O gênero Siphonops contém quatro espécies atualmente reconhecidas como endêmicas da América do Sul. A baixa quantidade de caracteres autapomórficos com base em morfologia externa suscita a importância da utilização de caracteres de morfologia interna para complementar o conjunto de caracteres diagnósticos. O objetivo do estudo foi descrever e comparar a morfologia craniana de Siphonops annulatus e S. paulensis. Um crânio de cada espécie foi preparado mediante maceração. Siphonops anullatus apresentou o crânio proporcionalmente mais largo (L) e longo (C) (L/C=0,81) quando comparado a S. paulensis (L/C=0,78). Siphonops paulensis apresentou o mesetmóide mais largo e longo, e frontal mais longo. Em S. annulatus o frontal é retangular, enquanto em S. paulensis possui uma morfologia levemente triangular. Em S. annulatus, a projeção anterior do parietal é mais alongada e fina próximo ao contato com o mesetmóide e frontal. Em S. annulatus o osso basal apresentou borda irregular, enquanto em S. paulensis a borda é lisa e arredondada. O esquamosal apresentou a região dorsoposterior ligeiramente mais côncava em S. annulatus. Em vista lateral, S. paulensis apresentou o nasopremaxilar proporcionalmente mais alto e possui a borda anterior do maxilar mais projetado anteriormente. Siphonops annulatus apresenta 7-8 (direito-esquerdo) dentes nasopremaxilares (vs. 6-7), 11 dentes da série maxilar e 13 da palatina (vs. 9 e 9) e oito dentes vomerianos (vs. 6). Diferenças nos caracteres osteológicos são importantes no contexto taxonômico e funcional para as espécies, entretanto, aspectos da variação ontogenética devem ser considerados. Com a inserção de mais exemplares abrangendo a distribuição das espécies, iremos avaliar a utilidade da osteologia craniana para a taxonomia em Siphonopidae.