O consumo de sobremesas lácteas frescas vem crescendo mundialmente. Este fato está associado aos investimentos em inovação e tecnologia, que permitem alcançar as exigências dos consumidores e tendências atuais. Um dos problemas latentes na indústria de sobremesas lácteas é a contaminação por micro-organismos potencialmente deterioradores. Nesse sentido, um número significativo de fungos se adapta a diversos substratos e estão presentes nas matérias primas, linhas de processamento formando biofilmes com bactérias, embalagens e meio ambiente, podendo ocasionar a deterioração do produto final. Os objetivos deste trabalho foram caracterizar fungos isolados de linha de processamento de sobremesa láctea e relacionar com fungos deterioradores do produto final. Foram adotados os seguintes pontos de coleta: a) ar ambiente onde ocorre o envase do produto; b) produto após a pasteurização c) embalagem e d) produto final. Os isolamentos e caracterização morfológica foram realizados conforme as metodologias descritas por Pitt e Hocking (2009). A caracterização molecular dos isolados foi feita pelo sequenciamento da região ITS, adequada para triagem de fungos. Foram encontrados em ordem decrescente de frequência, a) ar ambiente: Aspergillus seção Nigri, Cladosporium delicatulum, Aspergillus sydowii, Talaromyces wortmannii e Pestalotiopsis trachicarpicola; b) produto analisado após a pasteurização: Cladosporium sp., Aspergillus seção Nigri e Pencillium sp.; c) embalagem: Cladosporium delicatulum, Cladosporium halotolerans e Epicoccum nigrum; d) produto final: Cladosporium delicatulum, Arthrinium sp. e Penicillium sp. A maioria dos fungos encontrados neste estudo são cosmopolitas, no entanto, destaca-se C. delicatulum, encontrado em quase todos os pontos de coleta, inclusive após a pasteurização e deteriorando o produto já comercializado. Esta espécie faz parte do complexo de espécies Cladosporium cladosporioides, com representantes responsáveis pela deterioração de alimentos refrigerados e produtos lácteos. Nesse sentido, a sua caracterização baseada em múltiplos genes e na fisiologia é necessária, uma vez que este é o primeiro relato de sua ocorrência em sobremesas lácteas.