Excelente apresentação.

Por sua experiência, é viável obter as mesma propriedades de ORD com os mesmos sistemas usando métodos Coupled-Cluster, MP2 ou CI?

Boa noite, Luiz.

Parabéns pelo trabalho.

Até essa fase do trabalho, qual o método que se mostrou mais promissor? Se tiver uma justificativa, por favor, me informe.

Abraços 

Boa tarde Vinicius.

Parabéns pelo seu trabalho e excelente apresentação.

Me surgiu uma duvida: quais as condições periódicas de contorno que você usou no seu estudo? 

Muito obrigada.

Luiz, tudo certo? Percebi que independente do método, se obtém valores bem próximos, especialmente para algumas moléculas (HF, por exemplo). Você pretende ampliar essa análise para outras funções de base?

Boa tarde Clarice.

Parabéns pelo seu trabalho e pela sua apresentação!

Tenho um a pergunta:

Seu protocolo de testes seria capaz de prever outras possíveis mutações?

Em trabalhos como esse, que seria de calibração de método (vulgo benchmarking), há muitas variáveis e maneiras de construí-lo. Você pode estar perto do fim e pronto para escreve-lo ou apenas começando com os resultados que você obteve. Em qual categoria, você se encontra ou gostaria de estar? Dito de outra forma, quanto fôlego ou tempo vocês ainda têm ou gostariam de dispender com esse projeto?

Extremamente impressionante o trabalho, parabéns !!!

Tenho uma dúvida associada a energia de hidratação. Me perdoe se perdi a explicação, ou seja uma pergunta muito básica.

A energia libre de hidratação é calculada com solvente implícitos ou explícitos ? 

Caso seja explícito, o Sr. conseguiu avaliar as interações envolvidas? Pois, acredito que isso justificaria um aumento de energia quando o produto é benzeno e negativo quando pirimidínico.

 

Olá Lucas, não tenho qualque conhecimento prévio sobre o QTAIM, mas um método para previsão de quebra e formação de ligações é interessante. Tenho algumas dúvidas:

1) Como a densidade eletrốnica entre dois átomos é calculada?;

2) A presença de outro átomo entre os dois de interesse afeta essa medida de densidade? Por exemplo, no início da animação mostrada um dos hidrogênios ligado carbono (14) parece estar entre esse carbono e o carbono (1) isso seria um problema?;

3) Durante a conclusão você comenta a possibilidade de utilizar outros métodos, há alguma limitação para o uso do QTAIM em outras metodologias?

Davi, muito bom seu trabalho. Não sei se acabei deixando passar, mas, quantos átomos de ouro vocês usam nesse sistema? Teria um limite ou seria válido usar essa metodologia em sistemas com 60-100 átomos?

Parabéns pelo excelente trabalho!

Nesta etapa os cálculo foram realizados sem levar em conta os efeitos do solvente? Assumiu-se para os cálculos o pH fisiológico?

Abraço!

Olá Alexandre! Parabéns pelo trabalho, um abraço!

Olá Murilo, parabéns pelo trabalho. Você tem intenção de analisar a interação do dímero com outras moléculas? A escolha do naftaleno foi por conta da aromaticidade ou há outro motivo?

Olá Beatriz, tudo bem? Parabéns pelo trabalho. Você pretende testar outros metais alcalinos? Pergunto isso, pois seria interessante observar os efeitos do aumento do átomo, já que o potássio é o maior dos que você estudou e teve os melhores resultados.

Hi Tatiana! Your presentation was very clear and with very consistent results! Congratulations!

Olá Wellington, muito bom o seu trabalho. Você fez ou pensa em fazer esses cálculos com o N6 para outras estruturas cristalinas além dessas?

Parabéns pelo trabalho e apresentação, Iago.

O que vocês atribuem à não obtenção de bons resultados para a Proposta 1? E quais modificações pretendem fazer para obtenção de uma possível melhor "Proposta 2"?

Obrigado.

Oi Vanessa!

Excelente trabalho. Parabéns.

Quando você fala em forma biologicamente ativa, você fala do pH fisiológico, 7,3-7,5 ou está estudando outro microambiente?

Olá Daniel, excelente apresentação.
Como foram obtidas as geometrias com as moléculas de água? Foi feito o IRC ou algum outro processo de varredura?
Foi considerado um modelo de solvente contínuo, como PCM?

Boa noite Jéssica,

Parabéns pelo trabalho. Fiquei com algumas dúvidas.

- A proteína PDB ID 4PTW não parece se referir ao complexo alvo do seu trabalho. Por favor, reveja seu código, pois acho que é 4TPW (você inverteu "T" com "P"!)

- Por que vocês usaram as bases Pharmit e ZinPharmer? Alguma razão específica?

- O (re)docking foi realizado usando qual proteína do complexo, eIF4E ou eIF4G?

Olá Aline, parabéns pelo trabalho e pela apresentação. Vocês avaliaram a influência de interações não covalentes no mecanismo? Após a validação do mecanismo vocês pretendem estudar sistemas bioinspirados para catalisar reações desse tipo?

Boa noite Davi!

Uma ideia que me ocorreu vendo sua apresentação: Apesar de menos importante no contexto da interação com o surfactante, pode ser interessante avaliar também o potencial de adsorção do ouro em ouro. Isso daria uma ideia mais clara do quão bem o modelo clássico descreve a coesão do ouro. Isso seria importante futuramente ao ter interação entre 2 NPs que não estejam totalmente recobertas, por exemplo. Só não sei se nesse contexto faria mais sentido adsorver um único átomo de ouro na superfície ou adsorver um pequeno cluster de ouro. Com relação ao brometo, me parece que a solução passa por ajustar o sigma da interação com o ouro .

Abraços,

Kalil

Olá Carolina, parabéns pelo trabalho. Gostaria de fazer algumas perguntas:

1) No slide com os possíveis mecanismos de reação você mostra o estado de transição OPH-1A' com energia 0 e os outros com energia positiva enquanto o eixo vertical do gráfico indica a quantidade "Energia". Esse eixo é de fato energia ou é energia relativa (ΔE)? Tendo em vista isso, por que vários estados de transição têm energia menor do que o produto e ainda assim o produto é formado?

2) No geral cálculos CASSCF não são muito acurados para obtenção da energia total pois fora do espaço ativo não há inclusão de correlação dinâmica. Seus cálculos CASSCF tiveram algum tipo de correção perturbativa para inclusão da correlação dinâmica e melhora das energias?

Hi Caroline, very nice work! Did you consider the formation reactions of phosphorus-bearing heterocycles in order to compare to the nitrogen-bearing heterocycle ones?

Oi Larissa

Parabéns pelo seu trabalho!

Eu tenho algumas dúvidas e, se você puder esclarecer-me, agradecerei muito.

1) Como você determinou a natureza das transições eletrônicas? Na sua apresentação você falou somente da estrutura molecular mas muito pouco da estrutura eletrônica;

2) Se eu mudasse o lantanídeo, os resultados mudariam muito? Você chegou a fazer este teste?

Obrigado por sua atenção

Eduardo

Oi Ézio, parabéns pelo trabalho. Por ser uma protease, se vocês forem propor novos ligantes ou buscar novos inibidores, irão considerar o uso de inibidores covalentes? Por volta do minuto 4:06 da apresentação você comentou sobre valores da barreira hematoencefálica, tem algum motivo especial para isso? Esses medicamentos (benznidazol e fexinidazol) tem efeitos colaterais reportados e relacionados ao sistema nervoso central? Obrigado.

Olá Daniel, parabéns pelo trabalho e apresentação. Algumas dúvidas/curiosidades. Qual programa você utilizou para realizar o docking? Acredito que se você mostrasse algumas poses principais do resultado de docking poderia ficar mais fácil para analisar os resultados, pois como é conhecido, confiar nos scores obtidos por docking não é algo muito usual, devido a não consideração de entropia, solvatação, etc. Além disso eu me recordo que os testes clínicos fase 3 foram iniciados para o Favipiravir no início do ano, sabe de algo sobre esse estudo? E ainda não foi descoberto o mecanismo pelo qual o Favipiravir impede a replicação viral de alguma maneira? Obrigado!

Oi Luiz, parabéns pela apresentação. Vocês pretendem continuar este trabalho realizando outros cálculos com outras metodologias? Obrigado.

Olá Antônio, trabalho bem interessante.  Na figura 7 você apresentou 3 conformações, aparentemente a B e C são plausíveis de acordo com o que você falou, em seguida você disse que as simulações MD demonstraram que a pose C é estável, você chegou a realizar a dinâmica para as outras poses (A e B)? Qual foi o tempo utilizado para a produção da MD? Tenho essas dúvidas, pois poderia ser que no fim da MD as poses pudessem convergir para uma única pose, então você conseguiria confirmar qual era a pose mais plausível. E quais são as perspectivas do trabalho? Parabéns pela apresentação e obrigado.

Oi Suzane, bem interessante seu trabalho. Fiquei com algumas dúvidas, você selecionou fármacos ou pré-fármacos para iniciar a triagem? E o que seria um pré-fármaco (não me recordo dessa definição)? Pois se você analisou fármacos, que já são aprovados e estão em utilização, por que fez uma triagem de acordo com parâmetros ADME? Se esses são fármacos aprovados, nós já sabemos a sua segurança em administrá-los. Outra dúvida, tem algum motivo de irem direto da docagem para ensaios bioquímicos e testes in vitro sem realizar outros cálculos antes, como dinâmica molecular? O índice de seletividade apresentado na Tabela 1 é referente ao que? Muito obrigado.

Oi Lucas, parabéns pelo trabalho, me parece bem interessante. Apenas algumas questões, por favor. As naftoquinonas utilizadas já foram sintetizadas pelo grupo em algum outro projeto e vocês estão tentando reposicioná-las para a Mpro? Acho que seria legal você ter colocado a pose dos compostos no sítio ativo da enzima, fica mais fácil para o ouvinte visualizar. Uma última dúvida, vocês também irão propor otimizações nas estruturas mais promissoras para realizar novas sínteses e testes? Obrigado.

Oi Maria, parabéns pela proposta e pelo trabalho. O mecanismo de proteases são bem conhecidos, envolvendo a acilação e desacilação, além da participação da molécula de água. Tendo isso em vista, no caso da enzima que você está estudando, este será o primeiro trabalho computacional sobre o seu mecanismo? Caso não seja, o que vocês estão trazendo de novidade em relação ao que já existe? Mais uma vez, parabéns e obrigado.

Oi Eduardo, parabéns pela apresentação e trabalho realizado. Fiquei com uma dúvida, por que vocês otimizaram o ligante no Gaussian antes da docagem? Na grande maioria dos programas de docking, o programa mesmo irá utilizar as coordenadas do seu ligante para tentar encaixar no sítio ativo – basta fornecer um arquivo contendo estrutura 3d do ligante (mol2, pdb), onde o programa irá mudando as conformações do seu composto, então não entendi porque realizou esse passo, se puder me explicar eu agradeço. Obrigado.

Parabéns Haroldo, Andrew, Luciano e Wagner pelo trabalho! Eu já tinha esbarrado no artigo do J. Mol. Liq. e desde então estava curioso sobre as diferenças marcantes observadas quanto aos diferentes modelos de solvatação utilizados.

(1) Será que o resultado obtido por MD foi melhor frente ao experimental por conta do tamanho e complexidade da estrutura do soluto, que então tem muitas conformações que contribuem e não são capturadas nos cálculos DFT?

(2) No geral, o modelo SMD é mais recomendado que o PCM, inclusive pelo próprio manual do Gaussian. Saberia indicar porque os resultados foram tão diferentes e melhores para o PCM-CavDispRep? Tenho bastante interesse no tópico!

Obrigado desde já! 

Parabéns pelo trabalho Yuri. Acredito que seria interessante analisar as propriedades de transporte em relação as estruturas e as moléculas. Você pensa em fazer isso no futuro neste trabalho? 

Olá Natália.

Parabéns pelo excelente trabalho.

Seria possível fazer investigação teórica da enantioseletividade de uma reação de Heck usando catalisadores de Ni ou seria necessário a utilização de algun composto de fosforo para ajudar nesta seletividade ou indutores quirais?

A reação teria que ser bi-catalisada ? vocês já as interações não covalentes ?

Maiores informações sobre o tema, por gentileza, de uma olhada aqui:

"Harnessing Noncovalent Interactions in Dual-Catalytic Enantioselective Heck–Matsuda Arylation"
by Yernaidu Reddi, Cheng-Che Tsai, Carolina M. Avila, F. Dean Toste*, and Raghavan B. Sunoj*
Cite this: J. Am. Chem. Soc. 2019, 141, 2, 998–1009
Publication Date: December 18, 2018
https://doi.org/10.1021/jacs.8b11062

Muito obrigado.

Olá, Vinicius. Parabéns pelos resultados e pela apresentação. Minhas dúvidas são: 1) as reações de ácido fórmico são feitas em meio aquoso? Se sim, vocês pretendem adicionar a água no meio para ver a influência dela? 3) Quais outras alterações no meio vocês pretendem avaliar? Obrigada

Oi Vinicius, qual a energia de adsorção estimada para essa interação do ácido fórmico na superfície de cobre nas diferentes conformações testadas? 

Excelente trabalho. Eu fiquei com dúvida sobre a geometria do ligante. Gostaria de saber se foi necessário realizar uma busca conformacional antes da otimização da geometria. Durante o procedimento de "Docagem molecular", a geometria do ligante é novamente alterada de forma de se ajuste melhor na macromolécula?

Att.
Lucas

Ola Joao, parabens pelo trabalho. Muito bem organizado. 

Gostaria que voce me explicasse o motivo de ter usado o conjunto de bases 6-31G(d,p), visto que os metodos de calculo de analise populacional sao bastante sensiveis aos conjuntos de base. POderia comentar com mais detalhes a metodologia usada para a obtencao dos indices de fukui ? Obrigado 

Oi João! Parabéns pelo trabalho! Vocês realizaram ou planejam realizar cálculos da interação das moléculas com os clusters de Ti? Você acredita que os índices de reatividade calculados são suficientes para ter um entendimento qualitativo da reação ou eles servem mais de base para outros estudos?

 Oi ALexandre;

 Parabens pelo trabalho. Fiquei curioso, pois nao ficou claro para mim. Estes polinitrogenios já foram sintetizados ou foram detectados de alguma forma experimentalmente?

Talvez valha a pena olhar o que Gabriel Merino (CINVESTAV, Mexico) anda fazendo. Até onde eu sei, ele trabalhava com estruturas exoticas, semelhantes as suas.

Acho que Breno o conhece.

Abracos

Helio.

Olá Gabriel. Excelente trabalho! Muito interessante e muito bem apresentado! Fiquei com uma dúvida, como foram escolhidos esses funcionais e funções de base? Você testou outros funcionais com correção de longo alcance ou métodos pós HF? Obrigado pela apresentação!

Boa tarde, Thais. Parabéns pelo trabalho!

Vocês chegaram a levar em consideração alguma correção de dispersão nos cálculos em algum momento? Acho que isso pode ser importante na descrição dessas energias de interação entre o template e os monômeros. O ORCA tem uma gama de possibilidades interessantes para se fazer isso.

Vocês têm intenção de abordar o sistema polimerizado também (A partir dos monômeros obtidos melhores candidatos)? Você acha que seria possível, por exemplo, com QM/MM?

Ao final, como eles podem ser utilizados como sensores? Vocês também selecionam monômeros com alguma propriedade específica que se altera e pode ser medida quando a molécula de interesse se liga nessa cavidade?

Obrigado!

Boa tarde, Haroldo

Bem interessante seu trabalho, especialmente por combinar várias abordagens bem distintas.

Tenho apenas uma sugestão ao comparar gráficos de g(r) entre sistemas distintos, a intensidade do pico pode levar a conclusões erradas sobre ter mais ou menos moléculas solvatando determinado sítio, pois a mesma é a densidade local dividida pela densidade total da espécie em questão no sistema. Minha sugestão é tentar mostrar o número cumulativo de moléculas na primeira camada junto com as curvas de g(r) ao comparar sistemas de densidades distintas, pois esse valor é independente de mudanças na densidade de partículas. Claro, no pôster o tempo é bem limitado e talvez não desse tempo de discutir esse outro dado, mas acho interessante mostrar quando possível para evitar que o leitor associe um pico de g(r) mais intenso em um dado sistema a ter mais daquela espécie solvatando.

Mais uma vez, parabéns pelo trabalho!

Kalil

Primeiramente, parabéns pelo trabalho! Quantas janelas você usou para o cálculo de energia livre (MBAR)?

Olá Suzana, fiquei curioso em saber porque apenas 1/3 das estruturas selecionadas pelo EON passaram pela etapa seguinte de avaliação toxicologia apesar de serem todos fármacos comercializados.

Olá Alexandre, excelente apresentação (principalmente o inglês). Tenho bastante interesse em moléculas homonucleares planares para alguns estudos que ando desenvolvendo. Pelas figuras, me pareceu (mas não ficou garantido) que alguns dos polinitrogênios eram planares. Saberia me indicar uma ou mais referências onde posso encontrar exemplos de tais estruturas planares (ou lineares)? Mesmo que a estabilidade seja baixa, elas servem pois vou trabalhar apenas bem próximo da posição de equilíbrio.

Forte abraço e boa sorte na continuidade das pesquisas.

Olá Gloria,

Parabéns pelo trabalho! Restou-me uma dúvida. Você também calculará as cargas parciais para incluí-las na paremetrização? Se sim, que método você usará?