Bom dia Luiza, tudo bem? Meu nome é Rafaela, sou umas das avaliadoras do seu projeto de IC :) Primeiramente, gostaria de lhe parabenizar pelo trabalho. Acredito ser um tema altamente relevante para a área de estudo e a ferramenta de bioinformática escolhida (redes de co-expressão gênica) é correta para atingir o objetivo do estudo. No entanto, lendo seu trabalho, fiquei com algumas dúvidas e também gostaria de propor algumas sugestões. Bom, gostaria que me explicasse, por favor, de onde vieram os dados de transcriptoma usados para a construção da rede. Não ficou muito claro lendo o seu projeto. Também não entendi se os dados eram de cana de açúcar ou Arabidopsis. Os dados são de Arabidopsis e, por ortologia, você encontrou os transcritos em cana? Seria isso? Outra pergunta seria o por que usar dois plugins (BINGO e CluGo) para o enriquecimento funcional? Qual foi seu objetivo com isso? Gostaria também de perguntar qual o critério para a escolha dos módulos funcionais que você avaliou. Foi o número de genes? Se sim, por que? Você usou o MCODE para a formação dos clusters e escolheu aqueles mais densamente conectados para o enriquecimento funcional?
Na página 2, "estas analises foram realizadas nos dados de coexpressão do experimento com fotoperíodo de 8h/16h" ... Essa parte que está em resultados seria metodologia. Aliás, você partiu de dois dados de transcriptoma? Fotoperíodo de 8h/16h e 12h/24h? Realmente não está claro qual transcriptoma você usou.
O que senti falta no seu trabalho foi detalhar melhor na metodologia quais foram os passos que você usou para chegar em seus resultados. Algumas informações de metodologia estão perdidas na seção resultados. Porém, você seguiu uma linha certa de interpretação e a discussão está de acordo. Bom, só queria comentar também que, se eu entendi bem, você construiu a rede e, através do MCODE, você achou os clusters e, posteriormente, fez analise de enriquecimento funcional. Se for isso, a lógica seria falar antes do MCODE na metodologia e resultados e depois do enriquecimento funcional.
Queria lhe perguntar também se teve dificuldade na bioinformática ... como foi seu processo de aprendizagem, se já tinha conhecimentos prévios de programação ... Enfim, era isso. Parabéns pelo trabalho!