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Mateus Xavier Silva replied to the topic "Abordagem"

Publication: Computational design of synthetic receptors for drug detection: interaction between molecularly imprinted polymers and MDMA (3,4-methylenedioxymethamphetamine)

Boa tarde, Thais. Parabéns pelo trabalho! Vocês chegaram a levar em consideração alguma correção de dispersão nos cálculos em algum momento? Acho que isso pode ser importante na descrição dessas energias de interação entre o template e os monômeros. O ORCA tem uma gama de possibilidades interessantes para se fazer isso. Vocês têm intenção de abordar o sistema polimerizado também (A partir dos monômeros obtidos melhores candidatos)? Você acha que seria possível, por exemplo, com QM/MM? Ao final, como eles podem ser utilizados como sensores? Vocês também selecionam monômeros com alguma propriedade específica que se altera e pode ser medida quando a molécula de interesse se liga nessa cavidade? Obrigado!
11/11/2021
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Haroldo Candal da Silva and 4 other people replied to the topic "Intensidade de picos de distribuição radial de pares"

Publication: Thermodynamic and Structural Description of Relative Solubility of Rutin by DFT Calculations and Molecular Dynamics Simulations

Boa tarde, Haroldo Bem interessante seu trabalho, especialmente por combinar várias abordagens bem distintas. Tenho apenas uma sugestão ao comparar gráficos de g(r) entre sistemas distintos, a intensidade do pico pode levar a conclusões erradas sobre ter mais ou menos moléculas solvatando determinado sítio, pois a mesma é a densidade local dividida pela densidade total da espécie em questão no sistema. Minha sugestão é tentar mostrar o número cumulativo de moléculas na primeira camada junto com as curvas de g(r) ao comparar sistemas de densidades distintas, pois esse valor é independente de mudanças na densidade de partículas. Claro, no pôster o tempo é bem limitado e talvez não desse tempo de discutir esse outro dado, mas acho interessante mostrar quando possível para evitar que o leitor associe um pico de g(r) mais intenso em um dado sistema a ter mais daquela espécie solvatando. Mais uma vez, parabéns pelo trabalho! Kalil
11/11/2021
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Alexandre Coelho Rodrigues Gomes and 1 other person replied to the topic "Polinitrogênios planares"

Publication: Stability of neutral molecular polynitrogens: Energy content and decomposition mechanisms

Olá Alexandre, excelente apresentação (principalmente o inglês). Tenho bastante interesse em moléculas homonucleares planares para alguns estudos que ando desenvolvendo. Pelas figuras, me pareceu (mas não ficou garantido) que alguns dos polinitrogênios eram planares. Saberia me indicar uma ou mais referências onde posso encontrar exemplos de tais estruturas planares (ou lineares)? Mesmo que a estabilidade seja baixa, elas servem pois vou trabalhar apenas bem próximo da posição de equilíbrio. Forte abraço e boa sorte na continuidade das pesquisas.
11/11/2021
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Gloria Maria Castañeda-Valencia and 1 other person replied to the topic "Efeitos de Solventes"

Publication: Quantum Chemistry study of the Pt(II,IV) complexes structures with anticancer activity

Olá Glória. Parabéns pelo trabalho. Por gentileza, vocês investigaram os efeitos de solventes. Eles são importantes na descrição de parâmetros em meio biológico. Há uma iniciativa para a parametrização de compostos de coordenação pelo grupo do Prof. Hélio F. dos Santos. da Universidade Federal de Juiz de Fora, de uma olhada no artigo: Yesylevskyy, S., Cardey, B., Kraszewski, S. et al. Empirical force field for cisplatin based on quantum dynamics data: case study of new parameterization scheme for coordination compounds." J Mol Model 21, 268 (2015). https://doi.org/10.1007/s00894-015-2812-0 Muito obrigado.
11/11/2021
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Diane de Oliveira Santos replied to the topic "Metodologia e transições eletrônicas"

Publication: Estudo das propriedades eletrônicas e dos espectros de UV-VIS dos complexos de rutênio-areno

Olá Diane, trabalho muito legal! Tenho algumas dúvidas e sugestões. 1) Por que você combinou duas famílias de bases distintas, as bases de Pople e Karlsruhe? 2) Sugiro realizar um estudo de reatividade utilizando alguma reação modelo ao invés de utilizar o gap homo-lumo, já que o mesmo não descreve adequadamente a estabilidade e nem a reatividade. 3) Como a energia e as intensidades de transição se comparam com os resultados experimentais? 4) Para as transições que envolvem os orbitais do "Ru", você pretende fazer um benchmark utilizando métodos MCSCF? Acho importante checar se o TDDFT descreve bem as transições d-d e MLCT.
11/10/2021
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Mariana da Silva Gomes replied to the topic "Mecanismo e cálculos"

Publication: Relativistic Computational Study of Aquation Reaction of Cisplatin

Oi, Mariana! Excelente apresentação e muito interessante seu trabalho! Por que vocês decidiram avaliar o caminho de reação concertado (SN2) para entrada da água e saída do cloreto? Esse é o mecanismo esperado para reações da cisplatina e corresponde aos valores experimentais que você usou como referência na comparação dos métodos avaliados? Há outras possibilidades mecanísticas SN1 (que começa pela etapa associativa do cloreto ou dissociativa da água), mas não sei se são razoáveis para reações com Pt. Outra dúvida: todas essas funções de base avaliadas já estão disponíveis no ORCA ou vocês tiveram de fazer alguma adaptação?  
11/10/2021
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Joyce Helena Cunha e Silva and 4 other people replied to the topic "Sobre a metodologia"

Publication: COMPUTATIONAL STUDY OF Pt-195 NMR CHEMICAL SHIFT IN Pt(II) COMPLEXES WITH ANTITUMORAL POTENTIAL

Oi Joyce   Parabéns pelo seu trabalho!! Pelo número de complexos estudados (103) é possível saber que foi um trabalho muito árduo.   Eu tenho algumas curiosidades e gostaria, por favor, que você fizesse alguns esclarecimentos: 1) Você otimiza as geometrias com um funcional/função de base (sem efeito relativístico) e depois calcula o deslocamento químico usando um outro funcional (e com efeito relativístico incluso). Esta metodologia foi testada (comparando resultados calculados com resultados experimentais) para quantos complexos de Pt(II)? 2) Quando você diz que a metodologia 3 é mais eficiente porque retira a necessidade de se calcular o deslocamento para o composto padrão de Pt, isto também não tira a possibilidade de corrigir-se erros computacionais que se anulariam? Ou seja, nenhuma metodologia é à prova de falhas mas, quando você aplica a metodologia para o padrão e para o composto estudado, estes erros poderiam cancelar-se. Na metodologia 3, não há esta possibilidade. Obrigado por sua atenção Eduardo
11/10/2021
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Henrique Euclides replied to the topic "Sobre a metodologia"

Publication: Study of the halon C2BrClF4 , reaction rate and properties

Oi Henrique   Parabéns pelo seu trabalho! Eu tenho algumas dúvidas e curiosidades sobre ele e gostaria, por favor, que você pudesse esclarecer-me: 1) Quando você compara as energias entre V1, V2 e V3, você encontrou que V3 é o mais estável. Isto não é curioso porque neste composto, diferentemente de V1 e V2, há dois átomos maiores (Br e Cl) que substituíram os átomos de F. Isto não é estranho? 2) Há alguma explicação para que a energia de ativação de V2 (na reação com H2) seja menor que as demais? Se comparada com V3 é compreensível porque há dois substituintes grandes, o que deve causar um impedimento estéreo grande mas, a diferença com V1 é pequena. Eu diria que V1 e V2 são razoavelmente similares. 3) Na sua publicação de 2017, você diz que o APUAMA é um software livre. Por favor, onde e qual é o procedimento para se conseguir uma cópia dele? Eu tenho um trabalho de catálise e gostaria de testa-lo.   Obrigado por sua atenção   Eduardo
11/10/2021
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Thais Sales and 1 other person replied to the topic "Sugestão"

Publication: Computational design of synthetic receptors for drug detection: interaction between molecularly imprinted polymers and MDMA (3,4-methylenedioxymethamphetamine)

Primeiramente, parabéns pelo trabalho! Dado que vocês estão fazendo o design dos receptores artificiais, será que não seria bom, também, calcular a energia livre (\Delta G) de formação do complexo receptor-MDMA? Eu entendo que (1) o tamanho dos oligômeros pode ser um gargalo e (2) a energia de interação contém informação relevante a respeito da interação entre o receptor e o ligante, mas dado que os receptores podem se comportar de maneiras distintas no solvente (água, eu presumo), não seria importante também calcular uma quantidade mais diretamente relacionada a constante de equilíbrio?
11/10/2021
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