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Objetivo: Descrever os principais desafios da coleta de dados do The Mothers, Infants, and Lactation Quality (MILQ) Study no Brasil. Métodos: Coorte prospectiva realizada no Brasil, Gambia, Bangladesh e Dinamarca, com o objetivo estabelecer valores de referência para nutrientes do leite humano. No Brasil, a coleta de dados foi realizada em uma maternidade pública no Rio de Janeiro (2018-2022). O recrutamento foi realizado no 3° trimestre de gestação, e 494 mães e seus filhos saudáveis foram acompanhados em quatro visitas no pós-parto: visita 1 (24-48 horas; n=428), visita 2 (1-3,5 meses; n=235), e visita 3 (3,4-5,9 meses; n=175) e visita 4 (6-8,5 meses; n=131). Resultados: Principais desafios: (1) padronização dos questionários/protocolos da pesquisa; (2) complexidade do método para estimar volume produzido de leite humano (transferência de deutério mãe-criança), considerado padrão-ouro; (3) perda na coleta de colostro de 30,6% (n=131), devido à dificuldade no contato telefônico com as participantes, ou a quantidade insuficiente de amostra; (4) perda de 10,4% (n=25) na coleta de sangue infantil na visita 2, em decorrência de recusa materna e/ou agitação das crianças; (5) interrupção do aleitamento materno exclusivo (AME) na visita 2 (84,9%, n=90), principal critério de exclusão do estudo; (6) perda de seguimento/reagendamentos das visitas devido ao apoio social limitado no pós-parto, e violência na área programática; (7) pandemia de COVID-19. Diversas estratégias foram utilizadas para minimizar estes desafios, como promoção do AME, e capacitação de equipe multiprofissional. Conclusão: Os principais desafios foram relacionados à complexidade do estudo, baixa prevalência de AME, e questões sociais.
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