Activity Feed

Follow the main updates and discussions about the papers published in SBQT 2021!

All activities (50)
Other

Pablo Andrei Nogara replied to the topic "Dúvidas sobre a metodologia empregada e forma da PLpro"

Publication: Disulfiram derivatives as potential PLpro inhibitors: an in silico study

Oi Pablo, bela apresentação e trabalho. Tenho algumas dúvidas e comentários em relação ao trabalho, se puder me esclarecer por favor. 1 - Muitos trabalhos indicam que a díade catalítica da PLpro está como par iônico (Cys-/His+), pela imagem que você apresentou da docagem, você considerou esses resíduos na forma neutra, pode me dizer porque optaram por isso? 2 – Por que optaram por realizar a docagem não covalente ao invés da covalente? 3 – Por fim, a PLpro tem um loop no sítio ativo que se fecha com a presença do ligante/substrato, vocês consideraram isso de alguma maneira na docagem (deixando as cadeias laterais flexíveis, por exemplo)? Obrigado.
11/11/2021
View discussion
Other

Neubi Xavier replied to the topic "Uso de diferentes métodos para fase gasosa e sólida"

Publication: Accurate determination of relative stability and sublimation temperatures of alpha-, beta- and gamma-glycine polymorphs

Boa tarde, Neubi! Bem interessante seu trabalho! Tinha algumas questões quanto a metodologia mas elas já foram respondidas ao responder o professor Ricardo no outro comentário. Mas tenho uma dúvida ainda quanto a uso de diferentes níveis de teoria para as fases sólida (PBE-D3) e gasosa (CCSD(T)). O uso de diferentes níveis de teoria não pode ocasionar erros sistemáticos ao calcular diferenças em propriedades termodinâmicas entre elas? Não seria melhor usar o mesmo método para ambas? Ou foi empregada alguma correção que dependesse de usar um método mais custoso na fase gasosa?  Grato, Kalil
11/11/2021
View discussion
Other

Bárbara Pereira Peixoto replied to the topic "Efeito da solvatação implícita"

Publication: SN1 vs SN2 on sp3 carbon: exploring structural and electronic effects of substrate by DFT

Olá Bárbara, excelente trabalho, meus parabéns, é um estudo muito rico. A respeito dos resultados da energia de ativação do sistema SN2 e da energia de formação do carbocátion no SN1 considerando o efeito de solvatação, qual o solvente adotado no modelo de solvatação implícita do estudo realizado? A análise realizada quanto o efeito do solvente na estabilização dos íons presentes nas etapas reacionais de ambos os mecanismos poderiam variar de formas distintas ao considerar outros tipos de solvente e suas polaridades, representadas pela dieletricidade no modelo de solvatação implícita? Por último, como poderia ser interpretado a atuação do solvente ao reduzir a energia de formação do carbocátion no SN1, enquanto que o solvente promove um aumento da barreira energética no estado de transição do SN2? Novamente, parabenizo seu trabalho e sua apresentação. Att., Antonio Douglas Guedes.
11/11/2021
View discussion
Other

Mariana Toretti Caldeira replied to the topic "Scaling factor e detalhes do cálculo anarmônico"

Publication: Selective vibrational scaling for density functional calculations

Olá Mariana, bastante interessante o seu trabalho. Tenho algumas questões. 1) Como era de se esperar, a presença de hidrogênio leva a um desvio maior do modelo harmônico devido a alta anarmonicidade de estiramentos C-H e similares. Você não gerou "scaling factor" em função do tipo de vibração ou da região da frequência? Isso seria interessante. 2) Por que você não usou funcionais híbridos duplos como o B2PLYP? Esse funcional apresenta em geral uma precisão maior para geometrias e frequências harmônicas. 3) Como você lidou com as frequências com menos de 100 cm-1 para o cálculo da entalpia? Essas frequências em geral possuem um grande erro numérico. 4) Poderia me dar mais detalhes do cálculo anarmônico? Como você fez para utilizá-lo na correção do harmônico? Pergunto isso porque existem diversos protocolos para isso como VSCF e VPT2.  Além disso, o cálculo anarmônico gera sempre mais bandas, em particular na região acima de 2500 cm-1 (bandas de combinação/overtones).
11/11/2021
View discussion
Other

Rafael de Oliveira Lima replied to the topic "Ps"

Publication: Low-energy positron scattering by tetrachloroethylene (C2Cl4) molecule

Oi, Rafael, parabéns pelo trabalho   Duas perguntas: 1) a energia de ligação do cálculo é compatível com o experimento de aniquilação? 2) Você entende porque os dados experimentais para a seção de choque não têm assinatra da formação de positrônio?   Obrigado   Marcio
11/11/2021
View discussion
Other

Carlos Eduardo Vieira de Moura replied to the topic "Some questions"

Publication: Simulating X-ray Photoelectron Spectra using Multireference Algebraic Diagrammatic Construction Theory

Hi Carlos, I have been looking for some time to study something about ADC, of which I knew nothing, and this was a good way start, thanks for the talk!         I have some curiosities about it:         If I understood correctly, what you obtain from ADC are excitation energies directly; You don't have access to total electronic energies, is this right?         You say that it can be improved systematically, and make a parallel with perturbation theory. Does it converge to FCI excitation energies? Or it might diverge, like perturbation theory?          You answered in a question, now for the MR case, that MCSCF is used only to get a ground state, and on top of which ADC comes and give excitation energies. I don't know if this has any practical relevance, but what if you start with a excited MCSCF wave function? I guess that some of these excitation energies (relative to this chosen wave function) will be relative to new states (not obtained from ADC on top of ground state), some other to the same.... Do they compare well? Does it make sense trying ADC starting from an excited state?      Is there any restriction on which type of excited state can be reached, e.g , only dominated by single excitations?        Do you have a control on which state you are targeting? Or they just come in energy order?        Ops, I think that were too many questions... Perhaps the most important: which reference would you suggest to start learning this method?
11/11/2021
View discussion
Other

Pollyanna Pinto Maia and 1 other person replied to the topic "Correção de dispersão"

Publication: Polímero de Impressão Molecular para o Atenolol: Um Estudo Teórico.

Boa tarde, Pollyanna. Parabéns pelo trabalho! Você chegou a testar algum funcional com correção de dispersão? Isso pode ser importante para descrever esse tipo de interação entre os monômeros e o analito no seu trabalho. Se você não tem valores de referência para as interações entre essas espécies ou valores experimentais para comparar, pode ser uma boa testar várias classes de funcionais coerentes com as propriedades que você quer descrever para ver se apontam na mesma direção. Veja essa referência: DOI: 10.1039/C7CP04913G. Isso pode te ajudar na escolha de algumas opções. Muito interessante o tema da sua pesquisa. Sucesso no seu projeto!
11/11/2021
View discussion