Olá Jorge Maurício

Interessante o trabalho de vocês.
O que você quer dizer com "resíduos conservados"? Normalmente

esta denominação é aplicada a estudos comparativos de proteínas

com mutação.

Abraço

Paulo Netz

Boa tarde Jorge.

Parabéns pelo seu trabalho. Me surgiu algumas duvidas. Para o estudo de HCA você usou apenas uma variável, no caso o score (energia de ligação)? Por que você usou a função ChemScore e não a GoldScore?

Muito obrigada. 

Boa noite Léo! Trabalhado extremamente relevante.

Tenho uma dúvida sobre o reescoring para melhorar a capacidade preditiva.

No docking molecular, normalmente, o reescoring é usado em protocolos de consenso. Ou seja, utilizamos uma função para a busca e ranqueamento das melhores poses (conformações do ligante) e, na sequencia, usamos outra função para fazer o re-ranqueamento. Então, comparamos a melhor pose obtida com a primeira função de pontuação com a segunda. Nesse caso, duas coisas podem ocorrer: (1) As duas funções acusam a mesma pose como a melhor; (2) A segunda função atribui melhor pontuação a uma pose diferente da primeira. Nesse último caso, utilizamos a pose com melhor pontuação apontada no re-ranqueamento.

Essa é uma forma de eliminar falsos positivos. Então, como se dá essa verificação no programa que está trabalhando?

Desde já agradeço.

Maurício Brito

Olá Jorge, parabéns pelo trabalho! Como vocês definiram o sítio de ligação na ACE-2 e na spike? 

Muito interessante seu trabalho, parabéns!