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All activities (50)
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Heloisa Naomy Silva Menezes and 2 other people replied to the topic "Sobre a motivação/ Sistemas escolhidos"

Publication: Estudo ab initio da estrutura eletrônica de complexos com ligante 1,2-ditiolato

Olá Heloisa, seu trabalho é extremamente interessante e parece bem desafiador em especial no caso do cobre. Não sei a melhor forma de usar essa ferramenta, então separarei as perguntas em tópicos diferentes.   Quanto aos sistemas escolhidos: Vejo as similaridade dos sistemas contendo antimônio e bismuto, previamente estudado pelo grupo e com uma parceria experimental. O cobre por outro lado possui carga e configuração de valência diferentes dos anteriores. Além disso, metais de transição 3d são conhecidos pela dificuldade na descrição de métodos computacionais. Qual a motivação de estudar o sistema de cobre? Há estudos experimentais sobre eles?
11/12/2021
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Guilherme Nascimento replied to the topic "O tamanho do nanocluster de Co e propriedade associadas a isto."

Publication: Estudo da Adsorção de CO2 em nanoclusters de Cobre dopado com cobalto

Olá Guilherme, Parabéns pelo trabalho. Contudo, por gentileza, como você determinou o tamanho do nanocluster? Infelizmente, este tipo de sistema tem uma dependência com o tamanho do nanocluster. Por gentileza, para maiores detalhes dê uma olhada em: "Size effect on the adsorption and dissociation of CO2  on Co nanoclusters" by Yu, H., Cao, D., Fisher, A., Johnston, R. L., & Cheng, D.  Applied Surface Science, (2017), 396, 539–546.  http://dx.doi.org/10.1016/j.apsusc.2016.10.192 Sugestão, se possível, avalie além o tamanho do nanocluster e também a densidade de estados. Muito obrigado.  
11/12/2021
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Vinícius Bonatto and 1 other person replied to the topic "Dúvidas Gerais"

Publication: Perfil energético e estrutural de Reações tio-Michael entre derivados tio-enulosídicos e etanotiol

Olá João, parabéns pelo trabalho. Fiquei com algumas dúvidas, se puder me esclarecer, fazendo favor. 1 – Para os cálculos, você utilizou SH ou S- na representação da cadeia lateral da cisteína? 2 – Você mostrou que quando X=S a barreira de energia é menor do que quando X=O e disse que isso se deve ao fato do comprimento da ligação do enxofre que seria do resíduo de cisteína, mas será que isso não está mais relacionado ao fato do S estar fazendo com que o Carbono que estará sofrendo o ataque nucleofílico ficar mais eletrofílico? 3- Quando Y=S também foi observado a mesma magnitude na mudança da barreira de energia do que quando Y=O, se puder comentar um pouco mais sobre isso, acredito que isto também esteja relacionado com a minha pergunta 2. 4- Só um comentário, esses grupos formam uma ligação química irreversível com a enzima, os valores que você obteve de energia livre para o TS ajudam a confirmar isso, não sei se você chegou a notar ou fazer uma correlação com isso. 5- Se isso estiver afetando de fato a reatividade dos compostos, talvez os compostos com S por, aparentemente, serem mais reativos também apresentarão uma maior potência na inibição da CRM1, claro, pensando somente na formação da ligação química covalente irreversível sem considerar as interações não covalentes com o alvo.
11/11/2021
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Vinícius Bonatto replied to the topic "Dicas para incluir outras metodologias na obtenção dos resultados"

Publication: Estudo teórico das reatividades de potenciais fármacos COVID-19

Oi Alex, parabéns pelo trabalho. Realmente acaba sendo interessante analisar esses índices visando estimar a reatividade de compostos, no caso de fármacos eles são utilizados para calcular a reatividade dos grupos warheads presente em inibidores covalentes. No seu caso, pelo que entendi, você está tentando relacionar com as interações intermoleculares de acordo com a maciez, a abordagem é interessante, mas acredito que com uma simples docagem molecular você iria conseguir obter essas informações de uma maneira mais direta, como as dicas que o Graziâni comentou e eu estou de acordo no outro tópico. Falar que eles terão uma boa interação somente pela maciez global, acho que não é totalmente correto, seria necessário avaliar as interações não covalentes que esses fármacos realizam com o alvo viral (a enzima RdRp). Então, na verdade esse comentário é mais uma dica para você incluir outras metodologias para obtenção de seus resultados, como docagem e dinâmica molecular.
11/11/2021
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Amanda Dornela Torres and 4 other people replied to the topic "Caráter Multireferência"

Publication: Revisitando a estrutura eletrônica do [Co(CN)6]3-

Oi, Amanda! Parabéns sobre o excelente trabalho! Tenho algumas perguntas! (que, acredito, não foram respondidas pela limitação do tempo da apresentação mesmo) 1) Sobre o caráter multirreferência do problema eletrônico: É esperado que o caráter multirreferência seja encontrado no estado fundamental ou nos estados excitados? Qual é o perfil de ocupação dos orbitais naturais obtidos? 2) Sobre os resultados CASSCF/NEVPT2: Como foram obtidos os estados excitados utilizando estes métodos? 3) Sobre o modelo de acomplamento vibrônico: Quantos pontos são necessários por modo normal? Quantos cálculos foram realizados neste procedimento para se simular o espectro? Obrigado!
11/10/2021
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Yuri Fortunato replied to the topic "Dúvida"

Publication: Propriedades estruturais e eletrônicas de alcanos, alcenos, alcinos, cetonas, aldeídos e ácidos carboxílicos

Olá. Parabéns pela apresentação. A colega já deu uma dica importante, sugiro segui-las. Minha dúvida está no aumento da cadeia carbônica e comparação dela com os grupos funcionais. Quando você aumenta a cadeia carbônica do aldeído, por exemplo, você coloca outros aldeídos no caminho ou só em um canto da estrutura? E no caso dos alcenos? Fazes algum dieno ou deixa uma dupla em um local específico para aumentar apenas de carbonos saturados? O trabalho é interessante, mas sugiro pensar nesse assunto: você está aumentando o caráter alcano da estrutura ao aumentá-la? Não tenho certeza se fui claro na minha colocação, fique a vontade de me questionar para que possamos discutir melhor a ideia. Abraços. Continua!
11/10/2021
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Yuri Fortunato replied to the topic "Sobre operadores quanto-mecânicos"

Publication: Propriedades estruturais e eletrônicas de alcanos, alcenos, alcinos, cetonas, aldeídos e ácidos carboxílicos

Olá, Yuri. Parabéns pelo seu trabalho. Tenho algumas perguntas: 1) Com a exceção da energia total do sistema, todos as demais propriedades avaliadas não possuem um operador quanto-mecânico associado. Que outras propriedades melhor definidas poderiam ser utilizadas, nesse caso? 2) Na sua conclusão, você diz que a classificação é mais fácil para os sistemas menores. Avaliando os resultados, me parece o oposto. Como a medida que o sistema cresce, alguns desses valores se tornam melhor comportados, não seriam mais objetivos na classificação? Obrigado!
11/10/2021
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Hisla Cavalcante replied to the topic "Interpretação do modelo"

Publication: Confinamento eletrônico em moléculas e nanoestruturas

Boa tarde, Hisla. Parabéns pelo trabalho! Cada centro nos sistemas que você estudou representa a posição de um "átomo fantasma"? A função de onda desse "átomo fantasma" é utilizada para extrair algum potencial genérico ao longo da geometria em estudo? Qual seria a devida interpretação do seu modelo? Um elétron estaria confinado em uma nanoestrutura com uma das geometrias abordadas e estaria submetido a esse potencial genérico? Para cada caso vocês resolveram a equação de Schrödinger utilizando o hamiltoniano proposto por Da Costa? Para o caso linear com curva, onde seus resultados divergiram, você diria que o seu modelo não é capaz de descrever o sistema ou você teria alguma possível interpretação? Alguma ideia sobre como corrigir o problema? Obrigado!
11/10/2021
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Hisla Cavalcante replied to the topic "Por que HF?"

Publication: Confinamento eletrônico em moléculas e nanoestruturas

Olá, Hisla, tudo bem? Meus parabéns pela sua apresentação, bastante interessante. Confesso que fiquei bastante curioso para saber mais detalhes do desenvolvimento do método, porém minhas contribuições serão outras.   Quais os centros que vocês usam para produzir essas curvas? São átomos ou simplesmente pontos? Seus sistemas são relativamente pequenos, por que foi escolhido a metodologia Hartree-Fock?   Os comportamentos gráficos são bastante similares de fato, creio que se vocês aumentarem o poder do cálculo inicial em seu sistema, seus resultados se aproximarão dos analíticos, creio eu.   Continua! Está de parabéns!!
11/10/2021
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Heloisa Naomy Silva Menezes replied to the topic "Cálculos Multiconfiguracionais "

Publication: Estudo ab initio da estrutura eletrônica de complexos com ligante 1,2-ditiolato

Nos cálculos CASSC quais os orbitais ativos utilizados, mais especificamente, é possível determinar quais são majoritatiamente pertencentes aos metais? No caso do cobre (e nos metais 3d de modo geral) há o chamado efeito de dupla camada d que pode causar problemas em estados de transferência de carga, a abordagem utilizada descreve tal efeito?   Para os cálculos de referência simples, convergir estados excitados de mesma simetria espacial e de spin é em geral difícil. Seus cálculos CC partiram de determinantes HF excitados? Se sim, qual a estratégia para convergir tais estados; Se não, qual a metodologia empregrada? 
11/09/2021
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