Hemidactylus mabouia pode ser um bom organismo modelo em estudos evolutivos por ser uma espécie invasora e amplamente distribuída. No entanto, sua biologia ainda é pouco conhecida. Na Biologia Evolutiva, a trajetória ontogenética de animais é uma ferramenta eficaz para a compreensão da sua história de vida. Assim, descrevemos a curva de crescimento de diferentes partes do crânio de H. mabouia, testando-as para alometria, e utilizamos ANCOVA para compará-las entre machos e fêmeas. Para isso, os espécimes foram diafanizados e realizamos morfometria linear com 8 medidas. Também realizamos morfometria geométrica com 30 marcos anatômicos em vista dorsal para analisar a variação da forma. Nenhuma curva de crescimento apresentou diferença entre machos e fêmeas, não havendo dimorfismo sexual no tamanho da cabeça; ainda, todos caracteres foram significativos para alometria negativa. A espécie não possui dimorfismo sexual no tamanho do corpo e diferentes espécies de Hemidactylus possuem formas de dimorfismo distintas. Isso pode estar relacionado a diferenças no nível de territorialidade e agressividade dos machos. Quanto a forma, a maior parte da variação está relacionada à ontogenia e não há separação de machos e fêmeas no morfoespaço. O desenvolvimento do crânio de H. mabouia é caracterizado pelo alargamento da região pós-rostral e baixa variação do rostro. Este padrão difere do encontrado em tetrápodes no geral, que possuem alongamento do rostro. No entanto, a deformação apresentada é semelhante a de grupos com pedomorfose do crânio. A ocorrência de pedomorfose em Gekkota foi proposta com base na osteologia e a trajetória de crescimento de H. mabouia corrobora essa teoria.