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Is this your profile? Do login to access your certificatesEfeito de solvente e de superposição de base
Publication: Cálculos QM/MM ONIOM para a obtenção de informações sobre inibidores da toxina A da ricina (RTA)
Boa noite, Acassio!
Parabéns pelo trabalho! Minha questão é referente possíveis efeitos de solvente e de erros de superposição de bases. Esses efeitos foram considerados nas suas simulações? Talvez o erro de superposição de bases seja sistemático, mas não estou tão certo quanto a possíveis efeitos de solvente visto que os inibidores apresentam muitos grupos próticos.
Grato,
Kalil
Validação do potencial ouro-ouro
Publication: Estudo computacional das interações de moléculas de surfactante com nanoestruturas de ouro
Boa noite Davi!
Uma ideia que me ocorreu vendo sua apresentação: Apesar de menos importante no contexto da interação com o surfactante, pode ser interessante avaliar também o potencial de adsorção do ouro em ouro. Isso daria uma ideia mais clara do quão bem o modelo clássico descreve a coesão do ouro. Isso seria importante futuramente ao ter interação entre 2 NPs que não estejam totalmente recobertas, por exemplo. Só não sei se nesse contexto faria mais sentido adsorver um único átomo de ouro na superfície ou adsorver um pequeno cluster de ouro. Com relação ao brometo, me parece que a solução passa por ajustar o sigma da interação com o ouro .
Abraços,
Kalil
Seleção dos compostos para teste
Publication: In silico study of traditional herbal as candidates to inhibit the SARS-CoV-2 main protease
Olá Osmair! Como vai? Espero que esteja bem!
Bem interessante seu trabalho! Uma curiosidade que ficou é sobre como você selecionou os 4066 compostos de partida. Isso você selecionou de algum database de medicamentos ou algo assim? E essa etapa inicial do screening é automatizada?
Abraços!
Kalil
Variações na estrutura do cátion e forças de coesão no LI
Publication: Interaction of imidazolium cations-based ionic liquids with mordenite. An ONIOM-DFT study
Boa tarde Rodolfo! Parabéns pela apresentação! Vendo seu trabalho, ficou mais clara a questão que levantou no meu. Com relação a essas variações que fez, o campo de força coarse grained Martini 3.0 provavelmente não é detalhado o bastante para capturá-las, entretanto, um modelo atomístico pode capturá-las. Talvez queira dar uma olhada no campo de força CL&P ou na sua versão polarizável CL&Pol caso queira estudar esses líquidos por meio de dinâmica molecular clássica. Sobre seus resultados referentes a comparação entre a adsorção do LI no substrato, o modelo leva em conta as forças de coesão no líquido iônico, considerando por exemplo, que o número de interações cátion-ânion, cátion-cátion e ânion-ânion variam de modo diferente se adsorve na superfície ou no poro? Além disso, pelas suas estruturas otimizadas, parece que pode caber mais de um par iônico dentro do poro, talvez seja interessante considerar a entrada simultânea de 2 pares futuramente.
Grato,
Kalil
Uso de diferentes métodos para fase gasosa e sólida
Publication: Accurate determination of relative stability and sublimation temperatures of alpha-, beta- and gamma-glycine polymorphs
Boa tarde, Neubi! Bem interessante seu trabalho! Tinha algumas questões quanto a metodologia mas elas já foram respondidas ao responder o professor Ricardo no outro comentário. Mas tenho uma dúvida ainda quanto a uso de diferentes níveis de teoria para as fases sólida (PBE-D3) e gasosa (CCSD(T)). O uso de diferentes níveis de teoria não pode ocasionar erros sistemáticos ao calcular diferenças em propriedades termodinâmicas entre elas? Não seria melhor usar o mesmo método para ambas? Ou foi empregada alguma correção que dependesse de usar um método mais custoso na fase gasosa?
Grato,
Kalil
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