A perda considerável da viabilidade dos probióticos tem reduzido a sua eficácia nos alimentos funcionais. Desta forma, a microencapsulação vem sendo desenvolvida para aumentar a viabilidade celular nos produtos. O objetivo deste trabalho foi verificar o efeito da microencapsulação com alginato de sódio, com e sem revestimento com gelatina, além da co-encapsulação com diferentes concentrações de frutooligossacarídeos (FOS) na viabilidade celular de duas estirpes de Lactobacillus paracasei (LBC81 e ELBAL). Foram realizadas análises de viabilidade celular em condições refrigeradas, baixo pH, diferentes concentrações de sais biliares e medição do tamanho das microcápsulas. Os resultados mostraram que as microcápsulas continuaram íntegras após 35 dias de armazenamento a 4° C e foram eficientes na proteção das células na presença de 1,5% de FOS para a estirpe LBC81 e 0,5% e 1,5% de FOS para a estirpe ELBAL. O uso do FOS como prebiótico provavelmente contribuiu na proteção das células, formando pequenos agregados no interior das microcápsulas e, além disso, são fontes de carbono e nitrogênio, compostos essenciais para o crescimento das bactérias probióticas. Nas análises em pH baixo e altas concentrações de sais biliares as células imobilizadas em alginato de sódio e revestidas com gelatina apresentaram melhores resultados quando comparadas com as células livres, pois a contagem de células viáveis se manteve entre 6 e 9 log UFC/mL, valores próximos ao nível mínimo terapêutico recomendado (107 UFC/mL ou g-1). Em relação ao tamanho das microcápsulas, os diâmetros obtidos variaram entre 1,55 a 2,00 mm, sendo que as microcápsulas revestidas com gelatina apresentaram maiores diâmetros. Com a aplicação do revestimento há a adição de mais uma camada de polímero, formando uma dupla parede de proteção. Portanto, a microencapsulação se mostrou eficiente no aumento da viabilidade celular das bactérias, sendo necessária a realização de novos estudos para aplicação destas em alimento e bebidas.