Painel de marcadores moleculares microssatélites (SSR) para fingerprinting de Coffea canephora

Coffea canephora é a segunda espécie de café mais cultivada no Brasil e representa 35% da produção mundial. Trata-se de uma espécie diploide (2n = 2x = 22), alógama, com alta variabilidade genética e elevada resistência e tolerância aos principais fatores bióticos e abióticos que atingem a cultura. A caracterização molecular é fundamental para entender a distribuição da variação genética dos materiais cultivados, fornecendo informações relevantes para o programa de melhoramento genético. Nesse sentido, a análise de DNA fingerprinting é uma importante ferramenta para obtenção de padrões únicos, que funcionam como uma “impressão digital genética”, permitindo a identificação, rastreabilidade e autenticação de cafeeiros. Esses padrões são obtidos a partir uso de marcadores moleculares para a detecção de polimorfismos de fragmentos de DNA. Marcadores moleculares microssatélites (SSR do inglês Simple Sequence Repeats) têm sido preferencialmente utilizados para essas análises devido à sua natureza codominante, multialélica e com distribuição aleatória no genoma, conferindo reprodutibilidade e confiabilidade. Dessa forma, o objetivo deste trabalho foi definir um conjunto de marcadores SSR para obtenção do fingerprint de genótipos de C. canephora. Para atingir esse objetivo, marcadores SSR foram escolhidos com base em estudos previamente publicados na literatura. Em seguida, a ferramenta PrimerBLAST foi utilizada para conferir o alinhamento e localização das sequências dos primers SSR no genoma de referência de C. canephora do GenBank. Foram selecionados marcadores distribuídos aleatoriamente no genoma da espécie. Então, o conjunto de primers foi utilizado para genotipagem de 58 cafeeiros de C. canephora cultivados em Rondônia, por meio da técnica de Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) e de eletroforese capilar para análise de fragmentos e obtenção do fingerprint. Os dados foram analisados por meio do software R para avaliar o conjunto de SSR utilizado através das métricas de Número de Alelos (Na), Conteúdo de Informação Polimórfica (PIC) e Poder Discriminatório (DP). O conjunto de 10 marcadores SSR estabelecido (SSR16, SSR119, SSR122, SSR34, SSR35, CaEST02, CaEST71, CaEST103, SAT207 e SAT235) foi eficiente para discriminar os 58 genótipos avaliados e para obter o perfil molecular de cada indivíduo. Dos onze cromossomos da espécie de C. canephora, os marcadores utilizados encontraram-se distribuídos em seis cromossomos distintos, sendo eles I, II, IV, VI, VII e IX, contribuindo para uma boa resolução e avaliação da variabilidade genética apresentada pela espécie. O Na identificado por marcador variou de 2 a 9 alelos, totalizando 54 alelos encontrados pelo conjunto. Os SSR apresentaram valores de DP de 0,577 a 0,924 e PIC de 0,508 a 0,919, sendo considerados marcadores altamente informativos e adequados para caracterização molecular e estudo de diversidade genética de C. canephora. Portanto, o presente trabalho demostrou que o conjunto de marcadores SSR selecionado pode ser preferencialmente utilizado para obtenção do fingerprint de C. canephora, tendo em vista a eficiência do conjunto na caracterização molecular e a importância dessa análise como fonte de informações para o programa de melhoramento genético da espécie.