A imobilização de bactérias láticas endógenas (BAL) isoladas do queijo de coalho é uma alternativa para preservar e utilizar essas culturas como fermentos láticos, principalmente pela grande aceitação do consumidor pelo queijo de coalho produzido a partir de leite cru. A liofilização é uma técnica comumente empregada e a técnica de spray-drying tem sido considerada uma alternativa de imobilização. Com isto, o objetivo deste trabalho foi avaliar a influência destas duas técnicas de secagem na viabilidade de Lactobacillus paracasei e Lactobacillus plantarum isolados do queijo de coalho do sertão alagoano. As linhagens foram ativadas em caldo MRS (Man, Rogosa & Sharpe) e cultivadas para um aumento de massa celular. O caldo foi centrifugado e a biomassa ressuspendida em leite desnatado reconstituído (LDR) a 20%, para liofilização, e em LDR a 20% + 0,5 % de extrato de levedura, seguindo de fermentação e posterior correção de pH, para o spray-drying. A sobrevivência das BAL foi verificada pela contagem do número de células viáveis em UFC/ ml e por grama antes e após a secagem, respectivamente, bem como na determinação do período de estocagem. As partículas foram caracterizadas por Microscopia Eletrônica de Varredura e avaliadas quanto sua capacidade de reidratação. As duas técnicas foram eficientes quanto à viabilidade após secagem e a manutenção das culturas em pó durante o período de estocagem. Na liofilização, a taxa de viabilidade das linhagens foi mais expressiva, contudo, a técnica de secagem por spray-drying apresenta rapidez significativa na execução do processo em relação à liofilização. As partículas do spray-drying apresentam-se com formato arredondado com concavidades e sem rachaduras, na liofilização as partículas são de formatos irregulares e ambas apresentaram-se com facilidade de reidratação. Cada cultura analisada é específica, e o estudo de imobilização deve ser tratado individualmente para obter a melhor taxa de sobrevivência.