Olá Leonardo! Parabéns pelo trabalho; eu gostei bastante da apresentação! Eu tenho algumas dúvidas, entretanto:

(1) Durante a preparação, como que o estado de protonação é definido? Como vocês antecipam os efeitos do ambiente do sítio de ligação no ligante? O estado de protonação é definido antes do docking, não?

(2) Os inputs são preparados para quais software?

(3) Dock2ONIOM usa recursos do PyMol, mas esse é um software pago da Schrödinger Inc. Vocês têm planos de tornar o seu software menos dependente de pacotes de terceiros?
 

Caro Leonardo, inicialmente parabéns pela apresentação e pelo trabalho desenvolvido. Gostaria de saber onde é possível realizar o download do utilitário dock2oniom e em quais programas de cálculo quântico o input Oniom gerado pode ser executado. 

Atenciosamente.

Parabéns pelo seu trabalho e sua apresentação.

Vocês já estão disponibilizando essa ferramenta?

Vocês já fizeram um benchmark para saber a performance da sua ferramenta. Performance em montar corretamente o input do ONIOM.

Até mais,

Gerd Rocha

oi Leonardo! Parabéns pelo trabalho. Você está desenvolvendo uma ferramenta muito útil e usando softwares livres. Na etapa final de preparação do cálculo ONIOM o sistema é calculado no vácuo ou é utilizado algum modelo de solvatação implícita?

Prezado, parabéns pelo excelente trabalho.

Qual é a funcionalidade, biblioteca, etc, do PyMol que vocês usam (fazem a interface) no programa de vocês?

Eu vi que você mencionou abaixo que há uma distribuição open-source do PyMol. Eu não sabia, pois sempre fui direcionado à uma página comercial ao buscar o programa na web.

Obrigado e sucessos!