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Follow the main updates and discussions about the papers published in SBQT 2021!

All activities (50)
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Heloisa Naomy Silva Menezes and 4 other people replied to the topic "Sobre a motivação/ Sistemas escolhidos"

Publication: Estudo ab initio da estrutura eletrônica de complexos com ligante 1,2-ditiolato

Olá Heloisa, seu trabalho é extremamente interessante e parece bem desafiador em especial no caso do cobre. Não sei a melhor forma de usar essa ferramenta, então separarei as perguntas em tópicos diferentes.   Quanto aos sistemas escolhidos: Vejo as similaridade dos sistemas contendo antimônio e bismuto, previamente estudado pelo grupo e com uma parceria experimental. O cobre por outro lado possui carga e configuração de valência diferentes dos anteriores. Além disso, metais de transição 3d são conhecidos pela dificuldade na descrição de métodos computacionais. Qual a motivação de estudar o sistema de cobre? Há estudos experimentais sobre eles?
11/12/2021
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Rogério Custodio and 1 other person replied to the topic "Escolha do pseudopotencial"

Publication: Entalpias de formação para compostos de iodo obtidas exclusivamente através de métodos DFT

Oi, Maria Andreizi, muito legal vocês estarem se preocupando com possibilidades de obtenção de bons resultados de propriedades para compostos de iodo. Vai ter uma clientela muito grande em função da falta de condições apropriadas para cálculos desses compostos. Minha dúvida é em relação a escolha do pseudopotencial: Por que o lan? Em geral essa escolha é por causa do efeito relativístico. Mas, a função de base é pequena, normalmente CEP ou SBK dá um resultado melhor e tem um conjunto de base melhor e, finalmente, a perda relativística pode ser compensada por algum ajuste empírico do tipo HLC (por exemplo). O pessoal também vive falando para considerar o uso do pseudopotencial de Sttutgart-Dresden-Bonn, mas não tenho obtido resultados tão bons com esses pseudopotenciais para entalpias de formação. Se bem que ele tem uma flexibilidade de funções de base que chama a atenção (. Chem. Phys. 114, 3408 (2001)). Em resumo, por que não o CEP? Parabéns pelo trabalho e mande um grande abraço para o Régis e outro para você.
11/12/2021
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Felipe Lopes de Oliveira replied to the topic "Cargas DDEC6"

Publication: Does only size matter? Assessing the influence of functional groups on CO2 capture by Covalent Organic Frameworks 2D

Oi Felipe, parabéns pela apresentação, muito fluida e fácil de acompanhar. Me responde uma coisa, você mencionou que usou o Chargemol para calcular cargas DDEC6 para esses materiais, mas não mostrou (ou não vi) os resultados dessas cargas. O que elas revelaram? Eu estive envolvido com as cargas (e dipolos atômicos) DDEC6 recentemente, e a conclusão que chegamos é que as cargas, enquanto escalares, podem trazer informações limitadas sobre a distribuição da densidade eletrônica em uma molécula ou grupo funcionar. É importante levar em conta as possíveis assimetrias dessa distribuição eletrônica que são caracterizadas por dipolos atômicos e multipolos de maior ordem, quando preciso. Se for olhar as cargas DDEC6, não deixe de olhar os dipolos atômicos também. Eles saem logo ao lado das cargas no output do Chargemol. Forte abraço!
11/12/2021
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Felipe Lopes de Oliveira replied to the topic "Dúvidas e sugestões com relação à etapa de MC"

Publication: Does only size matter? Assessing the influence of functional groups on CO2 capture by Covalent Organic Frameworks 2D

Boa tarde Felipe! Primeiramente, parabéns pela qualidade dos slides e clareza na exposição dos mesmos! Minha primeira questão é com relação a etapa de Monte Carlo realizada. Nessa etapa, a estrutura dos COFs é mantida rígida conforma a obtida nos cálculos anteriores? Fico pensando se talvez a estrutura do COF não possa relaxar após adsorver o gás, melhorando ainda mais a entalpia de adsorção e talvez até aumentando a quantidade de moléculas adsorvidas. Isso talvez seja mais relevante para os grupos funcionais de menor simetria, que poderiam mudar de conformação na presença do gás. Talvez isso possa ser respondido fazendo algo interativo, ou seja, uma vez feita a inclusão do gás no MC, retornar as primeiras etapas com o CP2K, reotimizar com as moléculas do gás e tentar um novo ciclo de monte carlo e ver se as propriedades mudam.   Grato, Kalil
11/12/2021
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Evandro Paulo Soares Martins and 1 other person replied to the topic "Sobre a metodologia"

Publication: AVALIAÇÃO DE FUNCIONAIS DFT NA PREDIÇÃO ESTRUTURAL DE COMPLEXOS DE Bi(III) COM LIGANTES DITIOCARBAMATOS

Oi Evandro   Parabéns pelo seu trabalho! Por favor, eu tenho algumas dúvidas, você poderia esclarecê-las?   Você comparou a qualidade dos funcionais com base nas geometrias otimizadas (supus que fosse no vácuo) com as geometrias cristalográficas. Entretanto, o ambiente no cristal é muito diferente do ambiente em vácuo. Você não teme estar classificando os funcionais de forma errônea? Eu digo isso porque já fiz cálculos com um composto que apresentava uma inversão nos comprimentos de ligação entre o cristalográfico e os resultados obtidos por EPR. Ou seja, os cálculos concordavam com um dos métodos experimentais mas não com o outro.   Um abraço   Eduardo
11/12/2021
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Keyla Mirelly Nunes de Souza replied to the topic "Sobre a metodologia"

Publication: Modeling luminescence properties and their dependence on temperature in Eu3+-containing complexes

Oi Keyla   Parabéns pelo seu trabalho! Eu gostei muito da abordagem e da filosofia dele mas, não tenho certeza de ter entendido todos os detalhes e minúcias. Por favor, você poderia esclarecer-me algumas dúvidas? 1) Onde entra explicitamente o efeito da temperatura? Eu acho acredito que não seja nos cálculos das energias dos osciladores porque não há "espaço" na equação de Schrodinger, ou qualquer outra que dela seja originada, para entrar-se com temperatura.   2) Por que você escolheu as transições do estado tripleto? Você fez uma análise  da interação entre o acoplamento vibracional com os níveis eletrônicos?   3) Pelo que eu vi, você considerou (4´12") que a forma da curva de energia potencial era simétrica, ou seja, as anarmonicidades froam desconsideradas. A aplicação da metodologia se elas fossem consideradas ficaria tão mais difícil ou complicadas se este fator fosse considerado?   Obrigado por sua atenção   Eduardo
11/12/2021
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Paulo Augusto Netz replied to the topic "perguntas e sugestões"

Publication: Theoretical simulations for the Delta variant of SARS-CoV-2 for understanding the evolution of structural stability

  Olá Micael Muito interessante e relevante o trabalho de vocês. Uma pergunta: no setup da dinâmica molecular, está correta a indicação de que o tamanho da caixa é de 10 A? Não seria 10 nm? Pela minha experiência o RBD da Spike não cabe numa caixa de 10 A, ainda mais que ele não pode interagir com a própria imagem periódica. Eu simulei com uma caixa de mais de 80 A de aresta, com 19 000 moléculas de água e também íons. Outra questão: a simulação dinâmica molecular é ainda muito curta para se ter alguma ideia mais quantitativa. No entanto, sigam adiante, o trabalho vale a pena. Se quiserem conferir, tenho trabalhos similares:   https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/07391102.2021.1975569     https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.07.16.452571v1   Abraços   Paulo Netz            
11/12/2021
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KARINE DE ANDRADE replied to the topic "Comparações com Cálculos QMMM"

Publication: Solvolysis of alkyl halides: the role of water as explicit solvent in SN1 and SN2 mechanism

Olá Karine. Parabéns pelo excelente trabalho. Existem na literatura propostas de investigação de reações de substituições nucleofílicas similares, porém usando métodos QM/MM. Maiores informações: "Comparison of Free-Energy Methods to Calculate the Barriers for the Nucleophilic Substitution of Alkyl Halides by Hydroxide by Hafiz Saqib Ali, Jonathan Higham, Sam P. de Visser*, and Richard H. Henchman* Cite this: J. Phys. Chem. B 2020, 124, 31, 6835–6842 Publication Date:July 10, 2020 https://doi.org/10.1021/acs.jpcb.0c02264 Eu gostaria de sugerir que, se possível, você investigasse e comparasse os seus resultados com tais métodos. Muito obrigado.
11/12/2021
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Deborah Menezes de Lima replied to the topic "Mais informações e base de dados sobre as reações em meio interestelar "

Publication: Reações Consecutivas de Dissociação de Hidrogênio da Etilamina no Meio Interestelar

Olá Débora. Parabéns pelo trabalho. Eu gostaria de sugerir que, se possível, você avaliasse ou até mesmo entrasse em contato com os autores e consultasse a base de dados de reações interestelares pois há algumas iniciativas em montar base de dados sobre reações inversas ou similares ao que você está estudando. Maiores informações: "The UMIST database for astrochemistry 2012" by D. McElroy, C. Walsh, A. J. Markwick, M. A. Cordiner, K. Smith and T. J. Millar Astronomy and Astrophysics 550, A36 (2013) https://doi.org/10.1051/0004-6361/201220465 A no link abaixo, selecionando as moléculas, você poderá encontrar dados de algumas reações: "UMIST RATE2012 / astrochemistry.net" http://udfa.ajmarkwick.net/index.php Outra sugestão é dê uma olhada no trabalho: "Chemical Modeling For Predicting The Abundances Of Certain Aldimines And Amines In Hot Cores" by Milan Sil, Prasanta Gorai, Ankan Das, Bratati Bhat, Emmanuel E. Etim, and Sandip K. Chakrabarti Astrophysics of Galaxies https://arxiv.org/abs/1711.10198 [last revised 14 Apr 2021 (version, v3)] Muito obrigado.  
11/12/2021
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Deborah Menezes de Lima and 1 other person replied to the topic "Contextualização"

Publication: Reações Consecutivas de Dissociação de Hidrogênio da Etilamina no Meio Interestelar

Boa tarde, Deborah. Parabéns pelo seu trabalho! A contextualização que você fez ficou muito boa. Pegando um gancho na pergunta do Mateus Augusto, a determinação de barreiras de energia entre as espécies que você está estudando vai ser muito importante para o seu trabalho, ainda mais que você pretende estabelecer um modelo cinético. Dê uma olhada no pacote ORCA, além de gratuito, ele tem umas opções interessantes (como o NEB e o ScanTS) que podem te ajudar a obter as devidas conexões entre os intermediários, reagentes e produtos das reações de seu interesse, além de encontrar os estados de transição entre eles. Sucesso no seu projeto!
11/12/2021
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