Como os quatro transcritos foram identificados como superexpressos?

Prezada Julia,

Parabéns pela sua excelente aprestação.

Gostaria que você comentasse a respeito dos seguintes pontos:

1. Os bancos usados para prospecção das proteínas de membrana foram de dados transcriptômicos, sabendo que pode haver uma diferença entre transcrição e tradução, você acha que seria importante pesquisar bancos com dados proteômicos?

2. Você saberia dizer se as proteínas de membrana selecionadas são glicosiladas?

3. Para uso como biomarcador, a combinação das proteínas poderiam trazer uma melhor seletividade e especificidade na ROC?

Obrigado e parabéns.

Fábio

Bom dia, Juliana. Primeiramente, parabéns pelo seu trabalho. Gostei bastante do vídeo.

Farei algumas perguntas que farão parte do processo de avaliação, mas acredito que elas também contribuirão para a futura publicação:

1) No resumo é mencionado que “A list of four target proteins (patent pending) was proposed from this inference for 111 breast tumor patients that included the different molecular subtypes (…). Mas não ficou claro para o que esta lista se propõe.

Também é mencionado que “The overexpression of these four proteins was validated remaining high in all molecular subtypes.” Novamente, não ficou claro para o que a expressão dessas proteínas se propõem.

Seriam marcadores de pior prognostico? Foi realizada uma curva de sobrevida global ou livre de doença para suportar a relevância desses alvos no desfecho clínico das pacientes?

2) Pelo que entendi através dos resultados, essas proteínas são expressas em alto niveis em amostras ou células de câncer de mama quando comparadas ao tecido nao tumoral. No entanto, gostaria de saber qual se a expressão delas é exclusiva a neoplasias de mama ou se também ocorre em outras patologias da mama como Fibroadenoma, Displasia mamária, etc.

3) Na figura mostrada na apresentação com o titulo “Gene expression profile of the selected targets in tumor and non-tumor tissues”, eh apresentado que o gente B possui uma  mediana de expressão em tumores de cabeça e pescoço superior as amostras de câncer de mama; e que o gene D uma mediana de expressão em tumores de colón e rins também superior as amostras de câncer de mama.

Será que estes dois seriam marcadores de carcinomas em geral e não exclusivos ao câncer de mama?

4) Nas últimas linhas do resumo, eh mencionado que “To understand which intracellular pathways could be involved with these proteins, analysis from the human interactome data was performed. We observed that the proteins downstream the intracellular signaling pathway present important roles in many processes of tumor progression.”

Qual foi a ferramenta utilizada para as análises de interactoma? Quais foram os processos celulares e vias de sinalização encontrados? Qual foi o p-value ou z-score ou false discovery rate usado como corte para essas analises?

5) A última frase do resumo afirma  “we expect that these proteins could be considered as suitable targets for therapy with a lower rate of undesirable side effects and greater therapeutic efficacy.”

Apesar dessa afirmacao, as pesquisas e o tratamento do câncer de mama se concentram atualmente no tratamento personalizado, considerando a história das pacientes e cada subtipo como uma doença diferente. Dessa forma, considerar algo que é comum a todos os subtipos não seria caminhar contra o tratamento personalizado?