactérias presentes na amostra, será tomada uma alíquota de 0,1 mL de cada diluição, em triplicata, a qual será plaqueada em meio Agar Nutriente, meio DG18 e meio MEA, para a contagem de bactérias totais, leveduras e fungos filamentosos respectivamente.Os frutos produzidos em Conceição do Casteloapresentaram1,18 x 10 5 de Bactérias, 1,03x105UFC/g de leveduras e 1,12X 106 UFC/g de fungos filamentosos. Os grãos produzidos em Prado-BA apresentou contagem de 3,3 X 104UFC/g de bactérias, 1,03 x105 UFC/g de leveduras e 1,66x105 UFC/g de fungos filamentosos. Observou-se uma maior contagem de fungos filamentos e bactérias totais na amostra de café do Espírito Santo, mostrando que a biodiversidade microbiana esta ligada a fatores ambientais da região de cultivo. A identificação de alguns microrganismos e o cruzamento destes dados com a composição química e as análises sensoriais pode indicar a potencialidade de alguns destes microrganismos para a produção de bebidas finas, via fermentação induzida.