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Log inINTRODUCTION AND OBJECTIVES: PALB2 is a tumor suppressor gene that encodes for a homonymous protein that works as a scaffold connecting BRCA1 and BRCA2 proteins. The BRCA1-PALB2-BRCA2 complex plays an important role in genome integrity maintenance and in homologous recombination repair, a DNA repair pathway. The interaction between PALB2 and BRCA2 forms a stable heterodimer mediated by the interaction of PALB2 WD40 domain and BRCA2 N-terminal region. Germline mutations in the PALB2 increase the risk of breast and pancreatic cancers. In recent years, the identification of PALB2 genetic variants in the population has increased significantly.However, the classification of variants according to their association with cancer is still a clinical challenge. Missense mutations (the exchange of a single amino acid residue) constitute a particularly group of difficult interpretation, usually being classified as variants of uncertain significance (VUS). In this work, our goal is to functionally evaluate PALB2 missense VUS located in the WD40 coding region. MATERIAL AND METHODS: We performed a literature curation to identify all the PALB2 VUS already described in the population (510 variants) and nearly all of them without information regarding protein function or pathogenicity. Variants were analyzed using the Align GVGD in silico predictor. We selected 10 PALB2 variants with a prediction score equal to or greater than C25 (moderate risk). Variants were functionally investigated based on their ability to interact with the C-terminal of BRCA2 protein, evaluated through a mammalian two-hybrid assay using BRCA2 as the bait and PALB2 as the prey protein. All variants were generated by site-directed mutagenesis strategies using PrimeSTAR® Max DNA polymerase and specific primers with the mutation of interest. All variants were confirmed by automatic sequencing using the Sanger method. The two-hybrid mammalian assay was performed in HEK293FT cells co-transfected with constructs encoding N-terminal BRCA2 fused to the DNA binding domain of GAL4 (GAL4:DBD-BRCA2) and wild-type PALB2 C-terminal or one of the analyzed variants fused to VP16 transcriptional activator (VP16-PALB2), in addition to the reporter system constructs (pG5Luc, encoding the luciferase reporter gene; pGR-TK, internal transfection control). Protein profile was evaluated by immunoblotting. RESULTS AND CONCLUSION: Our data demonstrated an intermediate interaction activity with BRCA2 for 7 out of the 10 variants (V919L; C933G; Q958E; V991A; M992K; P1009L; G1021E) suggesting a non-pathogenic behavior. The other three variants (E943K; G1028D and G1028V) showed a reduced activity, an indicative of pathogenic behavior. As a matter of fact, complementary functional information is needed for a final classification. The functional analysis of VUS is critical to built information on genetic variants behavior and corroborate to risk classification (pathogenicity) and hereditary susceptibility to cancer.
Mariana Pires Teixeira
Boa tarde, Daniel. Parabéns pelo seu trabalho.
Gostaria de te fazer algumas perguntas. 1- Há quanto tempo você participa deste trabalho? E qual o seu envolvimento nos experimentos apresentados?
Mariana Emerenciano
Olá Daniel, parabéns pelo seu trabalho!
Gostaria de te fazer duas perguntas. Qual a frequência de mutações em PALB2 em pacientes com câncer de mama? Existem pacientes que apresentam mutações tanto em BRCA2 como em PALB2, ou estas mutações são excludentes?
Daniel Soares Chrispim
Olá Mariana, muito obrigado!
Não existem muitos estudos sobre a frequência de mutações em PALB2 em pacientes com câncer de mama. Os dados existentes na literatura nos mostram que essa frequência pode variar de acordo com a população estudada, onde fatores ambientais e hereditários são importantes para o desenvolvimento do câncer de mama. Estudos na população asiática, por exemplo, estivam essa frequência em torno de 1%. Já estudos na população finlandesa estivam uma frequência de aproximadamente 5%.
Sobre mutações conjuntas em BRCA2 e PALB2, não me recordo de ter lido nada relacionado a isso na literatura. Como possivelmente a frequência de mutações em PÁLB2 seja muito menor que a frequência de mutações em BRCA2, acredito que a probabilidade de uma mutação nos dois genes, seja muito baixa.
Mariana Emerenciano
Muito obrigada pela resposta Daniel e sucesso na continuidade do seu projeto!
Daniel Soares Chrispim
Muito obrigado!
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Daniel Soares Chrispim
Boa tarde Mariana, obrigado! Eu estou a aproximadamente um ano e meio no grupo de trabalho e a minha participação nos experimentos foi desde a construção dos variantes analisados até a realização dos ensaios funcionais.
Mariana Pires Teixeira
Obrigada pela resposta.
2- No vídeo você comenta que as variantes V919L e V991A apresentaram "níveis proteicos abaixo do esperado" no ensaio de immunobloting. Como você explica esse dado?
3-Quais serão as próximas etapas deste trabalho?
Daniel Soares Chrispim
2- Esses dados do ensaio de immunobloting são referentes a apenas um único experimento, então iremos realizar mais um experimento, para corroborar esses dados. Uma vez se mantendo esse perfil de baixo nível proteico, podemos investigar porque isso está acontecendo.
3- Os dados apresentados nesse trabalho fazem parte de um conjunto maior de dados, onde o nosso grupo, juntamente com colaborações com outros grupos, realizará mais alguns ensaios para poder corroborar o comportamento desses variantes, tais como a atividade do reparo por recombinação homóloga desses variantes, assim como sua colocalização com proteínas envolvidas nesse reparo. O objetivo é poder criar subsídios para a classificação clínica desses variantes em patogênicos ou não-patogênicos.
Mariana Pires Teixeira
Ah, ok! São dados preliminares, então. Obrigada pelas respostas.
Daniel Soares Chrispim
Sim, obrigado pelas perguntas!