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Paulo Augusto Netz and 1 other person replied to the topic "perguntas e sugestões"

Publication: Theoretical simulations for the Delta variant of SARS-CoV-2 for understanding the evolution of structural stability

  Olá Micael Muito interessante e relevante o trabalho de vocês. Uma pergunta: no setup da dinâmica molecular, está correta a indicação de que o tamanho da caixa é de 10 A? Não seria 10 nm? Pela minha experiência o RBD da Spike não cabe numa caixa de 10 A, ainda mais que ele não pode interagir com a própria imagem periódica. Eu simulei com uma caixa de mais de 80 A de aresta, com 19 000 moléculas de água e também íons. Outra questão: a simulação dinâmica molecular é ainda muito curta para se ter alguma ideia mais quantitativa. No entanto, sigam adiante, o trabalho vale a pena. Se quiserem conferir, tenho trabalhos similares:   https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/07391102.2021.1975569     https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.07.16.452571v1   Abraços   Paulo Netz            
11/12/2021
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