Genômica comparativa e diversidade genética do gênero Campylobacter

Favoritar este trabalho
Como citar esse trabalho?
Detalhes
  • Tipo de apresentação: Iniciação Científica-Oral
  • Eixo temático: 1.1 UENF - Ciências Biológicas
  • Palavras chaves: Bioinformatica; Filogenômica; Diversidade;
  • 1 Universidade Federal do Rio de Janeiro
  • 2 Universidade Federal de Minas Gerais
  • 3 Universidade Estadual do Norte Fluminense Darcy Ribeiro

Genômica comparativa e diversidade genética do gênero Campylobacter

Sarah Henaut Jacobs

Universidade Federal do Rio de Janeiro

Resumo

O uso indiscriminado de antibióticos resultou em nichos propícios à evolução de bactérias multirresistentes. O gênero Campylobacter compreende bacilos Gram-negativos e móveis que geralmente habitam o trato gastrointestinal de alguns animais. Em 2017, a Organização Mundial da Saúde destacou espécies do gênero Campylobacter como altamente prioritárias para estudo. Diferente de outras espécies bacterianas geralmente associadas a surtos hospitalares, Campylobacter apresenta uma forte associação a surtos comunitários. Contudo, ainda existe um viés de estudo para C. jejuni e C. coli, particularmente por serem patógenos humanos associados a altas taxas de mortalidade, e C. fetus por apresentar alta relevância veterinária. Este trabalho objetiva analisar o gênero Campylobacter como um todo para estimar a diversidade do gênero e prospectar potenciais patógenos de acordo com o perfil de presença e ausência de genes de resistência e virulência. Para a realização deste trabalho, todos os 3277 genomas de Campylobacter disponíveis no Genbank foram baixados e filtrados por qualidade. Os genomas foram anotados utilizando o programa prokka v1.14.6 e os genes preditos submetidos à análises de perfis de resistência e virulência. Nós identificamos importantes padrões quanto ao conteúdo GC e tamanho de genomas ao observar as diferentes espécies de Campylobacter, aonde encontramos um padrão de agrupamento de genomas das mesmas espécies quanto às duas características. Através da análise de identidade média de nucleotídeos (ANI), foi possível observar discrepâncias entre o número de genomas identificados como cada espécie e aqueles realmente próximos entre si. Por exemplo, ao analisarmos C. coli, a taxa de erro entre o número de genomas previstos no Genbank e aqueles que apresentaram um valor maior que 95% de ANI foi de aproximadamente 14%. Já para C. fetus, esta taxa de erro de classificação foi de aproximadamente 45%, sendo possível observar um agrupamento dos genomas classificados erroneamente como parte da espécie, caracterizando uma potencial nova espécie. Tais resultados apontam um possível problema de classificação do gênero. Nossas análises também revelaram interessantes padrões de presença de genes de virulência e resistência em todo o gênero. Nosso trabalho abre uma nova perspectiva sobre o gênero Campylobacter, para além das espécies com maior relevância clínica e econômica no momento, a partir da investigação genômica de espécies ora pouco conhecidas.

Compartilhe suas ideias ou dúvidas com os autores!

Sabia que o maior estímulo no desenvolvimento científico e cultural é a curiosidade? Deixe seus questionamentos ou sugestões para o autor!

Faça login para interagir

Tem uma dúvida ou sugestão? Compartilhe seu feedback com os autores!