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Dúvidas sobre estruturas e espectros
Publication: Estudo computacional do espectro UV-Vis do calcitriol, principal forma biologicamente ativa da vitamina D
Olá Vanessa, trabalho interessante! Não entendi como você mapeou as estruturas usando apenas mecânica molecular. Alguma dinâmica molecular foi realizada? Não entendi a média que você fez para obter o espectro final. Você usou os fatores de Boltzmann para ponderar? Pretende realizar a simulação do espectro utilizando algumas moléculas explícitas de solvente? -
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Multiplicidades de spin e metodologia
Publication: Proposition of Cr3+, Mn2+, Fe2+, Co2+, Ni2+, Cu2+, Zn2+ complex structures with glycine: A structural and electronic approach
Olá Frederico, trabalho desafiador. Tenho algumas perguntas. 1) Como você selecionou as multiplicidades de spin? 2) Os cálculos de sistemas de camada aberta são restritos (ROKS) ou não restritos (UKS)? Se forem UKS, a contaminação de spin é elevada? 3) Para Cr e Cu, é possível formar sistemas dinucleares com diversos ligantes, pretende estudá-los também? -
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Escolha do funcional
Publication: Estudo teórico do efeito solvente em sondas fluorescentes
Olá Felipe, excelente trabalho! Não entendi a escolha dos funcionais. Inicialmente eu não faria a mesma escolha que você. Por que você escolheu esses funcionais? Eu teria testado primeiro o CAM-B3LYP, PBE0 e wB97-XD. -
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Clusters moleculares
Publication: pyPolyBuilder: An automated software to create molecular topologies and initial configurations of arbitrary supramolecules for molecular dynamics simulations.
Fala Mayk! Belo trabalho! Não quer criar uma rotina adaptada para gerar clusters moleculares com moléculas flexíveis? Tenho interesse de rodar algumas dinâmicas em nível xTB de moléculas biológicas (entre 30 e 100 átomos) mas preciso ter uma rotina de geração de estruturas iniciais. Abraço! -
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TDDFT e termalização das moléculas na rede
Publication: OLEDs de Alq3 dopado com DCM2: desvio para o vermelho causado pelo efeito stark não linear e pela difusão de excitons mediada por Förster
Olá Graziâni. Parabéns pelo trabalho! Tenho algumas dúvidas. 1) Pretende realizar TDDFT com campo elétrico para ver o efeito das energias de transição já que o gap homo-lumo não descreve adequadamente a energia de transição? 2) Depois da construção da célula com as moléculas, você rodou dinâmica para "termalizar" o sistema molecular?
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Simulação do espectro de absorção do benzeno: do discreto ao contínuo, da fase gás ao sólido molecular
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