Anais do Simpósio Brasileiro de Química Teórica
Proceedings of the XXI Brazilian Symposium on Theoretical Chemistry - Vol. 1 2021

Hi Daniel! Excellent job. Is your work published? If yes, could you send me, please.

Boa tarde, Mateus, parabéns pelo trabalho, muito interessante a reação que vocês estão estudando. Estudar reações em superfícies sólidas em ambientes astroquímicos não é uma tarefa fácil. Uma dúvida que eu tenho é sobre o formato do gelo. Fazendo a simulação com uma partícula de formato esférico haveria diferença nos resultados? Outro questionamento, seria possível utilizar um cluster de água em vez do sólido para a simulação, visto que estas partículas em meio interestelares são muito pequenas? Att

Boa noite Davi!

Uma ideia que me ocorreu vendo sua apresentação: Apesar de menos importante no contexto da interação com o surfactante, pode ser interessante avaliar também o potencial de adsorção do ouro em ouro. Isso daria uma ideia mais clara do quão bem o modelo clássico descreve a coesão do ouro. Isso seria importante futuramente ao ter interação entre 2 NPs que não estejam totalmente recobertas, por exemplo. Só não sei se nesse contexto faria mais sentido adsorver um único átomo de ouro na superfície ou adsorver um pequeno cluster de ouro. Com relação ao brometo, me parece que a solução passa por ajustar o sigma da interação com o ouro .

Abraços,

Kalil

Olá Carolina, parabéns pelo trabalho. Gostaria de fazer algumas perguntas:

1) No slide com os possíveis mecanismos de reação você mostra o estado de transição OPH-1A' com energia 0 e os outros com energia positiva enquanto o eixo vertical do gráfico indica a quantidade "Energia". Esse eixo é de fato energia ou é energia relativa (ΔE)? Tendo em vista isso, por que vários estados de transição têm energia menor do que o produto e ainda assim o produto é formado?

2) No geral cálculos CASSCF não são muito acurados para obtenção da energia total pois fora do espaço ativo não há inclusão de correlação dinâmica. Seus cálculos CASSCF tiveram algum tipo de correção perturbativa para inclusão da correlação dinâmica e melhora das energias?

Hi Caroline, very nice work! Did you consider the formation reactions of phosphorus-bearing heterocycles in order to compare to the nitrogen-bearing heterocycle ones?

Hi Lucas, congratulations on your work and presentation! Did you perform other analyses, to further evaluate these non-covalent interactions, such as QTAIM or NCI analysis? Maybe AIM analysis may be particularly interesting to characterize the covalence of such interactions in your work.

Could the covalency issue be solved via adding dipoles for the bond overlap electron density, in addition to the functional group dipoles?
Large covalency should correspond to significant interatomic (bond) density.

Boa tarde, Selma, gostaria de parabenizá-la pela qualidade do trabalho. Eu tenho é mais uma curiosidade. Há dados experimentais referentes a adsorção destas espécies nos minerais que você estudou?

Olá Mateus! Muito interessante o seu trabalho! Para modelos mais completos de reatividade em diversos ambientes astrofísicos é muito importante o estudo de reações em gelos. Parabéns pela iniciativa! Fiquei com algumas dúvidas. 1) Como você construiu o gelo amorfo? 2) Na reação em fase sólida as correções de Van der Waals foram utilizadas? 3) Pensam em estudar outros sólidos como SiC ou SiO2?

Olá Renan

Interessante o trabalho de vocês. Em relação aos dados experimentais, em algum dos sistemas

se conhece o alvo molecular (enzima por exemplo) de ação do fármaco ou há apenas conhecimento

da existência de interação in vivo/in vitro? Se houver o conhecimento do alvo molecular é possível tentar racionalizar

as conclusões de vocês sobre estrutura eletrônica da molécula com a estrutura, polaridade,

cargas, ligações de hidrogênio etc. dos resíduos com os quais ela eventualmente interage.

Abraço

Paulo Netz

Boa tarde, Guilherme. Parabéns pelo trabalho!

Como seria essa avaliação fotoquímica? Não seria interessante/possível que previsões teóricas acerca da fotoquímica desses compostos fossem realizadas em etapas anteriores? Fico com a sensação que uma noção da fotoquímica desses compostos seria importante já na sua "triagem virtual".

Obrigado!

Olá, José Geraldo. Ótimo trabalho!

Você falou que realizou cálculos com aproximações RIJCOSX e, pelo que entendi, foram utilizadas bases auxiliares com diferentes BS. Gostaria de saber se seria possível você disponibilizar o modelo desse tipo de input pois atualmente estou tentando realizar cálculos no orca envolvendo essas aproximações mas há dificuldades em incluí-las.

Obrigada.

Olá Lucas

Excelente apresentação, muito didática e clara, parabéns.

Abraço

Paulo Netz

Oi Tamires, parabéns pelo trabalho. Você também analisou essa reação com outros parâmetros eletrônicos?

Olá, Hercules!

Parabéns pelo seu trabalho. Quais os pKas da dopamina, vocês levaram isso em consideração?

Abraços

Paula

Parabéns pelo trabalho Isabela, orientador e demais participantes.

Eu fiquei com uma dúvida com relação ao método empregado nos cálculos de RMN. Pelo que eu entendi, você usou os 4 funcionais DFT com a função de base 6-31+G(d) nos cálculos de otimização e frequência. Mas não ficou claro qual método empregou no RMN? Foram os mesmos funcionais e função de base? Caso tenha sido, vocês não acham interessante utilizar funções de base de qualidade triplo-zeta nos cálculos de RMN?

Oi Larissa

Parabéns pelo seu trabalho!

Eu tenho algumas dúvidas e, se você puder esclarecer-me, agradecerei muito.

1) Como você determinou a natureza das transições eletrônicas? Na sua apresentação você falou somente da estrutura molecular mas muito pouco da estrutura eletrônica;

2) Se eu mudasse o lantanídeo, os resultados mudariam muito? Você chegou a fazer este teste?

Obrigado por sua atenção

Eduardo

Oi Ézio, parabéns pelo trabalho. Por ser uma protease, se vocês forem propor novos ligantes ou buscar novos inibidores, irão considerar o uso de inibidores covalentes? Por volta do minuto 4:06 da apresentação você comentou sobre valores da barreira hematoencefálica, tem algum motivo especial para isso? Esses medicamentos (benznidazol e fexinidazol) tem efeitos colaterais reportados e relacionados ao sistema nervoso central? Obrigado.

Olá Daniel, parabéns pelo trabalho e apresentação. Algumas dúvidas/curiosidades. Qual programa você utilizou para realizar o docking? Acredito que se você mostrasse algumas poses principais do resultado de docking poderia ficar mais fácil para analisar os resultados, pois como é conhecido, confiar nos scores obtidos por docking não é algo muito usual, devido a não consideração de entropia, solvatação, etc. Além disso eu me recordo que os testes clínicos fase 3 foram iniciados para o Favipiravir no início do ano, sabe de algo sobre esse estudo? E ainda não foi descoberto o mecanismo pelo qual o Favipiravir impede a replicação viral de alguma maneira? Obrigado!

Oi Luiz, parabéns pela apresentação. Vocês pretendem continuar este trabalho realizando outros cálculos com outras metodologias? Obrigado.

Oi Charlene, bem legal essa proposta que vocês estão realizando. Você tem ideia de quanto seria o pH em ensaios enzimáticos? Pois você disse que checou os estados de protonação utilizando pH = 7.4. Vocês pretendem realizar otimização nesses ligantes também? Obrigado e parabéns pelo trabalho.

Olá Antônio, trabalho bem interessante.  Na figura 7 você apresentou 3 conformações, aparentemente a B e C são plausíveis de acordo com o que você falou, em seguida você disse que as simulações MD demonstraram que a pose C é estável, você chegou a realizar a dinâmica para as outras poses (A e B)? Qual foi o tempo utilizado para a produção da MD? Tenho essas dúvidas, pois poderia ser que no fim da MD as poses pudessem convergir para uma única pose, então você conseguiria confirmar qual era a pose mais plausível. E quais são as perspectivas do trabalho? Parabéns pela apresentação e obrigado.

Oi Yuri, parabéns pelo trabalho. Na energia do LUMO, porque com 45 carbonos tem um outlier? Você chegou a verificar o motivo de ter esse outlier? A outra dúvida é como você calculou a energia de ionização e afinidade eletrônica, se foi pelas energias dos orbitais moleculares de fronteira (Teorema de Koopman's) ou se utilizou a diferença vertical com adição e remoção de 1 elétron no sistema mantendo o potencial externo constante?

Oi Suzane, bem interessante seu trabalho. Fiquei com algumas dúvidas, você selecionou fármacos ou pré-fármacos para iniciar a triagem? E o que seria um pré-fármaco (não me recordo dessa definição)? Pois se você analisou fármacos, que já são aprovados e estão em utilização, por que fez uma triagem de acordo com parâmetros ADME? Se esses são fármacos aprovados, nós já sabemos a sua segurança em administrá-los. Outra dúvida, tem algum motivo de irem direto da docagem para ensaios bioquímicos e testes in vitro sem realizar outros cálculos antes, como dinâmica molecular? O índice de seletividade apresentado na Tabela 1 é referente ao que? Muito obrigado.

Oi Lucas, parabéns pelo trabalho, me parece bem interessante. Apenas algumas questões, por favor. As naftoquinonas utilizadas já foram sintetizadas pelo grupo em algum outro projeto e vocês estão tentando reposicioná-las para a Mpro? Acho que seria legal você ter colocado a pose dos compostos no sítio ativo da enzima, fica mais fácil para o ouvinte visualizar. Uma última dúvida, vocês também irão propor otimizações nas estruturas mais promissoras para realizar novas sínteses e testes? Obrigado.

Oi Maria, parabéns pela proposta e pelo trabalho. O mecanismo de proteases são bem conhecidos, envolvendo a acilação e desacilação, além da participação da molécula de água. Tendo isso em vista, no caso da enzima que você está estudando, este será o primeiro trabalho computacional sobre o seu mecanismo? Caso não seja, o que vocês estão trazendo de novidade em relação ao que já existe? Mais uma vez, parabéns e obrigado.

Oi Eduardo, parabéns pela apresentação e trabalho realizado. Fiquei com uma dúvida, por que vocês otimizaram o ligante no Gaussian antes da docagem? Na grande maioria dos programas de docking, o programa mesmo irá utilizar as coordenadas do seu ligante para tentar encaixar no sítio ativo – basta fornecer um arquivo contendo estrutura 3d do ligante (mol2, pdb), onde o programa irá mudando as conformações do seu composto, então não entendi porque realizou esse passo, se puder me explicar eu agradeço. Obrigado.

Parabéns pelo trabalho! Como sugestão para trabalhos futuros, vocês podiam investigar esse sistema via covalent docking: Dessa forma conseguiriam até mesmo determinar como o ligante poderia inativar de vez a protease tendo em consideração o sistema após a formação da ligação covalente entre o ligante e o receptor.

Oi Isaac, poderia me falar, fazendo favor, o que é a regra inibidor-símile que vocês empregaram? São os parâmetros que você apresentou no minuto 2:06? Confesso que não conhecia esse termo 'inibidor-símile', para mim são propriedades físico-químicas do composto além das regras druglikeness de Lipinski e Veber. Parabéns pelo trabalho.

Parabéns Haroldo, Andrew, Luciano e Wagner pelo trabalho! Eu já tinha esbarrado no artigo do J. Mol. Liq. e desde então estava curioso sobre as diferenças marcantes observadas quanto aos diferentes modelos de solvatação utilizados.

(1) Será que o resultado obtido por MD foi melhor frente ao experimental por conta do tamanho e complexidade da estrutura do soluto, que então tem muitas conformações que contribuem e não são capturadas nos cálculos DFT?

(2) No geral, o modelo SMD é mais recomendado que o PCM, inclusive pelo próprio manual do Gaussian. Saberia indicar porque os resultados foram tão diferentes e melhores para o PCM-CavDispRep? Tenho bastante interesse no tópico!

Obrigado desde já! 

Olá João, parabéns pelo trabalho. Fiquei com algumas dúvidas, se puder me esclarecer, fazendo favor. 1 – Para os cálculos, você utilizou SH ou S- na representação da cadeia lateral da cisteína? 2 – Você mostrou que quando X=S a barreira de energia é menor do que quando X=O e disse que isso se deve ao fato do comprimento da ligação do enxofre que seria do resíduo de cisteína, mas será que isso não está mais relacionado ao fato do S estar fazendo com que o Carbono que estará sofrendo o ataque nucleofílico ficar mais eletrofílico? 3- Quando Y=S também foi observado a mesma magnitude na mudança da barreira de energia do que quando Y=O, se puder comentar um pouco mais sobre isso, acredito que isto também esteja relacionado com a minha pergunta 2. 4- Só um comentário, esses grupos formam uma ligação química irreversível com a enzima, os valores que você obteve de energia livre para o TS ajudam a confirmar isso, não sei se você chegou a notar ou fazer uma correlação com isso. 5- Se isso estiver afetando de fato a reatividade dos compostos, talvez os compostos com S por, aparentemente, serem mais reativos também apresentarão uma maior potência na inibição da CRM1, claro, pensando somente na formação da ligação química covalente irreversível sem considerar as interações não covalentes com o alvo.

Oi Alex, parabéns pelo trabalho. Realmente acaba sendo interessante analisar esses índices visando estimar a reatividade de compostos, no caso de fármacos eles são utilizados para calcular a reatividade dos grupos warheads presente em inibidores covalentes. No seu caso, pelo que entendi, você está tentando relacionar com as interações intermoleculares de acordo com a maciez, a abordagem é interessante, mas acredito que com uma simples docagem molecular você iria conseguir obter essas informações de uma maneira mais direta, como as dicas que o Graziâni comentou e eu estou de acordo no outro tópico. Falar que eles terão uma boa interação somente pela maciez global, acho que não é totalmente correto, seria necessário avaliar as interações não covalentes que esses fármacos realizam com o alvo viral (a enzima RdRp). Então, na verdade esse comentário é mais uma dica para você incluir outras metodologias para obtenção de seus resultados, como docagem e dinâmica molecular.

Parabéns pelo trabalho Yuri. Acredito que seria interessante analisar as propriedades de transporte em relação as estruturas e as moléculas. Você pensa em fazer isso no futuro neste trabalho? 

Olá Natália.

Parabéns pelo excelente trabalho.

Seria possível fazer investigação teórica da enantioseletividade de uma reação de Heck usando catalisadores de Ni ou seria necessário a utilização de algun composto de fosforo para ajudar nesta seletividade ou indutores quirais?

A reação teria que ser bi-catalisada ? vocês já as interações não covalentes ?

Maiores informações sobre o tema, por gentileza, de uma olhada aqui:

"Harnessing Noncovalent Interactions in Dual-Catalytic Enantioselective Heck–Matsuda Arylation"
by Yernaidu Reddi, Cheng-Che Tsai, Carolina M. Avila, F. Dean Toste*, and Raghavan B. Sunoj*
Cite this: J. Am. Chem. Soc. 2019, 141, 2, 998–1009
Publication Date: December 18, 2018
https://doi.org/10.1021/jacs.8b11062

Muito obrigado.

Dear Julia.

Congratulations for your presentation and paper.

However, in 2016, Enrico Benassi published a similar benchmarking in:

"Benchmarking of density functionals for a soft but accurate prediction and assignment of 1H and 13C NMR chemical shifts in organic and biological molecules"
by Enrico Benassi
Journal of Computational Chemistry, Volume 38, Issue 2, p. 87-92
https://dx.doi.org/10.1002/jcc.24521

In that, he presented the two hybrid generalized-gradient approximation density functionals, WC04 and WP04, optimized for the prediction of 13C and 1H chemical shifts with equivalent errors. 

More information about it:

"Hybrid Density Functional Methods Empirically Optimized for the Computation of 13C and 1H Chemical Shifts in Chloroform Solution"
by Keith W. Wiitala, Thomas R. Hoye, and Christopher J. Cramer
J. Chem. Theory Comput. 2006, Volume 2, Issue 4, p. 1085–1092
https://doi.org/10.1021/ct6001016

So I would like to suggest that you take a look in these papers.
Best Regards.

Boa noite Eufrásia,

Parabéns pelo trabalho.

Tenho algumas perguntas:

- Quais softwares foram usados nos cálculos?

- Como vocês incorporaram o efeito do solvente?

- Por que você diz que a inclusão do solvente altera o perfil da reação, uma vez que continuamos a ter a espécie singleto favorável tanto do ponto de vista termodinâmico como cinético?

- Como DeltaG foi calculado?

Olá, Vinicius. Parabéns pelos resultados e pela apresentação. Minhas dúvidas são: 1) as reações de ácido fórmico são feitas em meio aquoso? Se sim, vocês pretendem adicionar a água no meio para ver a influência dela? 3) Quais outras alterações no meio vocês pretendem avaliar? Obrigada

Oi Vinicius, qual a energia de adsorção estimada para essa interação do ácido fórmico na superfície de cobre nas diferentes conformações testadas? 

Excelente trabalho. Eu fiquei com dúvida sobre a geometria do ligante. Gostaria de saber se foi necessário realizar uma busca conformacional antes da otimização da geometria. Durante o procedimento de "Docagem molecular", a geometria do ligante é novamente alterada de forma de se ajuste melhor na macromolécula?

Att.
Lucas

Ola Joao, parabens pelo trabalho. Muito bem organizado. 

Gostaria que voce me explicasse o motivo de ter usado o conjunto de bases 6-31G(d,p), visto que os metodos de calculo de analise populacional sao bastante sensiveis aos conjuntos de base. POderia comentar com mais detalhes a metodologia usada para a obtencao dos indices de fukui ? Obrigado 

Oi João! Parabéns pelo trabalho! Vocês realizaram ou planejam realizar cálculos da interação das moléculas com os clusters de Ti? Você acredita que os índices de reatividade calculados são suficientes para ter um entendimento qualitativo da reação ou eles servem mais de base para outros estudos?

 Oi ALexandre;

 Parabens pelo trabalho. Fiquei curioso, pois nao ficou claro para mim. Estes polinitrogenios já foram sintetizados ou foram detectados de alguma forma experimentalmente?

Talvez valha a pena olhar o que Gabriel Merino (CINVESTAV, Mexico) anda fazendo. Até onde eu sei, ele trabalhava com estruturas exoticas, semelhantes as suas.

Acho que Breno o conhece.

Abracos

Helio.

Olá Gabriel. Excelente trabalho! Muito interessante e muito bem apresentado! Fiquei com uma dúvida, como foram escolhidos esses funcionais e funções de base? Você testou outros funcionais com correção de longo alcance ou métodos pós HF? Obrigado pela apresentação!

Olá Letícia, tudo bem? Fiquei curioso para saber qual base você usou nos seu cálculos e qual o método de cálculo de integrais moleculares. Esse tempo que você compara, é apenas das iterações SCF, ou também do cálculo de integrais?

Olá, Letícia, tudo bem? Parabéns pela apresentação, foi realmente interessante. Estou para iniciar um trabalho semelhante ao seu e tenho algumas curiosidades.

1) Você implementou o método Hartree-Fock, incluindo a otimização das estruturas das moléculas, em Python e Julia? Se sim, que baita trabalho braçal, difícil, está de parabéns. Se não, o que exatamente fizeste?

2) Você não discute a precisão (ou exatidão) de seus algoritmos, apenas o tempo de computação. Como que ficaram seus resultados, em relação à energia e geometria das moléculas?

Novamente, parabéns pelo trabalho. Meus parabéns.

Boa tarde, Thais. Parabéns pelo trabalho!

Vocês chegaram a levar em consideração alguma correção de dispersão nos cálculos em algum momento? Acho que isso pode ser importante na descrição dessas energias de interação entre o template e os monômeros. O ORCA tem uma gama de possibilidades interessantes para se fazer isso.

Vocês têm intenção de abordar o sistema polimerizado também (A partir dos monômeros obtidos melhores candidatos)? Você acha que seria possível, por exemplo, com QM/MM?

Ao final, como eles podem ser utilizados como sensores? Vocês também selecionam monômeros com alguma propriedade específica que se altera e pode ser medida quando a molécula de interesse se liga nessa cavidade?

Obrigado!