Activity Feed

Follow the main updates and discussions about the papers published in SBQT 2021!

All activities (50)
Other

Leonardo Viana das Chagas Lima replied to the topic "Sobre protonação e dúvidas operacionais."

Publication: Dock2ONIOM: Utilitário Python para Rescoring de Poses de Docking Molecular pelo Método ONIOM

Olá Leonardo! Parabéns pelo trabalho; eu gostei bastante da apresentação! Eu tenho algumas dúvidas, entretanto: (1) Durante a preparação, como que o estado de protonação é definido? Como vocês antecipam os efeitos do ambiente do sítio de ligação no ligante? O estado de protonação é definido antes do docking, não? (2) Os inputs são preparados para quais software? (3) Dock2ONIOM usa recursos do PyMol, mas esse é um software pago da Schrödinger Inc. Vocês têm planos de tornar o seu software menos dependente de pacotes de terceiros?  
11/09/2021
+0
View discussion
Other

Letícia Nascimento and 1 other person replied to the topic "Redocking e Descirtores da estrutura eletrônica do sitio ativo"

Publication: Estudo de docking molecular e NCI das interações entre a Tacrina, ACh e a acetilcolinesterase humana.

Olá Letícia. Parabéns pelo trabalho. Por gentileza, você chegaram a investigar o re-docking? Se não a minha sugestão é o programa SMINA, gratuito, que é similar ao Autodock Vina, obtido aqui: https://sourceforge.net/projects/smina/ mas com uma função de Score melhorada chamada Vinardo. Mais detalhes sobre o Vinardo: "Vinardo: A Scoring Function Based on Autodock Vina Improves Scoring, Docking, and Virtual Screening" Quiroga R, Villarreal MA (2016) "Vinardo: A Scoring Function Based on Autodock Vina Improves Scoring, Docking, and Virtual Screening". PLOS ONE 11(5): e0155183. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0155183 Acredito que seria interessante você fazer uma análise de descritores do sitio ativo via DFT conceitual. Mais detalhes do DFT Conceitual em: "Conceptual Density Functional Theory" by P. Geerlings, F. De Proft, and W. Langenaeker Cite this: Chem. Rev. 2003, 103, 5, 1793–1874 Publication Date: April 17, 2003 https://doi.org/10.1021/cr990029p Dá uma olhada no programa Primordia do Igor Barden do Grupo do Prof. Gerd da UFPB. https://github.com/igorChem/PRIMoRDiA1.0v Muito obrigado.  
11/09/2021
View discussion
Other

Bruno Doria replied to the topic "Estrutura da cadeia e cargas e polarizabilidades."

Publication: On the aromaticity of (BN)3-pyrenes

Olá Bruno. Parabéns pelo trabalho. Por gentileza, vocês fizeram investigaram alguma investigação via "aromatic stabilization energies (ASE), ou anisotropy ofthe induced current density (ACID)"? você fizeram alguma investigação sobre como isto afeta a polarizabilidade e magnetizabilidade ?  Analisando este e mais alguns índices você poderá propor materiais com aplicação elétricas e magnéticas. Sugestão: Faça uma avaliação de descritores via DFT conceitual. "Conceptual Density Functional Theory" P. Geerlings, F. De Proft, and W. Langenaeker Cite this: Chem. Rev. 2003, 103, 5, 1793–1874  Dá uma olhada no programa Primordia do Igor Barden - UFPB. https://github.com/igorChem/PRIMoRDiA1.0v Muito obrigado.
11/09/2021
View discussion