A ema pertencente à família Rheidae, podendo ser encontrada na região Nordeste do Brasil. Dotada de grande importância econômica, despertou o interesse dos pesquisadores sobre sua morfologia, buscando contribuir com sua conservação e manejo. Assim, objetivou-se realizar a morfometria das glândulas pineal e hipofisária de emas. Para isso, foram utilizados 22 encéfalos de emas, com idades de 1, 2, 3, 4, 5, 6 e 18 meses. Os animais vieram a óbito por causas naturais e encontravam-se no CEMAS/UFERSA. As glândulas foram mensuradas quanto à largura (mm), comprimento (mm) e espessura (mm) com um paquímetro digital (MITUTOYO®), os dados foram submetidos ao teste de Tukey-Kramer para comparação entre médias, sendo estatisticamente diferentes p<0,05. A hipófise encontrava-se na base do encéfalo, abaixo do quiasma óptico, de forma arredonda e coloração cinza clara, já na região dorsal do encéfalo, a glândula pineal, apresentava forma triangular, cor cinza escura e disposta caudalmente aos hemisférios cerebrais. Na morfometria, houve diferença na mensuração da hipófise, sendo maior no macho com valores de: comprimento de 6,142 ± 0,326, largura de 5,672 ± 0,292 e altura de 4,440 ± 0,131. Da mesma forma, a glândula pineal apresentou valores maiores nos machos, com valores de 6,247 ± 0,233 (comprimento), 7,190 ± 0,573 (largura) e 4,700 ± 0,268 (altura). Conclui-se que a glandula pineal e hipófise possuem forma e localização semelhante às outras aves sendo ainda, maiores nos animais machos, talvez pelo porte maior destes animais. Estes dados servirão de referência para outros estudos morfofisiológicos sobre o papel dessas glândulas nessa espécie.