O arroz (Oryza sativa) por sua riqueza em nutrientes e elevada atividade de água especialmente logo após a colheita, requer secagem eficiente para evitar contaminação fúngica, entre outros fatores de perdas nutricionais e tecnológicas. Neste trabalho foram avaliados dois sistemas de secagem, quanto ao seu efeito na contaminação fúngica, através da determinação de ergosterol. Este indicativo químico fornece de forma mais rápida as informações necessárias para providencias durante a secagem e armazenamento do arroz. Os grãos colhidos em campos experimentais foram submetidos a secagem intermitente para redução de umidade de 24 para 12% e a uma combinação entre secagem intermitente (24 a 16% de umidade) e estacionária (16 a 12% de umidade). Em seguida foram armazenados em silos de concreto por 10 meses e beneficiados separando-se as frações de farelo, endosperma e casca. A extração do ergosterol foi realizada com metanol, seguida de partição com hexano e determinação espectrofotométrica a 283 nm, tendo uma curva padrão para quantificação. Os teores de ergosterol não diferiram entre as amostras provenientes dos diferentes secadores. O maior conteúdo de ergosterol foi quantificado nas amostras de farelo (0,0329 mg.g-1), seguido de casca (0,0254 mg.g-1) e endosperma (0,0115 mg.g-1). A maior contaminação no farelo pode ser explicada pela ruptura da casca durante as operações de secagem. O endosperma apresentou o menor conteúdo de ergosterol quando comparado as demais frações do grão.