Clostridium difficile é um bastonete Gram positivo, anaeróbio, responsável por doença intestinal associada ao tratamento prévio com antibióticos. Os casos de infecção estão relacionados principalmente à contaminação em hospitais, porém pesquisas recentes sugerem possível associação ao consumo de alimentos de origem animal contaminados. Diante da inexistência de método padronizado para seu isolamento a partir de alimentos, o objetivo deste trabalho foi verificar a ocorrência de C. difficile em amostras de carnes, utilizando diferentes metodologias. Um total de 147 amostras de carne resfriada “in natura” (32-carne moída bovina; 30-carne bovina; 35-carne suína e 50-carne de frango) obtidas do comércio de Campinas/SP foram analisadas. As unidades analíticas foram homogeneizadas em caldo CDMN (Clostridium difficile moxalactam norfloxacin) e incubadas a 37C em anaerobiose. Após 10 dias de incubação, semeou-se diretamente e após tratamento com álcool em CCFA (Cycloserine cefoxitin fructose agar) e CDMNA (Clostridium difficile moxalactam norfloxacin agar). A identificação dos isolados foi realizada por PCR (Polymerase Chain Reaction) para o gene tpi. Do total de amostras analisadas, 11,5% (17/147) apresentaram contaminação por C. difficile, assim distribuídos: 18,0% (9/50) de amostras de frango, 21,8% (7/32) de carne moída e 3,3% (1/30) de carne bovina; e não sendo encontrado em carne suína. Dentre as amostras positivas, 70,6% (12/17) foram obtidas utilizando apenas o plaqueamento direto, 11,8% (2/17) apenas o tratamento com álcool e 17,6% (3/17) por ambos os procedimentos. Assim, a combinação de ambos os procedimentos seria o mais recomendado. A presença de C. difficile em alimentos de origem animal, causada principalmente por contaminação cruzada entre o abate e a manipulação da carcaça, pode contribuir para a ocorrência deste tipo de doença.