O pólen apícola apresenta uma grande variação na composição nutricional e qualidade microbiológica em função dos materiais de partida que as abelhas operárias adquirem e do local por onde elas transitam durante o recolhimento. A manipulação é um ponto critico para obtenção de um alimento de qualidade até que chegue ao consumidor final. Informações sobre a microbiota deste produto ainda são escassas e é um importante critério de qualidade, pois avalia o risco para a saúde do consumidor. Desta forma avaliaram-se amostras de pólen apícola prontos para comercialização, beneficiados em Mato Grosso (A), sem selo de inspeção, e outras de São Paulo (B), com selo de inspeção SISP. Foi realizado a enumeração de Coliformes a 35°C, 45°C e Escherichia coli, a presença de Salmonella sp. e a contagem de Bolores e Leveduras, sendo os resultados comparados com dados da literatura, já que não há critérios microbiológicos na legislação vigente. Segundo os resultados encontrados verificou-se que os valores de UFC/g de bolores e leveduras para a amostra A estão maiores que os da amostra B, sendo encontrados 1,2x103 e 4x101 UFC/g, respectivamente. Contudo os valores apresentam-se abaixo de variações encontradas em outros trabalhos (média de 5,6x103). Com relação à presença de coliformes a 35°C, 45°C e Escherichia coli o NMP foi inferior a 3/g em 83,3% das amostras testadas. Somente 16,7% apresentaram 3,6 NMP/g para coliformes a 35°C (amostra B). Nenhuma das amostras analisadas apresentou reação positiva para Salmonella sp. Estes resultados evidenciam a necessidade da aplicação de boas práticas de fabricação da amostra A, visando diminuir a contaminação por fungos, contudo as duas amostras apresentam boa qualidade microbiológica.