Using GNPS tools to accelerate the metabolites identification of complex marine bacterial extracts.

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  • Presentation type: Exposição de Pôster
  • Track: Produtos Naturais - QPN
  • Keywords: GNPS; marine bacteria; Metabolomics; Molecular Networking; Natural products;

Authors:

  • 1 Universidade de São Paulo
  • 2 University of Sao Paulo

Using GNPS tools to accelerate the metabolites identification of complex marine bacterial extracts.

Eduarda A. Moreira

Universidade de São Paulo

Abstract

GNPS tools annotated diverse marine bacterial metabolites, supporting a faster and more reliable dereplication process. The annotations included β-carbolines, lipopeptides, bile acids and carbazoles.

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Eduarda A. Moreira

Oi Fausto! Muito obrigada! =)

Os ácidos biliares foram anotados pela biblioteca do GNPS. Na literatura existem relatos do isolamento de compostos dessa classe a partir de organismos marinhos, e alguns são relativos a bactérias. É possível que os derivados esteroidais sejam produzidos pelas bactérias associadas aos tunicados ou esponjas, por exemplo, a partir de compostos produzidos por estes macrorganismos ou disponíveis no ambiente. A biossíntese desses compostos em bactérias ainda não é completamente esclarecida.

Author

Eduarda A. Moreira

Muito obrigada, Hygor!

Author

Eduarda A. Moreira

Oi Alana! Muito obrigada pelo feedback!

Sobre a ferramenta: o Dereplicator é direcionado para peptídeos. Você pode utilizá-lo a partir dos seus dados brutos ou após o processamento inicial para a criação da rede molecular. No site do GNPS estão disponíveis mais informações e referências:
https://ccms-ucsd.github.io/GNPSDocumentation/dereplicator/

Att.

Maria Célia Tavares

Não conhecia o GNPS. Obrigada pela referência, Eduarda! Parabéns pelo trabalho! 

Author

Eduarda A. Moreira

Muito obrigada, Maria Célia!

Author

Eduarda A. Moreira

Olá Edenilson! Obrigada pelo feedback e pela pergunta.

Além do GNPS, eu conheço o MassHunter, que é um software da Agilent também utilizado para auxiliar na desreplicação.

Como a bilbioteca do GNPS é colaborativa, ela cresce a cada dia e já  possui uma grande quantidade de espectros de alta resolução. Além desta plataforma, buscamos ainda informações na literatura e em bases de dados como o Dicionário de Produtos Naturais, o SciFinder e o PubChem, por exemplo.

Author

Eduarda A. Moreira

Hi Christopher! Thank you for your comment and questions!

The annotations were based on the reference spectra provided by the platform in both tools and on information from the literature and other databases, such as PubChem. This data is related to my PhD project, so we are still working on it but, initially, that is what we used for curation.

Voy a enviar tus saludos a Norberto! ;)

Gracias!