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A Dermatite Atópica Canina (DAC) é uma doença tida como alérgica, inflamatória e crônica da pele, na qual há uma predisposição de origem genética. Os animais acometidos por essa patologia são predispostos a proliferação de micro-organismos, como as leveduras, representadas nos cães pela Malassezia spp. Malassezia spp. é considerada um comensal da pele dos cães, mas condições favoráveis permitem seu sobrecrescimento, a exemplo de quadros inflamatórios. Os aspectos associados a identificação dessa espécie são temas de interesse científico, de forma a contribuir para o esclarecimento da patogenicidade desse agente e de sua epidemiologia. A pesquisa teve como objetivo realizar a caracterização molecular de espécies de Malassezia spp. em cães com suspeita de Dermatite Atópica. Na qual, foram colhidas amostras de animais suspeitos, e realizadas citologia e cultura fúngica das mesmas. Em seguida, foi realizada a extração do DNA dos isolados e PCR convencional, que posteriormente foram submetidas ao sequenciamento para análise filogenética. Assim, com o surgimento de animais suspeitos de DAC atendidos no Hospital Veterinário Universitário (HVU), foram realizadas coletas de 20 animais com suspeita de Dermatite Atópica, apresentando descamações, prurido, eritema e hiperpigmentação moderada. Por meio do exame direto (citologia) e isolamento (cultura fúngica), foi possível a visualização de estruturas compatíveis com a Malassezia spp., como a presença de células leveduriformes em forma globosa e germinação unipolar, em 15 desses animais. A partir dos isolados, foi realizada a extração do DNA das amostras e a técnica de PCR convencional, para amplificação da região D1/D2 da subunidade maior do gene, onde observou-se a presença de produto amplificado 600 pb, conforme o esperado, confirmando a presença de Malassezia spp. nos animais suspeitos de DAC, seguidamente após o sequenciamento das amostras de qualidade, foi possível identificação e caracterização por meio da analise filogenética, da espécie Malassezia pachydermatis como a de maior predominância nesses animais
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