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Regra inibidor-símile
Publication: Descoberta de um Inibidor Nanomolar da Mieloperoxidase Oralmente Ativo em um Modelo de Artrite Gotosa usando uma Regra Inibidor-símile e Triagem Virtual Baseada no Receptor
Oi Isaac, poderia me falar, fazendo favor, o que é a regra inibidor-símile que vocês empregaram? São os parâmetros que você apresentou no minuto 2:06? Confesso que não conhecia esse termo 'inibidor-símile', para mim são propriedades físico-químicas do composto além das regras druglikeness de Lipinski e Veber. Parabéns pelo trabalho. -
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Novos ligantes e propriedade ADMET
Publication: Estudo computacional por modelagem comparativa, docking molecular e previsão ADMET de alvos moleculares frente a protease esterol 14alfa-desmetilase do Trypanosoma cruzi
Oi Ézio, parabéns pelo trabalho. Por ser uma protease, se vocês forem propor novos ligantes ou buscar novos inibidores, irão considerar o uso de inibidores covalentes? Por volta do minuto 4:06 da apresentação você comentou sobre valores da barreira hematoencefálica, tem algum motivo especial para isso? Esses medicamentos (benznidazol e fexinidazol) tem efeitos colaterais reportados e relacionados ao sistema nervoso central? Obrigado. -
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Mecanismo de reação e novidade do trabalho
Publication: Aplicação de Métodos Computacionais no Estudo do Mecanismo de Ação de Enzimas Essenciais ao Vírus Zika
Oi Maria, parabéns pela proposta e pelo trabalho. O mecanismo de proteases são bem conhecidos, envolvendo a acilação e desacilação, além da participação da molécula de água. Tendo isso em vista, no caso da enzima que você está estudando, este será o primeiro trabalho computacional sobre o seu mecanismo? Caso não seja, o que vocês estão trazendo de novidade em relação ao que já existe? Mais uma vez, parabéns e obrigado. -
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Dúvidas sobre a metodologia empregada e forma da PLpro
Publication: Disulfiram derivatives as potential PLpro inhibitors: an in silico study
Oi Pablo, bela apresentação e trabalho. Tenho algumas dúvidas e comentários em relação ao trabalho, se puder me esclarecer por favor. 1 - Muitos trabalhos indicam que a díade catalítica da PLpro está como par iônico (Cys-/His+), pela imagem que você apresentou da docagem, você considerou esses resíduos na forma neutra, pode me dizer porque optaram por isso? 2 – Por que optaram por realizar a docagem não covalente ao invés da covalente? 3 – Por fim, a PLpro tem um loop no sítio ativo que se fecha com a presença do ligante/substrato, vocês consideraram isso de alguma maneira na docagem (deixando as cadeias laterais flexíveis, por exemplo)? Obrigado. -
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Simulações MD e perspectivas
Publication: Modo de Ligação entre a Proteína Dissulfeto Isomerase A1 e seu Oxidante Hidroperóxido de Urato – Um Estudo Computacional.
Olá Antônio, trabalho bem interessante. Na figura 7 você apresentou 3 conformações, aparentemente a B e C são plausíveis de acordo com o que você falou, em seguida você disse que as simulações MD demonstraram que a pose C é estável, você chegou a realizar a dinâmica para as outras poses (A e B)? Qual foi o tempo utilizado para a produção da MD? Tenho essas dúvidas, pois poderia ser que no fim da MD as poses pudessem convergir para uma única pose, então você conseguiria confirmar qual era a pose mais plausível. E quais são as perspectivas do trabalho? Parabéns pela apresentação e obrigado.
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