Para citar este trabalho use um dos padrões abaixo:
Using GNPS tools to accelerate the metabolites identification of complex marine bacterial extracts.
Eduarda A. Moreira
Universidade de São Paulo
Agora você poderia compartilhar comigo suas dúvidas, observações e parabenizações
Crie um tópicoGNPS tools annotated diverse marine bacterial metabolites, supporting a faster and more reliable dereplication process. The annotations included β-carbolines, lipopeptides, bile acids and carbazoles.
Alana Kelyene Pereira
Parabéns pelo trabalho, Eduarda! Excelente apresentação!
Eu gostaria de saber mais a respeito do Derreplicator: Eu uso a ferramenta após realizar o Molecular Networking clássico? Ou posso colocar os dados brutos de LC-MS/MS direto no Derreplicator? E eu só posso usar para peptídeos?
Obrigada!
Edenilson dos Santos Niculau
Excelente trabalho e apresentação.
Há outras boas ferramentas computacionais existentes para desreplicação?
Atualmente já há um elevado número de espectros de massas de alta resolução nas bibliotecas existentes? Quais vocês utilizam como fonte de dados?
Eduarda A. Moreira
Olá Edenilson! Obrigada pelo feedback e pela pergunta.
Além do GNPS, eu conheço o MassHunter, que é um software da Agilent também utilizado para auxiliar na desreplicação.
Como a bilbioteca do GNPS é colaborativa, ela cresce a cada dia e já possui uma grande quantidade de espectros de alta resolução. Além desta plataforma, buscamos ainda informações na literatura e em bases de dados como o Dicionário de Produtos Naturais, o SciFinder e o PubChem, por exemplo.
Cristopher Boya
Congratulation excellent overview of the GNPS application. Could you explain how the dereplicated molecules were annotated in order to curate each hit? Saludos a Norberto desde Panama
Eduarda A. Moreira
Hi Christopher! Thank you for your comment and questions!
The annotations were based on the reference spectra provided by the platform in both tools and on information from the literature and other databases, such as PubChem. This data is related to my PhD project, so we are still working on it but, initially, that is what we used for curation.
Voy a enviar tus saludos a Norberto! ;)
Gracias!
Fausto Carnevale Neto
Oi Duda, parabens pelo trabalho! Fiquei curioso a respeito dos acidos biliares. Eles foram identificados por "MS2 library search"? Nao sabia que esta classe de metabolitos podia ser produzida por microorganismos marinhos.
Eduarda A. Moreira
Oi Fausto! Muito obrigada! =)
Os ácidos biliares foram anotados pela biblioteca do GNPS. Na literatura existem relatos do isolamento de compostos dessa classe a partir de organismos marinhos, e alguns são relativos a bactérias. É possível que os derivados esteroidais sejam produzidos pelas bactérias associadas aos tunicados ou esponjas, por exemplo, a partir de compostos produzidos por estes macrorganismos ou disponíveis no ambiente. A biossíntese desses compostos em bactérias ainda não é completamente esclarecida.
Hygor Marcos Ribeiro de Souza
Olá, Eduarda.
Parabéns pelo trabalho e ótima apresentação.
Eduarda A. Moreira
Muito obrigada, Hygor!
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Eduarda A. Moreira
Oi Alana! Muito obrigada pelo feedback!
Sobre a ferramenta: o Dereplicator é direcionado para peptídeos. Você pode utilizá-lo a partir dos seus dados brutos ou após o processamento inicial para a criação da rede molecular. No site do GNPS estão disponíveis mais informações e referências:
https://ccms-ucsd.github.io/GNPSDocumentation/dereplicator/
Att.
Maria Célia Tavares
Não conhecia o GNPS. Obrigada pela referência, Eduarda! Parabéns pelo trabalho!
Eduarda A. Moreira
Muito obrigada, Maria Célia!