Alimentos minimamente processados, quando manipulados de forma incorreta podem ser facilmente contaminados ou manter a carga microbiana do ambiente de produção. Com intuito de verificar e alertar a população do risco de contaminação alimentar, foi realizado um trabalho de pesquisa com um grupo amostral de alimentos minimamente processados (AMP). Para as analises, realizou-se quatro processos: o cultivo das bactérias presentes nas amostras, a extração do DNA bacteriano, a amplificação do DNA com primers espécie específico via PCR. O número amostral total, ao longo de um ano de pesquisa foi 23 com diversos tipos de frutas e verduras. Para o cultivo em meio sólido, o protocolo estabelecido seguiu APHA (2001), com adequações para os tipos de amostras. A extração do DNA das colônias visíveis, foi realizada com a lise celular térmica e enzimas. Para a amplificação e identificação dos referidos genes, foram utilizados os primers das espécies Escherichia colli, Shiguella sp, Salmonela sp e Stafiloccocus aureus com os referidos controles positivos. As amplificações foram analisadas em gel de eletroforese e fotografadas. Em todos os meios cultivados houve crescimento de bactérias. Em sete amostras foram encontradas a presença de E.colli, em outras cinco amostras identificou-se a presença de Salmonela e apenas uma amostra foi positivo para Shiguella. Amostras contaminadas em AMPs devem ser vistas como riscos à saúde pública porque, geralmente, esse tipo de alimento é consumido sem cozimento. Todo o AMP deveria estar livre de microrganismos evitando eventos de contaminação alimentar e risco a saúde humana. Apesar de o número de amostras positivas ser pequeno, esses resultados evidenciam falhas na higienização e manipulação dos alimentos minimamente processados.