A procura por alimentos com propriedades funcionais tem aumentado no Brasil e no mundo, devido à busca por hábitos mais saudáveis. Um exemplo de bebida que pode estar relacionada com benefícios à saúde é o kombucha, bebida oriental produzida a partir da fermentação de chá adoçado por uma cultura simbiôntica, formada por bactérias, principalmente acéticas e láticas, e leveduras. Estes micro-organismos podem agir como probióticos, uma vez que são capazes de atuar beneficamente no trato intestinal. A análise microbiológica de tais produtos é importante para avaliar a viabilidade e estabilidade destes micro-organismos, bem como verificar a presença de contaminantes microbianos, sendo este o objetivo do presente estudo. Amostras de chá kombucha comercial de cinco sabores distintos comercializados na cidade do Rio de Janeiro foram analisadas durante o tempo de estocagem de 90 dias, quanto à presença de Salmonella spp., pela metodologia da ISO 6579:2007; coliformes termotolerantes, seguindo a metodologia preconizada da APHA, utilizando o método NMP; e contagem total de micro-organismos aeróbios mesófilos, utilizando dois meios com composição e valores de pH distintos, PCA (pH=7,0) e OSA (pH=5,5), além da medição do valor de pH das amostras. As análises foram feitas nos tempos zero, 15, 45, 60 e 90 dias. Two-way ANOVA, seguido de pós-teste Bonferroni, foi realizado para verificar diferenças significativas (p<0,05) entre os meios de cultura e os tempos de estocagem. O valor de pH nas cinco amostras reduziu ao longo dos 90 dias. Não foi verificada presença de Salmonella spp. em 25 mL para todas as amostras e enumeração de coliformes termotolerantes foi menor que 3,0 NMP/mL. A contagem total de micro-organismos aeróbios mesófilos no meio OSA foi maior que no PCA, para quatro sabores, chegando a 10^8 UFC/mL, sendo possível verificar a viabilidade e estabilidade dos micro-organismos ao longo do tempo de estocagem de 90 dias.