Supercooled DNA hydration water: dynamical and structural aspects

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  • Presentation type: Apresentação Oral Assíncrona /Asynchronous Oral Communications
  • Track: Molecular Dynamics
  • Keywords: Water; DNA; amorphous state; dynamical transition;

Authors:

  • 1 Departamento de Físico-Química / Universidade Federal do Rio Grande do Sul

Supercooled DNA hydration water: dynamical and structural aspects

Paulo Augusto Netz

Departamento de Físico-Química / Universidade Federal do Rio Grande do Sul

Abstract

DNA hydration water show a remarkable different behavior than bulk water.
The behavior is strongly dependent on the water model used.
The influence of the biological environment is strong at temperatures below 250 K for TIP4P/2005 and TIP4P/Ew water models, a hint of a dynamical transition.
The glassy nature of water, however, demands a further careful study on the structure.

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Author

Paulo Augusto Netz

Olá Valter

 

Muito obrigado, Valter.

 

A transição Arrhenius para não Arrhenius ocorre na água de hidratação de vários

sistemas (proteínas, ácidos nucleicos) e está ligada a uma maior estruturação

da água a baixas temperaturas (mais low-density-like). Alguns grupos chegaram

a quantificar a entropia em função da temperatura, eu ainda não tive muito tempo

para isso (as simulações ficaram prontas recém há um mês), mas planejo

fazer isto sim. Seria uma honra participar do workshop de vocês, presencialmente

ou remotamente.

 

Abraços

 

Paulo Netz

 

Author

Paulo Augusto Netz

Olá Eduardo

 

O custo computacional é enorme. As simulações a altas temperaturas, porque convergem rapidamente,

são realizadas ao cabo de algumas horas, mas as simulações a baixas temperaturas demandam

cada uma mais de uma semana num supercomputador. A análise também demanda algum tempo,

mas pode ser feita com uso de diversos scripts ou mesmo scripts que chamam outros scripts.

 

Abraços

 

Paulo Netz