Sim, seria possível aplicar a outras variantes. Contudo, o algoritmo tem a limitação de não levar em consideração alterações estrutruais na proteína em decorrência das mutações. Por isso, tivemos que recorrer a pacotes de dinâmica molecular já existentes, para assim realizar uma minimização estrutural, adequando portanto a estrutura à mutação aplicada.

Nos estudos da variante P.1, utilizamos o NAMD para dinâmica molecular adotando o modelo de água TIP3P. Para gerar todos os arquivos de topologia e configuração necessários para simulação, utilizamos o plugin QwikMD presente no software VMD. Tudo é automatizado no software desde a adição de íons para neutralização até as moléculas de água e parametrização, tendo portanto um grau de dificuldade menor comparado a outros softwares, como GROMACS. Todos os cálculos foram possíveis com auxílio de uma GPU. 

A importância da dinâmica molecular consiste em melhor compreendermos a estabilidade da estrutura diante da variante e também contornar algumas limitações do algoritmo. Isto porque, infelizmente o algoritmo ainda não é capaz de levar em conta alterações pontuais, como mutações, que naturalmente modificam a estrutura.  Um software de dinâmica molecular, por outro lado, por intermédio do campo de força pôde minimizar a estrutura em consequência dessa mutação e assim obtermos um resultado mais consistente.