Prezado, parabéns pelo excelente trabalho.

Qual é a funcionalidade, biblioteca, etc, do PyMol que vocês usam (fazem a interface) no programa de vocês?

Eu vi que você mencionou abaixo que há uma distribuição open-source do PyMol. Eu não sabia, pois sempre fui direcionado à uma página comercial ao buscar o programa na web.

Obrigado e sucessos!

Oi Bruno, parabéns pelo trabalho e pela apresentação.

Olá Paulo, polímeros semicondutores são muito interessantes! Tenho algumas dúvidas.

1) Como você construiu as estruturas dos oligômeros? E como você escolheu o número de unidades? Esses polímeros devem apresentar algum "grau de flexibilidade" que pode levar a uma dificuldade de simulação.

2) Por que usar o método PM3? Testou outros métodos semiempíricos como o extended tight binding (xtb)?

3) O gap homo-lumo não representa a energia de transição eletrônica. Sugiro que teste fazer cálculos TD-DFT com alguns poucos estados para ter um valor de transição vertical. Pretende fazer isso?

4) O nível de cálculo do "single point" (PBE0/6-31G(d,p)) é o suficiente para tratar adequadamente o momento de dipolo?

5) Você utilizou correção de Van der Waals para os cálculos dos "molecular wires"? Eu diria que essa correção pode ser importante para o cálculo da energia de "formação".
 

Olá Leonardo! Parabéns pelo trabalho; eu gostei bastante da apresentação! Eu tenho algumas dúvidas, entretanto:

(1) Durante a preparação, como que o estado de protonação é definido? Como vocês antecipam os efeitos do ambiente do sítio de ligação no ligante? O estado de protonação é definido antes do docking, não?

(2) Os inputs são preparados para quais software?

(3) Dock2ONIOM usa recursos do PyMol, mas esse é um software pago da Schrödinger Inc. Vocês têm planos de tornar o seu software menos dependente de pacotes de terceiros?
 

Olá Letícia, parabéns pelo seu trabalho! Nos resultados, você enfatiza o fato de as regiões, de interação do ligante com a enzima, serem as mesmas onde se observa a distribuição do orbital HOMO. Você poderia me explicar o que se pode concluir com esse resultado? 

Muito bom trabalho. Existem vários métodos que podem ser utilizados para avaliar as interações intermoleculares, como NCI, modos locais de vibração, NBO, AIM, entre outros. Como se trata de um sistema simples, talvez a diferença entre as geometrias seja pouco significativa, de forma que não seria muito fácil comparar os resultados de energia de interação.

Cara Maria Clara, como vai? Parabéns pelo trabalho.

Você acredita que outros sistemas de inclusão, por exemplo, usando calixarenos poderiam ser usados?

Por que você usou primeiro o DFTB? Qual a vantagem ou diferença em usar os resultados DFT direto ou com DFTB como

cálculo preliminar?

Obrigado.

Gostaria apenas de deixar meus parabéns pelo trabalho. Muito bacana. Sucesso.

Olá Letícia.

Parabéns pelo trabalho.

Por gentileza, você chegaram a investigar o re-docking? Se não a minha sugestão é o programa SMINA, gratuito, que é similar ao Autodock Vina,

obtido aqui: https://sourceforge.net/projects/smina/

mas com uma função de Score melhorada chamada Vinardo. Mais detalhes sobre o Vinardo:

"Vinardo: A Scoring Function Based on Autodock Vina Improves Scoring, Docking, and Virtual Screening"
Quiroga R, Villarreal MA (2016) "Vinardo: A Scoring Function Based on Autodock Vina Improves Scoring, Docking, and Virtual Screening". PLOS ONE 11(5): e0155183. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0155183

Acredito que seria interessante você fazer uma análise de descritores do sitio ativo via DFT conceitual. Mais detalhes do DFT Conceitual em:

"Conceptual Density Functional Theory"
by P. Geerlings, F. De Proft, and W. Langenaeker
Cite this: Chem. Rev. 2003, 103, 5, 1793–1874
Publication Date: April 17, 2003
https://doi.org/10.1021/cr990029p

Dá uma olhada no programa Primordia do Igor Barden do Grupo do Prof. Gerd da UFPB.
https://github.com/igorChem/PRIMoRDiA1.0v

Muito obrigado.

oi Leonardo! Parabéns pelo trabalho. Você está desenvolvendo uma ferramenta muito útil e usando softwares livres. Na etapa final de preparação do cálculo ONIOM o sistema é calculado no vácuo ou é utilizado algum modelo de solvatação implícita?

Olá, Aline! Primeiramente, parabéns pelo trabalho e pelos slides, que ficaram ótimos e de fácil entendimento. Fiquei com duas dúvidas em relação a escolha dos interferentes: 1) Como vocês fizeram essa escolha? Esses compostos são comumente encontrados junto com os compostos de arsênio? 2) Vocês chegaram a avaliar cátions como interferentes? Faria sentido fazer isso?

Ola Jonas, 

Parabens pelo trabalho e pela abordagem ao problema. Poderia me esclarecer duas questoes: 1. Quais caracteristicas levaram voces a escolher o nivel de calculo CCSD(T)/cc-pVTZ e 2. Por que nao realizou calculos termodinamicos fora das condicoes-padrao, visto que essas reacoes devem ocorrer fora dos 298,15 K. Obrigado 

Caro Paulo Henrique, parabéns pelo trabalho

Uma curiosidade, os gaps que você apresenta (3eV - 4eV) são compatíveis com materiais isolantes (muito maiores que kT). Qual o gap experimental dos polímeros? Você também menciona polímeros dopados. Nesse caso, qual o mecanismo de condução, seriam semelhantes a semicondutores tipo P ou N?

Obrigado

Marcio

Oi Letícia

Parabéns pelo seu trabalho!!

Os valores das energias dos orbitais de fronteira  corroboram com a ordem de atividade dos compostos que foram estudados no docking?

Obrigado por sua atenção

Eduardo

Oi, Letícia. Parabéns pelo seu trabalho!

Vocês realizaram a reancoragem molecular para validar seu protocolo? Para o NCI, vocês recortaram apenas o sítio de ligação com o fármaco ancorado? Como foi feito? 

Caro Leonardo, inicialmente parabéns pela apresentação e pelo trabalho desenvolvido. Gostaria de saber onde é possível realizar o download do utilitário dock2oniom e em quais programas de cálculo quântico o input Oniom gerado pode ser executado. 

Atenciosamente.

Olá Gabriel, boa noite.

Eu fiquei com as seguintes dúvidas:

De que forma os substituintes e os solventes influenciaram as propriedades da moléculas?

O que você define como propriedades ópticas adequadas para as aplicações listadas na conclusão?

Olá, Amir. Parabéns pelo trabalho. Gostaria de saber como o AUTOMATON gera as estruturas inicias para os cálculos e se ele tem algum tipo de método de aprendizado por reforço implementado. Obrigado!

Olá, parabéns pelo trabalho e apresentação.  Eu fiquei com umas dúvidas:

1. Qual programa você rodou os cálculos quânticos?

2. Para os cálculos quânticos você usou fragmentos da proteína ao redor dos ligantes ou foi só para o ligante?

3. Para os cálculos quânticos você otimizou a geometria? 

Mais uma vez parabéns.

Gerd Rocha

Olá, Jéssica. Parabéns pelo seu trabalho, é uma aplicação muito interessante. Eu gostaria de entender um pouco melhor como os parâmetros RMN calculados indicam o potencial de aplicação destes materiais em dispositivos Qbit. Obrigado!

Parabéns pelo trabalho apresentado. 

Vocês têm interesse em ampliar esse estudo aplicando outras metodologias teóricas? 

Até mais,
Gerd Rocha
 

Jonas, Parabéns pelo trabalho! Você fez alguma análise do caráter multiconfiguracional dos estados estacionários?

Olá, Letícia! Gostei muito da sua apresentação, parabéns! Você chegou a fazer o método de ancoragem em outros cristais da mesma enzima? Se sim, você chegou a fazer crossdocking? Se sim, a partir desses resultados, você consegue racionalizar, mesmo que quantitativamente, fingerprints químicos que podem estar relacionados à inibidação da enzima?

Olá Bruno.

Parabéns pelo trabalho.

Por gentileza, vocês fizeram investigaram alguma investigação via "aromatic stabilization energies (ASE), ou anisotropy ofthe induced current density (ACID)"?

você fizeram alguma investigação sobre como isto afeta a polarizabilidade e magnetizabilidade ?  Analisando este e mais alguns índices você poderá propor materiais com aplicação elétricas e magnéticas. Sugestão: Faça uma avaliação de descritores via DFT conceitual.

"Conceptual Density Functional Theory"
P. Geerlings, F. De Proft, and W. Langenaeker
Cite this: Chem. Rev. 2003, 103, 5, 1793–1874 

Dá uma olhada no programa Primordia do Igor Barden - UFPB.

https://github.com/igorChem/PRIMoRDiA1.0v

Muito obrigado.

Oi Letícia! Parabéns pelo trabalho. Nos cálculos quânticos você chegou a calcular índices de reatividade das moléculas, do tipo ligante, como, por exemplo, potencial químico e eletronegatividade? Existe previsão da realização de simulações de dinâmica molecular?

Olá Ana, com o nível de cálculo (TDDFT/PBE0) e bases utilizadas existe precisão para discutir alterações menores do que 2 nm? Como vocês definiram o número de moléculas explicitas de água? Por que não fizeram um cálculo ONION de duas camadas aonde a primeira camada (mais interna) é a varfarina "completa" e a segunda (mais externa) é a camada de água?

Prezado Renan,

Parabéns pela apresentação/trabalho!

Vocês desenvolveram os códigos ou usaram algum programa (se sim, qual) ? Você espera obter mesma curva de energia ao considerar um solvente explicito?

Abraço,

Márcio

Parabéns, Bruno! Excelente trabalho!

Ficou bem legal de ver as análises dos índices em concordância entre si!

Abraços!

Boa tarde Nailton, muito interessante e importante o tópico. Parabéns pela apresentação! Minha questão é com relação a situação real, em que os pesticidas estariam em meio aquoso (arrastado para os rios pela chuva) e se pretenda retirar estes contaminantes. Não deveria incluir água também na simulação?

Boa tarde Beatriz!

Parabéns pelo excelente trabalho e ótima apresentação.

Quais são as perspectivas de aplicação da sua pesquisa?

muito obrigada.

Oi Jonas, legal seu trabalho. Uma pergunta de um não especialista: a energia de ativação negativa não estaria indicando a possibilidade de mais um intermediário estar presente dentre estes que você identificou? Talvez um intermediário com energia mais baixa, porém com energia positiva para ser acessado. Poderia ser essa uma possibilidade? Até mais!

Caro Daniel, parabéns pelo trabalho! Ele envolve um tema extremamente atual e relevante para a nossa sociedade.

Gostaria de entender melhor o seu trabalho. Pra mim, não ficou clara essa relação direta das interações com moléculas de água

ser tão determinante e conclusivo na tautomeria apresentada e sua relação com as propriedades inibitórias do RNA.

Muito obrigado.

Olá, Julio. Parabéns pelo belo trabalho.

Duas dúvidas simples:

1. As estruturas dos CH2- e CH2+ são planas ou os dois H do substituinte ficam fora do plano?

2. Vocês pensam em utilizar substituintes como NO2 ou com os átomos S e P?

Boa tarde Suzane.

Parabéns pelo seu trabalho e pela sua apresentação!

Tenho algumas perguntas:
Vocês fizeram estudos de Docking com qual função de score do GOLD?

Vocês chegaram a fazer estudo de dockig com modificações moleculares no seu hit (famarco 12)?

Quais tipos de interações vocês observaram na formação do complexo Proteina-Farmaco12?

Boa tarde, Jonas. Parabéns pelo trabalho!

Seu TS1 está essencialmente na mesma altura de seu intermediário e sua reação se processa sem barreira. Esse resultado era esperado para esse sistema? Você chegou a fazer (mesmo que em nível mais baixo de teoria) cálculos IRC? De alguma forma você garante as conexões do TS1 que estão no seu diagrama?

Particularmente para o TS, você chegou a avaliar o diagnóstico T1 do seu cálculo coupled cluster?

Obrigado!

Ola Suzana, parabens pelo trabalho.

Alem do metodo Docking, voces pretendem realizar outros estudos teoricos para reforcar tais resultados? Voces eliminaram os dois medicamentos dos estudos baseados apenas nessa metodologia?

Nas conclusões fala-se da importância do pH fisiológico para os estados de protonação. O pH fisiológico foi considerado nos cálculos ou utilizou-se apenas os estados protonados em fase gás? Considerou-se efeito de algum solvente? 

Caro Bruno, parabéns pela apresentação

O seu interesse é fundamental (na aromaticidade em si), ou há interesse em agum tipo de aplicação, já que há muitas para PAHs?

Obrigado

Marcio

Prezado Beatriz,

Parabéns pela apresentação/trabalho!

qual programa vocês estão utilizando para os cálculos em nível DFT? Qual a unidade de energia na figura 3? Vocês pensaram em ver os efeitos da polarização sobre o grafeno?

Abraço,

Márcio

Boa tarde Eduardo.

Parabéns pelo seu trabalho e pela sua apresentação!

Tenho algumas perguntas:
- Vocês testaram seus ligantes com quiralidade (S)? Se sim, obtiveram a mesma resposta qualitativa, ou seja
a quiralidade não altera as intensidades da energia de binding?

- Quais tipos de interações vocês observaram com maior frequência no seu estudo?