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A análise de qualidade da água é um fator importante para a gestão e a manutenção dos ecossistemas aquáticos. Técnicas de sensoriamento remoto tem sido empregadas para estimar a concentração de substâncias opticamente ativas na água. Este trabalho testou a performance de dois algoritmos de busca de bandas ótimas para estimativa de clorofila-a: (a) o método convencional, que varre todas combinações possíveis de bandas, e (b) um método de busca automática por algoritmos genéticos, que utiliza conceitos da evolução natural para encontrar a melhor combinação de bandas. A aplicação do algoritmo genético nos modelos de estimativa de clorofila-a de duas, três e quatro bandas em sistema estuarino tropical, se mostrou bastante eficiente na identificação dos ótimos globais, com ganho considerável de custo computacional. O coeficiente de determinação (r² = 0,94) e a raiz do erro médio quadrático (RMSE = 7,22) indicaram o modelo de quatro bandas foi o modelo mais adequado na estimativa deste pigmento.
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