Olá Acassio

Bem interessante o trabalho de vocês. Parabéns.

Vocês chegaram a submeter o último frame da dinâmica a uma

minimização prévia, antes do cálculo ONIOM?

Além disso, chegaram a testar programas de docking

para ver se o docking reproduz o ranking experimental

(embora o cálculo de vocês seja superior ao docking,

claro).

Abraços

Paulo Netz

Parabéns pelo trabalho Ricardo, muito interessante.
O algoritmo genético utilizado é " home made"?  pode descreve-lo brevemente? operadores usados, etc..

att

Olá, Prof. Ricardo! Achei o tema do seu trabalho muito bonito e gostei muito da apresentação. Me pareceu tudo muito diferente do que estou habituada e, portanto, fiquei com algumas dúvidas, porém vou fazer apenas algumas. Primeiramente, não ficou muito claro para mim a metodologia do seu estudo. Você menciona utilizar Algorítimo genético, mas qual o método teórico utilizado? Fiquei também interessada em saber se você faz otimizações, ou há um caminho reacional que mostra essa modificação estrutural. Me desculpo se minhas perguntas são muito leigas e agradeço a atenção.

Parabéns pelo trabalho e apresentação, Fred.

Com os resultados promissores para estruturas que permitem pi-pi stacking, vocês pretendem explorar outras substituições que favoreçam esse tipo de interação?

Obrigado.

Olá Vanessa, trabalho interessante! Não entendi como você mapeou as estruturas usando apenas mecânica molecular. Alguma dinâmica molecular foi realizada? Não entendi a média que você fez para obter o espectro final. Você usou os fatores de Boltzmann para ponderar? Pretende realizar a simulação do espectro utilizando algumas moléculas explícitas de solvente?

Boa tarde, André, primeiro gostaria de parabenizá-lo pelo excelente trabalho, sobretudo pela sua publicação em uma revista de alta relevância para a área. Gostaria de fazer algumas algumas perguntas:

1) Você usou o MRCI-F12 para os cálculos?

2) Tem alguma perspectiva futura quanto a este trabalho, como a construção de uma superfície de energia potencial completa?

Att

Ola Vanessa, parabens pelo seu trabalho. Gostaria que voce explicasse como foi obtida esses valores percentuais de contribuicao energetica para cada uma das estruturas. Obrigado 

Oi, Patrick! Parabéns pelo trabalho de vocês e pela sua apresentação! 

Fiquei curioso com a estrutura dos estados de transição para eliminação de H2. Como você as localizou na Superfície de Energia Potencial? 

Olá Jailton, assunto interessante! Os efeitos do ambiente químico e a entropia das esferas de solvatação não foram obtidos explicitamente. O gap de energia alto pode indicar que o ciclo SCF convergiu sem problemas e os orbitais otimizados representam de fato uma solução para o estado fundamental mas dificilmente vai descrever adequadamente a estabilidade ou reatividade. Eu sugiro fazer um estudo da energia de formação/solvatação em solução levando em consideração algumas moléculas explicitas do solvente.

Olá Thais, parabéns pelo trabalho e apresentação. Acredito que o analito escolhido  tenha características básicas, com pka alto, não é? Pois os melhores resultados foram com os monomeros funcionais com caracterísitcas ácidas, todos ácidos. As vezes, valeria nesse caso fazer uma buscar por mais monomeros ácidos ao invés dos básicos. Vocês pretendem calcular os valores de Delta G? Os valores de energia apresentados são bem altos. Achei bem interessante o teste de seletividade.

Olá Antônio

Bem interessante o trabalho de vocês. Senti um pouco de falta dos detalhes

do protocolo de dinâmica molecular (poderia ser só uma tabela ou mencionar

o tamanho da simulação etc).

Abraço

Paulo Netz

Parabéns pelo trabalho apresentado. 

Vocês cogitam a possibilidade de realizar esse scan no ambiente da proteína, usando um método de QM/MM? Se sim, qual seria a estratégia?

Até mais,
Gerd Rocha
 

Oi, Natalia! Achei seu trabalho muito detalhado e profundo. Apresentação muito clara também. Parabéns! 

Na etapa de eliminação redutiva, como você insere a base no caminho de reação para cômputo da energia total e construção do diagrama de energia? Adiciona à energia dos complexos formados a energia do carbonato/bicarbonato isolado? Você pode detalhar mais para mim? Fiquei interessado!
 

Bom dia, Vinicius. Parabéns pelo trabalho. Como você pretende calcular as energias de adsorção? Abraço.

Olá Thais

Bem interessante o trabalho de vocês, parabéns.

Vocês estão planejando também calcular a interação

entre o MDMA e oligômeros ou polímeros do monômero

escolhido?

Abraços

Paulo Netz

Nas regiões onde há descontinuidade nas propriedades medidas, porém ainda existe o ponto crítico de ligação, a posição do ponto crítico é alterada também? Foi só uma ideia que me ocorreu se essa descontinuidade não poderia ser devido a uma mudança abrupta na própria posição do ponto crítico.

Grato,

Kalil

Olá Vivian, parabéns pelo trabalho!

Eu tenho duas perguntas sobre o seu trabalho. A primeira delas é por que foi utilizado o LDA? Outras aproximações de funcionais de densidade como GGA e Meta-GGA, etc., melhoram a descrição dos sistemas estudados dependendo do que se está analisando (energia, por exemplo), então, usar outros funcionais não poderia melhorar a descrição do sistema em relação ao DMRG?

A segunda pergunta é relacionada ao fenômeno envolvido. Eu não tenho muito conhecimento sobre o emaranhamento quântico, embora vejo que há um crescente aumento de estudos envolvendo este tópico. No caso, eu queria entender melhor o que está acontecendo no sistema que modelou... O estado quântico de uma região A no seu sistema está distante de uma região B e o conjunto de interações entre essas regiões (que entendi estarem isoladas) interferem na transição estudada? É isso mesmo? Eu fiquei interessado pelo tema, mas não sei se entendi direito esse aspecto.

Olá Murillo, o trabalho é muito interessante. Tenho algumas dúvidas. 1) Como você obteve as geometrias dos aglomerados? Manualmente? Por dinâmica? 2) Você computou o espectro composto das estruturas de mais baixa energia? 3) Você pensa em estudar a interação das águas com o cátion do naftaleno uma vez que o cátion apresenta intensidades de transição maiores?

Parabéns! Excelente trabalho. Você chegou a utilizar algum método ou fazer uma análise da energia de ativação? Em geral DFT subestima a energia de ativação. Como poderia melhorar esta descrição e o quanto isso pode está afetando a acurácia dos valores das constantes de velocidades?   Esta correção é mais ou menos importante do que os métodos usados para descrever as constantes de velocidade?

Parabéns pelo trabalho apresentado. Qual foi o método quântico usado para montar as curvas de energia potencial? 
Até mais,
Gerd Rocha
 

Olá Luiz, eu não consegui entender qual é o objetivo do trabalho. É um trabalho didático? É um trabalho de benchmark de propriedades espectroscópicas?

Oi Luiz, tudo bem? Não ficou claro para mim como foi feita a correção anarmônica, já que você sugere a expansão da energia apenas até derivada segunda... As suas frequências nos resultados são com que tipo correção de anarmonicidade?

Olá Kelly, trabalho legal! Tenho algumas dúvidas. 1) Existem duas opções de dopagem no endoesqueleto (substituição interna, endo), ambas foram testadas? 2) No caso da dopagem endo, a estrutura resultante é um dubleto, quando os dímeros são formados inicialmente pelo empilhamento-pi, como o spin foi tratado? A formação de ligação é interessante, pode ser uma consequência da aproximação de dois sistemas radicalares. 3) Testaram realizar algumas dinâmicas? Elas (talvez) possam ser feitas em nível DFTB ou xTB.

Olá, parabéns pela apresentação! Gostaria de saber se o LUMPAC é parametrizado para compostos binucleares e percebi que voce usou apenas um poliedro de coordenação para tais compostos, você acha que isso afeta os valores obtidos se comparado com os experimentais ?

Olá, Henrique. Parabéns pelo trabalho. Gostaria de saber quais são os gargalos do seu trabalho. Você acredita que poderia ser interessante desenvolver métodos específicos para descrição das superfícies destes sistemas? Existe interesse em investigar estados excitados destes sistemas?

Obrigado!

Ei Mariana! Parabéns pelo trabalho, é muito legal e completo :)

Eu não estou acostumado com esse tipo de sistema, mas o acoplamento spin orbita me pareceu extremamente baixo (abaixo de 1cm-1 na sua tabela)
isso é comum para essas moléculas?
Nos casos que estou acostumado isso costuma chegar a ordem de 100cm-1.

Na sua metodologia, esse SOC é calculado como o operador H_{SO}, usando as funçoes de onda spin singleto e tripleto, tipo: < T |HSO| S >
?
Parabéns mais uma vez pelo trabalaho!

Olá mônica, parabéns pelo trabalho. Eu gostaria de saber se no composto binuclear foi usado dois ou um poliedro?  Caso um, quais os critérios para a aproximação? E se o poliedro utilizado tem uma forma de partida, como por exemplo, o icosaedro. 

Oi Marcel, tudo bem? Pelo que entendi essas energias que você apresentou nos seu diagramas da SEP são do CCSD(T)/CBS, certo? Os resultados DFT para essas energias muda muito (em particular para as energias do estado de transição)?

Além disso, esse sistema é dubleto, certo? Que versão do método CCSD você usou, com relação ao spin? Restrito, não restrito, parcialmente restrito? Sobre Hartree Fock não restrito ou restrito?

Parabéns pelo trabalho apresentado. 

Vocês cogitam usar métods mais sofisticados, como dinâmica molecular ou cálculos quânticos para refinar as moléculas triadas?

Até mais,
Gerd Rocha
 

Caro Lucas, espero que esteja bem.

Vejo a etapa relatada como um etapa inicial do seu trabalho. Quais seriam os próximos passos?

Você acha relevante fazer uma análise mais aprofundada usando mecânica quântica?

Oi, Gabriel, parabéns pelo seu trabalho detalhado e pela apresentação clara!
Como é possível simular a rotação ótica dessas estruturas? Digo, como computacionalmente é possível simular a OR? Não sei se consegui ser claro, mas vamos conversando. 

Olá Lucas, parabéns pelo trabalho.

Minhas perguntas são:

1) Os ligantes que vocês utilizaram no virtual screenin já são liberados catalogados e liberados para uso em humanos?

2) Antes dos testes experimentais vocês pretentem fazer algumas rodadas de dinâmica molecular para consolidar os resultados de docking?

Parabéns pelo trabalho Lucas! Trabalhei uma época com essas reações tentando explicar a preferência por um dado produto (endo ou exo) formado, e na época não lembro de ter visto muita coisa com QTAIM. Vi que vocês escolheram um reação clássica para iniciar os testes e caso funcione com certeza vai dar muito "pano p/ manga". Vou deixar a referência do artigo que publiquei na época, pois quem sabe te ajude em algo ou dê alguma nova ideia: https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S2210271X17305030?via%3Dihub

Boa noite, Lucas. Parabéns pelo trabalho!

Uma pergunta de um leigo em QTAIM: esse BCP é bem definido mesmo no extremo do IRC onde o etileno e o butadieno estão distantes?

Obrigado.

Oi Lucas,

parabéns pelo trabalho.

Será que a descontinuidade pode ser explicada por uma mudança da configuraçao eletronica? Entretanto isso precisaria de uma análise por orbitais moleculares, que nao é bem o que vcs queriam fazer com QTAIM ne?

Olá Lucas, boa noite.

Gostaria de saber se os valores de energia situados nos BPC podem ser considerados como parâmetros para quebras de ligações e formação de novas ligações na construção de estruturas. Podem?

Hi, Henrique! Very nice and sound presentation! Congratulations for the work done.

V1 and V2 are just two different conformer of the same molecule. V3 is a constitutional isomer, where bonds need to be broken and reformed. Although V3 is the more stable structure, how could it be transformed into V2 or V1? I would expect a relevant barrier for this conversion. 

When you talk about V1, V2 and V3 barrier, what is the process you are referring to? For the reaction with H2?

Are these reaction mechanisms already proposed in the literature or your group came up with these you exposed?

Oi Henrique, tudo bem? Se entendi direito, o V3 é a espécie com menor energia, certo? Isso é curioso, pois os dois maiores átomos, estão no mesmo carbono e eu teria chutado que é o menos estável, por algum impedimento estérico. Bom, tudo bem que são apenas átomos, não grupos grandes... Você tem alguma explicação química, mais intuitiva, do porquê? Sabe se esse comportamento se mantém para outros métodos de estrutura eletrônica? Você calculou as frequências e a energia do ponto zero? Elas mudam muito entre V1, V2 e V3?

Társis, parabéns pelo trabalho.

Eu achei uns resultados bem estranhos. Não estou familiarizado com essa "bacia" que você mencionou.

Nesse sentido, você afirma que o F2 não teria uma ligação covalente, certo? Isso é bem estranho, não?

Você pode discutir isso um pouco mais?

Obrigado.

Parabéns pelo trabalho apresentado. 
Vocês pretendem ampliar o conjunto de moléculas com ligações não usuais estudadas?
Outro ponto, vocês acham que com a consideração de solvente suas análises podem ser alteradas?

Até mais,
Gerd Rocha