Structural Modeling of Glycans: Improve Conformations Sampling

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  • Presentation type: Apresentação de Pôster / Poster Communications
  • Track: Development and/or implementation of Method/Theory
  • Keywords: glycans molecules; nonpolar surface area; replica exchange molecular dynamics;

Authors:

  • 1 Departamento de Física / Instituto de Ciencias Exatas / Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro
  • 2 Department of Chemistry and Biochemistry, Texas Tech University, Lubbock, TX, USA

Structural Modeling of Glycans: Improve Conformations Sampling

Lucas Modesto da Costa

Departamento de Física / Instituto de Ciencias Exatas / Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro

Abstract

The analysis of glycans and glycoproteins is challenging due to the high complexity and structural microheterogeneity resulting mainly from various isomers.

Accurate theoretical estimations of the structural microheterogeneity of glycan isomers were obtained using classical simulations and submitted selected conformations to ab initio optimization.

The bi-antennary system shows an excellent correlation between NPSA and retention time using the REMD methodology. The result is independent of analyzing all the conformations obtained via RMSD or just the lowest energy.

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Author

Lucas Modesto da Costa

Prezado Ricardo Oliveira,

As estruturas foram selecionadas das trajetórias clássicas, produzidas com GROMACS e escolhidas com o Cluster (o "cluster analysis" simplesmente faz uma matriz de RMSD com todas as conformações e retornas as conformações que apresentam maiores diferenças estruturais).
 

O XTB só foi usando para um simples cálculo de energia, para mostrar qual conformação seria mais estável, mais confiável do que usar de um campo de força para tais sistemas grandes. A escolha do GFN2 foi por uma questão de boa relação entre acurácia e velocidade. Eu já testei DFT/PBE/SV, mas como são muitas conformações, se tornou um alto custo computacional. Eu vou testar os funcionais 3c do S. Grimme para estes sistemas, acho q já está disponível no XTB.

 

Muito obrigado por ver minha apresentação e sugerir outra forma de calcular a energia.

Abraços,

Att. Lucas