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Microalgas e protozoas são tradicionalmente classificados de acordo com características morfológicas e citológicas dos estágios vegetativos de seus ciclos de vida. Análises filogenéticas dos genes ribossômicos têm demonstrado que esse conceito morfológico é artificial para a maioria dos gêneros e deve ser revisado. Características morfológicas, comumente usadas na classificação tradicional das algas, precisa ser avaliada para cada gênero e espécie antes de ser usada como características diagnósticas na taxonomia. Entretanto, devido essas avaliações morfológicas necessita de muito tempo experiência, o conceito molecular de espécies parece ser o único método para distinguir organismos e definir espécies e gêneros em curto período. O fitoplâncton é considerado um indicador biológico sensível que responde ao estresse antrópico. Existe uma relação direta entre o
aumento de nutrientes e o aumento da biomassa fitoplanctônica em diferentes ambientes aquáticos. Assim, este trabalho objetivou a descrição da comunidade fitoplanctônica do Alto Tietê segundo a taxonomia tradicional e integrativa diante da literatura existente especializada e dos bancos de dados GenBank e AlgaeBase. Portanto, o alto nível de abundância da classe Cyanophyceae pode insinuar a contaminação por cianotoxinas e alterações ecológicas. Com relação a parte molecular, dos 47 taxa descritos, aproximadamente 42,5% não estão com o genoma inseridos no GenBank, o que revela uma precariedade nos estudos genômicos da comunidade fitoplanctônica.
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