Oi John! Eu e toda minha equipe agradecemos imensamente as suas considerações e elogios. Respondendo aos seus questionamentos: 1. De fato, foi um resultado intrigante. Acreditamos que a melhoria nos parâmetros clínicos possa estar relacionada não com a expressão gênica, mas sim com a redução quantitativa no número total de A. actinomycetemcomitans pós-tratamento periodontal. Apesar de não avaliarmos esse dado no estudo, esse resultado já foi constatado em estudos anteriores do nosso grupo de pesquisa (Casarin et al., 2012); 2. Patogenicidade pode ser compreendida como a capacidade de um microorganismo em causar uma doença no indivíduo. Já a virulência é o grau de patogenicidade causado pelo microorganismo através de diferentes mecanismos; 3. A análise de bioinformática empregada utiliza um genoma completo do Aa como genoma de referência, ou seja, ele alinha todos os transcritos encontrados no biofilme com esse genoma do Aa, e os resultados obtidos são oriundos desse alinhamento; 4. A minha participação no trabalho foi através da organização dos counts de trancritos expressos pelo Aa. De fato, esse período de pandemia atrasou o fluxograma, porém alguns dados do transcriptoma já estavam disponíveis e conseguimos a partir daí realizar a análise de bioinformática de maneira remota; 5. Acredito que pouco se sabe sobre o perfil de expressão gênica do Aa no biofilme in-vivo, sendo a maior parte dos estudos nesse sentido sendo realizado in-vitro. Apesar de ser uma das espécies mais estudadas nesse perfil de paciente, esse estudo mostra que talvez essa cepa não ocupe um protagonismo no perfil de virulência da doença, mas sim um papel acessório, porém bastante importante, pois a presença desse microorganismo pode modular outros. Portanto, a compreensão de fatores de virulência pode direcionar novos estudos para compreender a ecologia no ambiente disbiótico e assim, surgirem novas estratégias de tratamento da doença periodontal; 6. Nosso trabalho é muito inovador, tanto por sua metodologia de ponta, quanto pelo tipo de análise que ocorreu in-vivo, diferentemente da maioria dos estudos que ocorre in-vitro. Através dele podemos entender melhor o comportamento de uma das bactérias mais importantes da Periodontite e dessa forma compreendemos mais um pouco a forma como ocorre essa doença. Um abraço pra você também! Muito obrigado pela sua avaliação!

Olá Layse! Eu e toda minha equipe agradecemos imensamente as suas considerações e elogios. De fato, as metodologias ômicas possuem um alto custo, entretanto, a análise transcriptômica utilizada, paired-end, ou seja, a partir das duas extremidades do material nucléico e com um bom número de pares de bases, permite uma profundidade bastante significativa do sequenciamento e um alto número de reads, mesmo utilizando poucas amostras, por isso não é tão incomum utilizar um n relativamente baixo. Acreditamos que no futuro possamos validar os resultados num maior número de amostras. Acredito que a maior dificuldade foi em relação à interpretação dos dados, visto que são muitos dados gerados e pouco se tem sobre trabalhos de transcriptoma na literatura em relação a esse perfil de paciente. De fato, esse não era o resultado esperado. Talvez os benefícios clínicos observados possam ter relação com a redução quantitativa desse patógeno, e talvez isso modifique a comunidade como um todo de maneira indireta, a partir sim desses mecanismos citados. A respeito da figura 2, na análise discriminante linear podemos observar os círculos que representam os intervalos de confiança. Como podemos observar, não houve o entrelaçamento dos círculos e assim podemos afirmar que houve uma diferença entre o grupo baseline e o grupo 3 meses. Já as setas, direcionam os fatores e o tamanho dos fatores que justificam as diferenças apresentadas. Sendo assim, adenosylcobalamin-dependent ribonucleoside-diphosphate reductase e rRNA pseudouridine synthase estão mais relacionados ao grupo baseline. Já LUD domain-containing protein e ATP-dependent chaperone CIpB estão mais relacionados ao grupo 3 meses. Muito obrigado pela sua avaliação!