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O Brasil possui dois amplos e únicos bancos de germoplasma (BG) de Híbrido de Timor (HdT) do mundo. No entanto, apenas cinco acessos geraram cultivares de Coffea arabica. Essa subutilização do BG decorre do desconhecimento da diversidade e o potencial agronômico. Neste trabalho objetivou-se caracterizar molecularmente 70 acessos de HdT do BG quanto a diversidade genética e a presença de sete locos/genes de resistência à ferrugem-CLR, antracnose dos frutos-CBD e mancha aureolada-BHB. Acessos de HdT foram analisados por dez marcadores moleculares associados a resistência à doenças e 12 SSR para diversidade. O agrupamento (Jaccard/UPGMA) e os parâmetros populacionais (Nei;Shannon) foram avaliados. Foram identificadas 26 constituições genotípicas, 22 acessos tiveram quatros locos de resistência à CLR piramidados, dois acessos com locos para CLR-BHB, e seis acessos para CLR-CBD. Os marcadores apresentaram diversidade moderada (He=0,358; PIC=0,37), sendo que oito marcadores foram suficientes para discriminar os acessos e estabelecer o fingerprint molecular do BG. Os acessos ficaram agrupados em nove grupos, enquanto os índices de Shannon (0,693–1,386) e de Nei (média=0,358) evidenciaram sete acessos com as maiores estimativas de diversidade. Os resultados contribuem para seleção de acessos divergentes e com múltiplos locos de resistência, subsidiando a seleção no programa genético do cafeeiro.
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