Pesquisas focadas em estudos ontogenéticos de vertebrados ainda encontram barreiras quanto à obtenção de séries completas (ou quase) de desenvolvimento e/ou à discriminação tecidos moles como cartilagens, músculos, sistema nervoso e órgãos viscerais utilizando tecnologia baseada em raios X. O uso da configuração da microtomografia por raios X síncrotron da linha de luz SYRMEP do Elettra Synchrotron, no modo de contraste de fase, permitiu acessar informações volumétricas de formação óssea, desenvolvimento do cristalino e mudanças no sistema nervoso central e notocorda durante o desenvolvimento dos girinos de Thoropa miliaris. Os dados tomográficos foram inicialmente trabalhados (pré- processamento e reconstrução) usando o software de código aberto SYRMEP Tomo Project. O processamento e a análise dos dados dos volumes tomográficos reconstruídos foram conduzidos com o auxílio da segmentação semiautomática do software Avizo Fire 8, que forneceu informações sobre tecidos e órgãos investigados. Então, as análises volumétricas foram realizadas para quantificar o desenvolvimento das estruturas em girinos de diferentes estágios de desenvolvimento. O presente trabalho mostrou que a microtomografia por raios X síncrotron usando contraste de fase possibilitou a visualização e diferenciação das bordas dos tecidos internos (bem como a morfologia dos girinos como um todo), tornando mais evidente e facilitando a segmentação dos tecidos investigados. O algoritmo de reconstrução e o software de segmentação desempenharam um importante papel nas análises quantitativas e qualitativas de cada estrutura alvo dos girinos em diferentes estágios de desenvolvimento, fornecendo informações sobre volume, forma e comprimento e permitindo estudos sobre mudanças ontogenéticas desses sistemas.