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Calculus of the Second Virial Coefficient of Diatomic Molecules
Alberto Seleto de Souza
Escola de Engenharia de Lorena / Universidade de São Paulo
Agora você poderia compartilhar comigo suas dúvidas, observações e parabenizações
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Código em python para o calculo do segundo coeficiente virial; Segundo virial de moléculas diatômicas; Comparação de superfície de energia potencial entre diferentes códigos e métodos.
Leonardo Baptista
Gostei muito do seu trabalho, mas não entendi o objetivo de se usar o mesmo método, com a mesma base em diferentes softwares, por exemplo MRCI no Columbus e Molpro. A princípio os resultados deveriam ser os mesmos. Qual o motivo desta escolha: a) Facilidade com os inputs?b) Falta de confiança na implementação dos métodos? Fale um pouco mais sobre isso.
Leonardo Baptista
Gostei muito do seu trabalho, mas não entendi o objetivo de se usar o mesmo método, com a mesma base em diferentes softwares, por exemplo MRCI no Columbus e Molpro. A princípio os resultados deveriam ser os mesmos. Qual o motivo desta escolha: a) Facilidade com os inputs?b) Falta de confiança na implementação dos métodos? Fale um pouco mais sobre isso.
Patricia Barreto
Esse eh um trabalho de IC, e o objetivo principal era escrever o codigo para o calculo do virial. Como as SEP de diatomos que possiamos nao tinha dados de referencia significativos, decidimos construir as SEP para alguns diatomos especificos. Entao partimos para esses calculos.
E a ideia foi ensinar ao aluno a utilizar codigos diferentes, como montar inputs e analisar outputs, verificar se realmente os resultados deveriam ser os mesmos, entao foi mais um trabalho de aprendizado do aluno e nao de teste de codigos diferentes.
Por ser um aluno de IC, acho que vale a pena ganhar conhecimento nessa fase para depois escolher o codigo que vai continuar a utilizar para as novas SEP que for construir e por que.
Leonardo Baptista
Obrigado pela resposta.
Desculpe pelo excesso de postagens, meu navegador travou e fez uma postagem em série.
Márcio Alves
Boa tarde, Alberto,
Primeiramente gostaria de parabenizá-lo pelo trabalho apresentado. O seu inglês é muito bom mas sugiro para que no futuro use o mesmo idioma da apresentação oral nos slides. Ademais, tenho algumas dúvidas e questionamentos:
1) A energia potencial ab-initio calculada foi para 2 átomos de H ou duas moléculas de H2? A mesma pergunta vale para as demais moléculas.
2) Os dados de referência para o 2o coeficiente do virial são experimentais? De onde eles foram extraídos?
3) Qual foi o método usado para a integração da expressão para B(T)?
Att
Alberto Seleto de Souza
Boa tarde Márcio, muito obrigado pelo elogio e a sugestão.
1) Este trabalho estuda apenas moléculas diatômicas, ou seja, compostas por dois átomos. Portanto, as moléculas estudadas foram H-H, F-F, O-O, C-O, N-N, N-O.
2) Todos os dados de referência são experimentais, e foram retirados do livro "Virial Coefficients of Pure Gases and Mixtures", dos autores "J.D. Dymond, K.N. Marsh, R.C. Wilhoit". Lá você pode encontrar maiores informações sobre estes dados.
3) para realizar a integração de B(T), utilizou-se integração numérica da biblioteca scipy.integrate. Optei por utilizar o método mais sofisticado disponível nessa biblioteca, que é a regra da quadratura (scipy.integrate.quad).
Se tiver qualquer outra dúvida estou a disposição!
Rodrigo Leandro Silveira
Olá, Alberto! Parabéns pelo trabalho e pela ótima apresentação! Sobre a pergunta (1) do Márcio Alves, não ficou exatamente claro para mim se você calculou a energia para diferentes distâncias entre 2 átomos de uma mesma molécula diatômica (distância H---H de uma molécula de H2, por exemplo) ou se você calculou a distância entre 2 moléculas (distância entre uma molécula de H2 e outra molécula de H2). E na integral para B(T), do 1o slide, a variável de integração r corresponde à mesma distância variada nos cálculos quânticos? Um grande abraço e obrigado!
Patricia Barreto
Ola Rodrigo, fazemos um scan na distancia entre os atomos X-Y, para cada sistema, H2, ou F2, ou O2, ou CO, ou NO, sao sistemas diatomicos, dois atomos. Dependendo do codigo, calculamos 40pontos, ate 100pontos, para a distancia r_XY, com isso construimos a superficie de energia potencial do sistema diatomico.
Numa segunda fase, fazemos o ajustes dos pontos ab initio utilizando a funcao de Rydberg de quinta ordem, que comparamos com dados experimentais de distancia de equilibrio e energia de dissociacao.
Finalmente, utilizando o potencial ajustado, integramos a equacao do virial B(T), apresentada no segundo slide, e finalmente comparamos com os dados experimentais disponiveis na literatura.
Márcio Alves
Entendido, Alberto, então na verdade você calculou o segundo coeficiente do virial para sistemas atômicos. Mais uma vez, parabéns pelo trabalho!
Matheus Morato Ferreira de Moraes
Olá Alberto, um trabalho interessante. Na mesma linha de pergunta dos demais, você pretende estender o estudo para duas moléculas diatômica interagindo entre si? (H-H---H-H, por exemplo) Imagino que para os sistemas homonucleares os problemas de convergência em grandes distâncias seria menor, por se tratarem de subsistemas de camada fechada.
Alberto Seleto de Souza
Olá Matheus, muito obrigado. O nosso grupo de pesquisa já faz esse tipo de estudo, ano passado foi publicado um artigo sobre o sistema H2-H2, e esse ano sobre o sistema H2-F2. Ademais, nesta edição do SBQT temos trabalhos sobre o sistema H2-Cl2 e F2-F2 sendo apresentados. Se te interessar, posso mandar as referências de tais artigos. A continuação do meu trabalho de IC é escrever o código do virial para sistemas do tipo AB-CD.
Rodrigo Albuquerque
Prezado Alberto,
Primeiramente, parabens pelo seu trabalho e pela desenvoltura com a lingua inglesa. Gostaria de questionar a voce qual (is) seriam os principais desafios para realizar esses mesmos calculos com moleculas contendo 3 ou mais atomos.
Alberto Seleto de Souza
Boa tarde Rodrigo, obrigado pelo elogio.
Acredito que o maior desafio é performar tais cálculos considerando que a energia potencial é muito mais complexa: ela não é descrita por apenas uma função potencial de Rydberg de quinta ordem, mas sim por uma combinação linear de várias. Isso ocorre pois a interação molecular não depende apenas da distância interatômica, mas também de alguns ângulos entre os átomos. Para melhor compreender tal processo, recomendo que assista a apresentação oral assíncrona da doutora Patrícia Barreto, com título "Second Virial Coefficient for the H2 - Cl2 gaseous mixture".
Rodrigo Albuquerque
Com relacao ao codigo em Python. Foi escrito por voces mesmo ?
Alberto Seleto de Souza
Sim, exatamente.
Yuri Alexandre Aoto
Oi Alberto, tudo bem? Que método de integração você usou? Você implementou ou usou de algum pacote?
Alberto Seleto de Souza
Olá Yuri, tudo certo e com você? Para realizar a integração, eu utilizei a biblioteca scipy.integrate, mais especificamente o método quad.
Yuri Alexandre Aoto
Oi Alberto, outra pergunta: Você sabe dizer qual região da curva influencia mais o resultado, a região do poço ou a região de dissociação? Pergunto porque coupled-cluster não vai descrever bem a dissociação de algumas dessas moléculas, como O2 e N2. Então, para esses casos, se o comportamento da PEC no limite de dissociação é importante, só tem jeito com MRCI.
Alberto Seleto de Souza
A região de poço é mais importante, mas a região de dissociação também influência o resultado, em menor escala. Uma vez que os cálculos em CCSD(T) do Gaussian09 mostraram distorções para todos os sistemas com excessão do H2, partimos para outros códigos e até mesmo outro tipo de cálculo(MRCI).
Eduardo Lemos de Sa
Prezados Alberto e Patrícia
Parabéns pelo seu trabalho!!! Muito bem apresentado: seu inglês é muito bom!
Eu tenho uma pergunta:
1) Vocês têm alguma explicação para que a metodologia funcione bem para o H2 mas apresente desvios para outras moléculas ligeiramente maiores?
2) Quais modificações deveriam ser feitas para contornar os problemas nas moléculas maiores?
Obrigado por sua atenção
Eduardo
Alberto Seleto de Souza
Boa tarde Eduardo, muito obrigado pelo elogio!
1) Acredito que por o H2 ser uma molécula muito simples com orbitais muito bem definidos, o cálculo da SEP pode ser realizado com perfeição. Já para átomos com maior número atômico, é fácil obtermos algum problema de convergencia dos pontos ab intios durante o cálculo, ou até mesmo um pequeno problema de input resultar em um grande desvio.
2)Para solucionar esses problemas, o que pode ser feito é testar diferentes tipos de cálculo, como CCSD(T) e MRCI, e refazer o input mais uma vez.
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