Protocolo
Publication: Comparative analysis among different structural minimization methods based on Branch-and-Prune structural reconstruction algorithm
Boa tarde Clarice.
Parabéns pelo seu trabalho e pela sua apresentação!
Tenho um a pergunta:
Seu protocolo de testes seria capaz de prever outras possíveis mutações?
Interação
Publication: Comparative analysis among different structural minimization methods based on Branch-and-Prune structural reconstruction algorithm
Parabéns pelo trabalho apresentado.
Você comentou que uma abordagem aplicada foi a dinâmica molecular. Como foi a preparação da caixa de simulação? E como foi executada essa dinâmica molecular?
Até mais,
Gerd Rocha
Dúvidas
Publication: In silico analysis of human SOD1 protein variants related to Amyotrophic Lateral Sclerosis
Excelente seu trabalho!
Você tem pretensões de realizar uma decomposição de energia MM-PBSA, por exemplo? Suas análises foram excelentes, mas acho que seria interessante estimar a energia livre de interação em consequência das variantes. Confesso que acho muito abstrato as análises de dinâmica molecular, e por isso geralmente recorro as análises de decomposição de energia.
Eu, juntamente com meu orientador realizamos uma abordagem semelhante, mas aplicado ao estudo da variante Delta do SARS-CoV-2. Contudo, infelizmente venho tendo muitas dificuldades para obter algo conclusivo a partir da dinâmica molecular. Será que a afinidade com anticorpos realmente se altera diante das variantes? Esta é uma pergunta que tenho dificuldade para responder unicamente a partir das análises de RMSD, RMSF, dentre outras. Por fim, achei excelente o tempo de suas simulações, o que garante que as diferenças não são resultado de um comportamento meramente estocástico.
perguntas e sugestões
Publication: Theoretical simulations for the Delta variant of SARS-CoV-2 for understanding the evolution of structural stability
Olá Micael
Muito interessante e relevante o trabalho de vocês.
Uma pergunta: no setup da dinâmica molecular, está
correta a indicação de que o tamanho da caixa é de 10 A?
Não seria 10 nm? Pela minha experiência o RBD da Spike
não cabe numa caixa de 10 A, ainda mais que ele não pode
interagir com a própria imagem periódica. Eu simulei com uma
caixa de mais de 80 A de aresta, com 19 000 moléculas de água
e também íons.
Outra questão: a simulação dinâmica molecular é ainda muito curta
para se ter alguma ideia mais quantitativa.
No entanto, sigam adiante, o trabalho vale a pena.
Se quiserem conferir, tenho trabalhos similares:
https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/07391102.2021.1975569
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.07.16.452571v1
Abraços
Paulo Netz
Perspectivas
Publication: Theoretical simulations for the Delta variant of SARS-CoV-2 for understanding the evolution of structural stability
Oi Micael, trabalho bem interessante realizado por vocês. Vocês pretendem estudar essas variantes interagindo com o ACE2? Acho que na apresentação você pulou as perspectivas, se puder comentar um pouco sobre, eu agradeço.
BrazMedChem 2022
Revealing through molecular docking the antidepressant potential of the species Hypericum Perforatum and Banisteriopsis Caapi
BrazMedChem 2022
Maximization of SARS-CoV-2 neutralization by antibodies through Monte Carlo optimization
44ª RASBQ
Docking and molecular dynamics of phythochemicals from Hypericum perforatum and Banisteriopsis caapi in the treatment of depression
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