Oi Daniel, esses sistemas podem formar cadeias de ligação?

Boa tarde, Diego. Parabéns pelo trabalho!

Na figura 2, onde você apresenta os mapas de densidade, as estruturas do CF4 e do SiF4 aparecem planas com a aproximação de NH3 ou PH3 por cima e por baixo deste plano simultaneamente. Foi essa a sua abordagem? Estes sistemas estão otimizados nesta condição? Você consegue dizer se são mínimos ou pontos de cela de alguma ordem?

Pela sua apresentação, o sistema CF4--(PH3)2 parece ser o mais promissor para a interação de seu interesse. Essa era de fato a sua expectativa? Imagino que o orbital envolvido no recebimento desse par de elétrons seja um sigma antiligante do carbono/silício, correto? Você avaliou as energias desses orbitais envolvidos nessa interação e a maneira como eles se modificam ao longo do processo? De alguma forma isso pode te ajudar a fazer previsões sobre qual sistema deve de fato apresentar ligação de tetrel?

Obrigado!

Olá Luciano! Não ficou claro para mim, o seu programa "base" para o VSCF utiliza alguma aproximação no Hamiltoniano de Watson. Chegou a calcular o momento de dipolo e a polarizabilidade ao longo das SEPs para ver se em toda a extensão há uma boa descrição dessas propriedades? Tentou usar na representação analítica com B-splines? Provavelmente você já conhece mas vale a pena ver se nos trabalhos de Taras Petrenko e Guntram Rauhut existe alguma estratégia para melhorar a descrição da polarizabilidade ao longo das SEPs.

Parabéns pelo excelente trabalho!

1) Por favor, qual método vocês usaram (DFT, Campo de Força, etc) para realizar as dinâmicas?

2) Como a MD foi feita na escala de "ns", eu assumo que seja campo de força, certo? Se sim, uma curiosidade..., você saberia dizer se esse campo de força é disponível gratuitamente ou é comercial?

3) Vocês desenvolveram algum programa para realizar as análises e obter as propriedades da MD?

Obrigado!

Parabéns Ana, excelente trabalho. Existe alguma explicação para a grande diferença entre os modelo com SMD e PCM?

Olá Mariana! Primeiramente, parabéns, a você e à equipel, pela excelente apresentação e pelo belo trabalho! 

Eu fiquei curioso com relação à mistura de solvente água+etanol. Por que vocês simularam nessa mistura de solvente e não apenas em água? Os cálculos MM/GBSA também foram feitos considerando a mistura de solventes?

Um abraço e obrigado!

Prezada Brenda,

Parabéns pela apresentação/trabalho.

O \epsilon_0 refere-se a interação entre metal-água, certo?

A platina é muito polarizável ? Vocês pensaram em utilizar/verificar teus resultados usando um campo de força polarizável? 

Um abraço,

Olá Júlio, parabéns pelo seu trabalho!

Você acredita que a mudança na aromaticidade deve afetar os demais estados excitados, singlete?

Você tem conhecimento de trabalhos que procuram fazer essa correlação para as constantes de Hammet (em que substituições no fenol são avaliadas).

Muito obrigada!

Abraços

Paula

Você verificou alguma relação entre a carga, distância e intensidade?

Olá, Luciano. Parabéns pelo trabalho de vocês. Achei bastante interessante! Tenho duas perguntas:

1) Os métodos VSCF/VCI já foram aplicados anteriormente para a espectros Raman ou essa implementação de vocês no VSCFR é inédita? (Peço desculpas caso esta informação me tenha escapado no vídeo)

2) Qual é a importância da energia de correlação eletrônica no resultado final destes espectros? Nem sempre é claro ganho quantitativo de efeitos de correlação obtidos por alto nível de teoria em propriedades vibracionais e rotacionais, mas pelo que acompanho da literatura e do seu trabalho, sempre são utilizados cálculos em altíssimo nível.

Obrigado!

Boa tarde, Renata. Parabéns pelo trabalho!

Gostaria que você esclarecesse um pouco mais sobre o método teórico-analítico utilizado no seu estudo. Como fizeram? Resolveram a equação de Schrödinger considerando os elétrons PI como em uma caixa bidimensional? Consideraram a repulsão elétron-elétron? De que forma?

Vocês escolheram um conjunto de poliacenos "lineares" para abordar, mas a partir de um certo número de anéis esses sistemas são complicados de serem obtidos isoladamente. Talvez por isso a dificuldade em obter dados experimentais para preencher a sua tabela. Você espera que estruturas diferentes como a do fenantreno, fenaleno, pireno e assim por diante possam ser estudadas pelos mesmos métodos que vocês aplicaram aos sistemas que estudaram? Quais seriam as principais modificações?

Obrigado!

Daniel,

    Primeiramente, parabéns pelo trabalho, os resultados são bem interessantes.

    Na formação de ligações de hidrogênio em sistemas X-H---Y, em geral observa-se o red shift e um aumento da intensidade  do oscilador X-H quando comparados ao sistema X-H isolado. Nos seus sistemas de ligações de dihidrogênio você mostrou que ocorre o red shif, mas e as intensidades desses osciladores, elas cresceram também?

Olá, Brenda. 

Primeiramente, parabéns pelo trabalho. Abordagem muito elegante. 

Brenda, seus resultados mostram claramente que o tipo de superfície (principalmente do ponto de vista topológico) é fundamental para o mecanismo de adsorção. Uma maneira direta de relacionar uma quantidade termodinâmica com um parâmetro estrutural (área nesse caso) é através da "Tensão Superficial"(Energia Livre de Gibbs por Área). Assim, minha pergunta é: vocês conseguem calcular tensão superficial levando em conta a natureza topológica da superfície ?. Se sim, talvez essa quantidade torne ainda mais claro a interpretação dos diferentes regimes de adsorção que vocês estão observando.  

Prezado João

Parabéns pelo seu trabalho.

Eu gostaria de tirar uma dúvida: quando você trabalha com Kr (Z=36, 4o período da Classificação Periódica), você, objetivando a comparação com resultados experimentais, já não teria de levar em conta os efeitos relativísticos?

Por que você não incluiu orbitais do Kr em seu espaço ativo?

Obrigado pela atenção

Eduardo

Parabéns pelo trabalho, Brenda!

Muito interessante e gostei bastante da qualidade dos seus slides e imagens!

Sobre possíveis efeitos que poderia estudar em uma possível continuação desse trabalho, pode ser interessante introduzir polarizabilidade explicita sobre o metal. Aqui tem um exemplo de campo de força polarizável que poderia utilizar: https://www.nature.com/articles/s41467-018-03137-8

Eu acredito que suas conclusões não serão qualitativamente afetadas, porém a polarizabilidade pode ter efeitos que mudar o epsilon não tem, como afetar a orientação preferencial da água devido a interações eletrostáticas.. Seria algo interessante de verificar.

Olá Alex! Eu tenho algumas dúvidas:

(1) Existe alguma estrutura obtida por cristalografia de raios-X para complexos envolvendo as bases nitrogenadas, esses dois medicamentos e a RNA-polimerase? Se houver, não seria mais interessante calcular esses descritores eletrônicos para as geometrias obtidas do cristal? Sim ou não? 

(2) Outro aspecto interessante que poderia ser explorado é como os descritores locais que você calculou sugerem que seja o mecanismo de ação desses medicamentos. Outros fenômenos químicos importantes podem ser explorados, como a tautomerização do Favipiravir, por exemplo.

Parabéns, Diego. Belo trabalho!

Boa tarde Brenda,

Parabéns pelo trabalho e excelente apresentação.

Tenho duas dúvidas:

1ª. Além do TIP3, você usou outro campo de força?

2ª. Qual a aplicação direta você sugere para seu trabalho?

Muito obrigada.

Parabéns pelo trabalho, Leandro! Você foi muito didático e os resultados são muito interessantes!

Minha questão é com relação aos íons OH- e H3O+, pois sabe-se que a difusão dos mesmos em água não se dá de modo convencional mas sim pela transferência de próton entre moléculas de água, o que por sua vez envolve efeitos intrinsecamente quânticos. Poderia comentar sobre como isso poderia afetar os resultados para esses dois íons?

Grato,

Kalil

Cara Rebeca

Eu gostei do seu trabalho: muito bem-organizado.

Minha perguntas, por favor, você poderia respondê-las?

1) Você tentou girar a parte central da estrutura para que o grupo C=O pudesse interagir melhor com o grupo OH (que está ligado no anel aromático à esquerda)?

2) A rotação do esqueleto central (ligações simples) parece ser algo sem muito impedimento. Você tem os valores das energias relativas para os diversos confôrmeros possíveis?

3) Qual a análise populacional que vocês usaram? Parece ser a de Mulliken mas eu não vi esta informação explícita.

Obrigado por sua atenção e parabéns pelo seu trabalho

Eduardo

Boa Noite Gustavo.

Parabéns pelo seu trabalho e excelente apresentação.

Uma pergunta: Vocês pensam em calcular a interação do radical formado com alguns amino-ácidos que formam as estruturas proteicas dos seres aquáticos que são diretamente impactados na absorção de águas contaminadas com o 1,4-dioxano?

Muito obrigada!

Um abraço.

Boa tarde Laís,

Poderia detalhar um pouco como foi feito o pós-processamento com o MBAR? Fiquei em dúvida com seu gráfico de resultados preliminares. Os pontos cheios seriam resultados diretos de simulações e a curva azul o MBAR. No caso então, o MBAR teve como função ajustar essa curva para determinar o ponto crítico?

Grato,

Kalil

Boa tarde Douglas.

Parabéns pelo seu trabalho e excelente apresentação.

Tenho duas perguntas.

1ª. Você tem dados experimentais para comparar seus resultados? Se sim, comparando-os qual a acurácia do seus resultados versus os dados experimentais?

2ª. A partir dos seus resultados, você poderia inferir qual dos compostos serão mais facilmente absorvidos por seres vivos, como os peixes e humanos?

Muito obrigada.

Olá Samantha! Parabéns pelo trabalho. O tema é bastante relevante e a modelagem computacional desempenha um papel importante na pesquisa. Você fala que a parametrização das cargas foi com o método PM7 e uso do programa MKTOP, que deriva topologias para o campo de força GROMOS, certo? Você também cita que usa o modelo TIP3P para a água. O modelo TIP3P é compatível com o campo de força GROMOS?

Boa tarde, Rebeca. Parabéns pelo trabalho.

Como você escolheu o funcional e o conjunto bases?

Parabéns pelo trabalho Gustavo, orientador e demais participantes.

Com relação a inclusão dos efeitos relativísticos, foram incluídos apenas os escalares, correto? Gostaria de saber se vocês já aplicaram o protocolo proposto para outros complexos?

Prezado Alberto, 

Primeiramente, parabens pelo seu trabalho e pela desenvoltura com a lingua inglesa. Gostaria de questionar a voce qual (is) seriam os principais desafios para realizar esses mesmos calculos com moleculas contendo 3 ou mais atomos. 

oi Jessé! Parabéns pelo trabalho. Vocês utilizam algum tipo de protocolo de equilibração mais detalhado antes da etapa NpT para um sistema tão carregado como esse? Em caso afirmativo, poderia detalhar?

Ola Alex, boa tarde !

Gostaria que explicasse o motivo de ter escolhido o nivel de calculo 6-31G(d), ao inves do 6-31G(d,p) como e comumente trabalhado na literatura. Na sua apresentacao parece que os calculos foram realizados no "meio vacuo". Caso positivo, nao seria interessante investir no "custo computacional" do uso do meio solvente ?

Obrigado. Parabens pelo trabalho  

Olá, Gustavo!
Parabéns pelo seu trabalho. É bastante interessante. Essas estruturas "dipolares" frequentemente possuem alto caráter simpleto-birradicalar. 

Por qual razão vocês escolheram trabalhar com o método computacional que escolheram? O custo computacional/tempo de cálculo é muito longo? Você verificou outros métodos possíveis?

Olá, excelente trabalho.
Os parâmetros de Temperatura, pressão e densidade no ponto crítico são os mesmos independente do sistema halógeno usado?

Obrigado.
Att. Lucas

Prezado Alex, Gostaria de tirar algumas dúvidas que estão listadas a baixo: 1) Nesse trabalho vocês só realizam somente cálculos de DFT? Os cálculos foram feito em vácuo ou usando algum método de solvatação?  2) Vocês pretendem utilizar cálculos de dinâmica molecular para comprovar os resultados de vocês? Sinceramente não acredito que somente através dos indices de Fukui e cálculos de DFT (feitos no estado fundamental) sejam eficientes para identificar bons inibidores para vírus e outras doenças. 3) Uma dica para aprimorar seu trabalho e obter resultados mais sólidos é realizar uma dinâmica molecular para cada uma das moléculas citadas no seu trabalho usando junto a uma proteina do Sar-Cov-2 como receptor. Dessa maneira você poderia realizar a análise mostrada em seu trabalho para conformações especificas devido a interação proteina molécula. Vale resaltar que a densidade eletrônica depende da conformação da suas moléculas dessa maneira os indices de fuikui apresentados no seu trabalho também irão mudar.   

Olá Brenda, muito interessante esse trabalho! Aprendi algumas coisas com ele :)
Como sugestao, eu acho que seria importante voce ter definido o que significa o epsilon, já que usou ele relativamente bastantena discussão.
No decorrer do vídeo eu entendi que seria um parametro do campo de força. Esse parametro está relacionado com a interaçao agua-superficie? ou água-agua?

Olá Gabriel, não ficou claro como os modelos dos sólidos foram construídos e validados. Por que não utilizar métodos com condições periódicas de contorno (PBC)? Além disso, para o estudo da atividade catalítica, seria preciso validar esses índices comparando com um estudo cinético explícito, ou seja, com a busca dos caminhos de reação e estados de transição. Isso foi ou será feito?

Boa tarde Vinícius!

Bem interessante seu trabalho! Tenho uma pergunta referente mais sobre a proteína em si. Devido à diferente agregação de íons, houve mudanças na conformação da proteína? Alias, com relação ao tempo de simulação, você considera que 10 ns seria suficiente para observar tais mudanças caso ocorram?

Penso que, como na mistura a concentração total de íons é maior, isso poderia levar a um efeito "salting out" ou algum outro tipo de mudança de conformação e isso pode ser pelo menos parte da explicação de porque a presença de um LI resulta num aumento na adsorção do outro.

Grato,

Kalil

Ola Rebeca, parabens pela apresentacao.

Apenas duas pergntinhas:

- Voces fizeram alguma analise comparativa com resultados experimentais?

- Quais seriam as proximas etapas de seu trabalho?

Caro Iran,

Uma pena. O trabalho me pareceu bem interessante, mas o som estava tão baixo que não conseguir entender

grande parte da sua fala.

Como os painéis vão ficar na página do congresso, talvez fosse o caso de você se comunicar com os organizadores

e pedir para fazer um upload de um novo vídeo.

Um abraço.

Marco Chaer

Olá Gustavo! Parabéns pelo trabalho. Está tudo muito bem executado e explicado. Eu tenho algumas perguntas sobre a metodologia: como foi escolhido o nível de teoria utilizado no trabalho? Qual a razão de utilizar o modelo SMD?

Boa tarde, Hugo. Parabéns pelo trabalho!

Você chegou a avaliar quão importante seria considerar o movimento vibracional da sua molécula de Li dentro da cavidade? Um confinamento em uma região cada vez mais restrita não poderia levar a uma elevação abrupta da energia vibracional do sistema com a tendência de tirá-lo cada vez mais da posição de equilíbrio?

Obrigado!

Olá Rachel, parabéns pelo trabalho!

Gostaria de saber mais detalhes sobre a simulação. Os cálculos foram feitos para um par de cada ou tinha mais pares na mesma simulação? Talvez fosse interessante incluir mais pares (talvez até realizar uma dinâmica) pois o conjunto de moléculas deve afetar o espectro.

Mais uma perguntinha, foi incluído o fator de escalonamento para correção das frequências?

Muito obrigada!

Paula