Oi, Letícia. Parabéns pelo seu trabalho!

Vocês realizaram a reancoragem molecular para validar seu protocolo? Para o NCI, vocês recortaram apenas o sítio de ligação com o fármaco ancorado? Como foi feito? 

Nas conclusões fala-se da importância do pH fisiológico para os estados de protonação. O pH fisiológico foi considerado nos cálculos ou utilizou-se apenas os estados protonados em fase gás? Considerou-se efeito de algum solvente? 

Oi Letícia! Parabéns pelo trabalho. Nos cálculos quânticos você chegou a calcular índices de reatividade das moléculas, do tipo ligante, como, por exemplo, potencial químico e eletronegatividade? Existe previsão da realização de simulações de dinâmica molecular?

Olá, Letícia! Gostei muito da sua apresentação, parabéns! Você chegou a fazer o método de ancoragem em outros cristais da mesma enzima? Se sim, você chegou a fazer crossdocking? Se sim, a partir desses resultados, você consegue racionalizar, mesmo que quantitativamente, fingerprints químicos que podem estar relacionados à inibidação da enzima?

Olá, parabéns pelo trabalho e apresentação.  Eu fiquei com umas dúvidas:

1. Qual programa você rodou os cálculos quânticos?

2. Para os cálculos quânticos você usou fragmentos da proteína ao redor dos ligantes ou foi só para o ligante?

3. Para os cálculos quânticos você otimizou a geometria? 

Mais uma vez parabéns.

Gerd Rocha