O gênero Fusarium engloba uma variedade de espécies que podem afetar diversas plantas, incluindo plantas nativas, tendo a capacidade de produzir metabólitos secundários tóxicos, conhecidos como micotoxinas. As plantas nativas podem servir como reservatório de genes de resistência a espécies patogênicas e de espécies micotoxigênicas que podem migrar para a agricultura. Dessa forma, o presente trabalho tem como objetivos caracterizar a micobiota de cevada nativa, isolar e identificar espécies do gênero Fusarium e analisar a presença de desoxinivalenol e nivalenol em amostras de cevada nativa. Foram utilizadas 54 amostras de cevada nativa para isolamento da micobiota e os fungos isolados foram identificados morfologicamente ao nível de gênero. As cepas de Fusarium foram purificadas pela técnica de cultura monospórica e os caracteres morfológicos observados. A identificação filogenética seguiu-se com a utilização dos genes RPB1 e RPB2. Para identificação de micotoxina, foi feita a extração por QuEChERS e análise por UPLC Acquity (Waters) acoplado ao espectrômetro de massas triplo-quadropolo com ionização eletrospray Xevo TQ MS (Waters). Os resultados demonstraram que houve predominância do gênero Fusarium e, a partir da análise morfológica, observou-se a presença de cinco complexos de espécies: complexo de espécies F. sambucinum (CEFSAM), F. graminearum (CEFG), sendo que este se encontra dentro de CEFSAM, F. incarnatum-equiseti (CEFIE), F. fujikuroi (CEFF) e F. tricinctum (CEFT). Foi verificado a predominância de CEFG, principalmente F. graminearum stricto sensu (s.s.), nas amostras de cevada nativa. Desoxinivalenol (DON) e nivalenol (NIV) foram detectados nas amostras, no entanto, os níveis que não superavam 50 µg/kg. Embora as plantas de cevada nativa não sejam consumidas por seres humanos ou por animais, foi observado que essas plantas são potenciais reservatórios de espécies de Fusarium potencialmente toxigênicas e pode ocorrer a interação desses micro-organismos provenientes das plantas nativas com os cereais de agricultura ou vice-versa.