O yacon é um tubérculo dos Andes, que vem despertando interesse, pois reduz os níveis de glicose no sangue. O objetivo deste trabalho foi avaliar microbiologicamente a batata yacon in natura, com e sem tratamento de higienização, e também a farinha da yacon. Para o desenvolvimento da farinha as batatas foram higienizadas com solução de hipoclorito de sódio, depois de descascadas, picadas foram imersas em solução de acido cítrico para inativação das enzimas, após foram cortadas em 0,5 cm e desidratadas a 55ºC por 14 horas e trituradas. Realizou-se analises microbiológicas de contagem Staphylococcus coagulase positiva, mesófilos aeróbios, coliformes totais e fecais e detecção Salmonella sp, na batata in natura (A1), batata higienizada (A2) e na farinha (A3). Os resultados para mesófilos aeróbios foram de 1,4x107 UFC/g, 1,05x107 UFC/g, e <10 UFC/g para A1, A2, e A3 respectivamente. Os valores encontrados para coliformes totais para a A1 e A2 foram de 1,1 x 103 UFC/g e A3 foi < 3,0 UFC/g, apenas a A1 apresentou coliformes fecais 7,2 UFC/g. Os valores encontrados para fungos e leveduras para A1, A2, e A3, respectivamente 4,47x107 UFC/g, 4,22x107 UFC/g, 2,11x106 UFC/g. Para as contagens de Staphylococcus foram encontrados 30 UFC/g e 90 UFC/g para A1 e A2, e ausência na A3. Em todas as amostras não foi detectada Salmonella sp.. Conclui-se que todas as amostras analisadas estão em condições higiênico-sanitárias inadequadas, principalmente pela alta contaminação de fungos e leveduras, diante deste fato sugere-se modificações na higienização do produto, e no processamento da farinha.